More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1863 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE1863  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
201 aa  406  1e-113  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0041626  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.94 
 
 
202 aa  114  8.999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0023  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.6 
 
 
197 aa  112  3e-24  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2134  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.19 
 
 
195 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.856024  hitchhiker  0.000118824 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07040  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  35.91 
 
 
197 aa  109  3e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00385536  normal  0.295964 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3772  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.91 
 
 
197 aa  108  7.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000550538 
 
 
-
 
NC_002936  DET0442  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.16 
 
 
194 aa  107  1e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.09 
 
 
201 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_384  Holliday junction DNA helicase  35.03 
 
 
194 aa  106  2e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.09 
 
 
201 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3189  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.29 
 
 
200 aa  106  3e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00764376  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2255  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.24 
 
 
205 aa  106  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0269  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.76 
 
 
204 aa  105  4e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.7 
 
 
208 aa  105  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.36 
 
 
203 aa  105  6e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2363  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.43 
 
 
205 aa  105  6e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00132923  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.86 
 
 
203 aa  105  6e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0285195  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.02 
 
 
197 aa  104  9e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1112  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.65 
 
 
197 aa  103  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.810212  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2421  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.24 
 
 
204 aa  103  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0480934  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2031  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.24 
 
 
204 aa  103  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000338953  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.28 
 
 
205 aa  103  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2144  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.24 
 
 
204 aa  103  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0379489  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2146  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.24 
 
 
204 aa  103  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.233451  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.36 
 
 
192 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.86 
 
 
193 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0837  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.19 
 
 
209 aa  103  2e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1446  hypothetical protein  31.95 
 
 
194 aa  103  2e-21  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.71 
 
 
205 aa  103  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.52 
 
 
205 aa  103  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0718  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.06 
 
 
207 aa  103  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157437  normal  0.726711 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02691  Holliday junction DNA helicase motor protein  36.43 
 
 
206 aa  102  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000921844  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  30.14 
 
 
203 aa  102  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2054  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.89 
 
 
203 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  0.142265 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1229  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.89 
 
 
203 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0100145  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1353  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.89 
 
 
203 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  hitchhiker  0.00521266 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0389  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.91 
 
 
200 aa  102  5e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174867  normal  0.0250824 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2109  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.89 
 
 
203 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.434147  normal  0.12473 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  30.14 
 
 
203 aa  102  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.01 
 
 
205 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2213  DNA recombination protein, RuvA  33.33 
 
 
191 aa  101  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0140161 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.14 
 
 
203 aa  101  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0419  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.19 
 
 
194 aa  101  6e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0335  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.97 
 
 
199 aa  101  6e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.642504  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.71 
 
 
205 aa  101  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.14 
 
 
203 aa  101  6e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.71 
 
 
205 aa  101  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.52 
 
 
205 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.71 
 
 
205 aa  101  7e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.52 
 
 
205 aa  101  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.52 
 
 
205 aa  101  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.14 
 
 
203 aa  101  9e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.14 
 
 
203 aa  101  9e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.14 
 
 
203 aa  101  9e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.14 
 
 
203 aa  101  9e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.14 
 
 
203 aa  101  9e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.57 
 
 
205 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2049  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.89 
 
 
203 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.774525  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.57 
 
 
205 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.57 
 
 
205 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0457  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.97 
 
 
204 aa  100  1e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0313  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.7 
 
 
196 aa  100  1e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.178792  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.57 
 
 
205 aa  100  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1226  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.78 
 
 
190 aa  100  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.57 
 
 
205 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.6 
 
 
199 aa  101  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4506  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.9 
 
 
205 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0564328  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4316  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.9 
 
 
205 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00104076  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4154  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.9 
 
 
205 aa  100  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000374115  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4165  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.9 
 
 
205 aa  100  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000436229  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1453  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.21 
 
 
187 aa  100  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.112528  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4651  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.9 
 
 
205 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00216004  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.39 
 
 
200 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4500  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.16 
 
 
541 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000049576 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0310  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.52 
 
 
194 aa  100  2e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.966825  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2033  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.57 
 
 
205 aa  100  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00030841  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4555  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.9 
 
 
205 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00127574  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1333  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.49 
 
 
203 aa  99.8  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000329731  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  33.15 
 
 
204 aa  99.8  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.71 
 
 
205 aa  99.4  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4268  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.9 
 
 
205 aa  99.8  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00764236  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.96 
 
 
202 aa  99.4  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4540  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.26 
 
 
205 aa  99  4e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000252775  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.16 
 
 
197 aa  99  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4502  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.34 
 
 
198 aa  99  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0695  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.26 
 
 
205 aa  99  4e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000711774  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.16 
 
 
197 aa  98.6  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0893  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.53 
 
 
200 aa  98.6  5e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000557116  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1819  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.29 
 
 
205 aa  99  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.180722  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2572  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.43 
 
 
205 aa  98.2  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0232474  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2103  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.29 
 
 
205 aa  98.6  6e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12850  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  36.36 
 
 
194 aa  98.2  7e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2777  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.03 
 
 
203 aa  98.2  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00115521  normal  0.0296247 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2212  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.48 
 
 
204 aa  98.2  8e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01600  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.22 
 
 
223 aa  98.2  8e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2945  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.51 
 
 
209 aa  97.8  9e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.016551  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  32.85 
 
 
205 aa  97.4  1e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.04 
 
 
194 aa  97.4  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.61 
 
 
199 aa  97.8  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1705  Holliday junction DNA helicase RuvA  30 
 
 
209 aa  97.1  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.275173  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>