More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Synpcc7942_1784 on replicon NC_007604
Organism: Synechococcus elongatus PCC 7942



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007604  Synpcc7942_1784  RNA polymerase sigma factor SigF  100 
 
 
260 aa  530  1e-149  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0903247  normal  0.197076 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0689  RNA polymerase sigma factor SigF  57.56 
 
 
255 aa  300  1e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00117274  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0670  RNA polymerase sigma factor SigF  57.56 
 
 
255 aa  300  1e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2055  RNA polymerase sigma factor SigF  57.2 
 
 
257 aa  286  2.9999999999999996e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3085  RNA polymerase sigma factor SigF  56.63 
 
 
261 aa  271  6e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4576  FliA/WhiG subfamily RNA polymerase sigma 28 subunit  51.41 
 
 
263 aa  264  1e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1686  RNA polymerase sigma factor SigF  52.32 
 
 
263 aa  258  9e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.648201 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4930  RNA polymerase sigma factor SigF  45.34 
 
 
258 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.113891 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4329  RNA polymerase sigma factor SigF  46.03 
 
 
258 aa  228  7e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4392  RNA polymerase sigma factor SigF  46.03 
 
 
258 aa  228  7e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.135805  hitchhiker  0.00000384566 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3916  RNA polymerase sigma factor SigF  46.03 
 
 
254 aa  222  4.9999999999999996e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3949  RNA polymerase sigma factor SigF  46.64 
 
 
262 aa  219  3e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1897  FliA/WhiG subfamily RNA polymerase sigma 28 subunit  47.41 
 
 
265 aa  218  5e-56  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1844  RNA polymerase sigma factor SigF  46.12 
 
 
258 aa  217  2e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1510  RNA polymerase sigma factor SigF  44.44 
 
 
259 aa  200  1.9999999999999998e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.252982  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5363  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  35.66 
 
 
268 aa  128  8.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.583087  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0455  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  31.71 
 
 
284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.333404  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0437  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  35.11 
 
 
256 aa  124  1e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3488  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  32.56 
 
 
256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1715  sigma-70 region 2 domain-containing protein  32.11 
 
 
270 aa  118  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01790  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.4 
 
 
267 aa  115  6e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.638502 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3903  sporulation sigma factor SigF  30.65 
 
 
252 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.715722  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4142  sporulation sigma factor SigF  30.65 
 
 
252 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000821538  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3983  sporulation sigma factor SigF  30.65 
 
 
252 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00304797  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3813  sporulation sigma factor SigF  30.65 
 
 
252 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3829  sporulation sigma factor SigF  30.65 
 
 
252 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000549151  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4182  sporulation sigma factor SigF  30.65 
 
 
252 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0460854  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4294  sporulation sigma factor SigF  30.65 
 
 
252 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.728684  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4094  sporulation sigma factor SigF  30.65 
 
 
252 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5514999999999997e-21 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4205  sporulation sigma factor SigF  30.65 
 
 
252 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000245022  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1056  sporulation sigma factor SigF  30.65 
 
 
252 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.656155  normal  0.0661655 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2771  sporulation sigma factor SigF  29.84 
 
 
252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000547183  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2900  RNA polymerase, sigma 28 subunit  34.5 
 
 
252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00742668  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2112  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  36.28 
 
 
360 aa  113  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014000  Ava_D0022  Sigma-70 region 2  32.13 
 
 
240 aa  110  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0564  RNA polymerase, sigma 28 subunit  32.74 
 
 
287 aa  109  3e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.244424  normal  0.87971 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0974  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  33.49 
 
 
376 aa  109  5e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.279124 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4789  RNA polymerase sigma factor SigF  32.16 
 
 
262 aa  109  5e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0939042  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2250  sporulation sigma factor SigF  27.89 
 
 
250 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4292  RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-B/F/G subfamily  31.56 
 
 
276 aa  108  8.000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.114987  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0009  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  28.57 
 
 
255 aa  108  9.000000000000001e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.00000000498773  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1660  RNA polymerase sigma factor SigF  33.04 
 
 
262 aa  108  9.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0928  RNA polymerase sigma factor SigB  33.64 
 
 
258 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0896  RNA polymerase sigma factor SigB  33.64 
 
 
258 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0992  RNA polymerase sigma factor SigB  33.64 
 
 
257 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3755  sigma 28 subunit  31.8 
 
 
338 aa  107  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1281  RNA polymerase sigma factor SigF  32.3 
 
 
263 aa  107  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.167478  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1358  RNA polymerase, sigma 28 subunit  31.62 
 
 
258 aa  108  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.317901  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1298  RNA polymerase sigma factor SigF  32.3 
 
 
263 aa  107  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0930015  normal  0.0420903 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1310  RNA polymerase sigma factor SigF  32.3 
 
 
263 aa  107  1e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0400  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  28.92 
 
 
249 aa  107  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0319697  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0913  RNA polymerase sigma factor SigB  33.18 
 
 
258 aa  107  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000335438  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1068  RNA polymerase sigma factor SigB  33.18 
 
 
257 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.67062e-37 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1925  sigma-70 region 4 domain-containing protein  30.8 
 
 
282 aa  106  3e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.31103  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1033  RNA polymerase sigma factor SigB  32.24 
 
 
257 aa  106  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2068  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  32.39 
 
 
261 aa  106  4e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4270  RNA polymerase sigma factor SigB  32.71 
 
 
257 aa  106  5e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0899706  hitchhiker  0.00271333 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13315  RNA polymerase sigma factor SigF  31.86 
 
 
261 aa  105  5e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1393  sigma-70 region 4 domain-containing protein  31.86 
 
 
260 aa  106  5e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0296356  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0903  RNA polymerase sigma factor SigB  32.24 
 
 
257 aa  106  5e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1159  RNA polymerase sigma factor SigB  32.71 
 
 
257 aa  105  6e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2870  sporulation sigma factor SigG  31.92 
 
 
273 aa  105  6e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000515832  hitchhiker  0.0000000000171975 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27140  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.02 
 
 
266 aa  105  7e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.967922  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0374  sporulation sigma factor SigF  27.89 
 
 
252 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3793  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG family  31.72 
 
 
326 aa  104  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.125919  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2642  RNA polymerase, sigma 28 subunit  30.77 
 
 
284 aa  103  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2687  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  30.77 
 
 
284 aa  103  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.198218  normal  0.0213055 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2671  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  30.77 
 
 
284 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0478  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  32.86 
 
 
238 aa  102  5e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0863  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  32.89 
 
 
245 aa  102  5e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1921  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  30.64 
 
 
366 aa  102  7e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1552  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigG  31.6 
 
 
256 aa  102  7e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178805  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3872  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  28.38 
 
 
270 aa  102  9e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.103123 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1813  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  30.96 
 
 
258 aa  102  9e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0724574  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1677  RNA polymerase sigma factor SigB  31.11 
 
 
256 aa  101  1e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7708  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  30.94 
 
 
353 aa  101  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.851755 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3442  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigF  30.22 
 
 
261 aa  100  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3813  sigma-70 region 2 domain-containing protein  29.52 
 
 
257 aa  100  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0641622  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1086  RNA polymerase sigma factor SigB  30.96 
 
 
257 aa  100  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14841  hypothetical protein  31.39 
 
 
237 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.246509 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0120  RNA polymerase, sigma 28 subunit  31.1 
 
 
246 aa  100  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0757  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  30.33 
 
 
253 aa  99.4  5e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.289787  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1496  sigma 28 (flagella/sporulation)  32.44 
 
 
270 aa  99.4  5e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4845  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  25.86 
 
 
265 aa  98.6  8e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.059143  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5399  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  32.33 
 
 
243 aa  98.6  9e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.189435  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8303  putative RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  31.42 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.477375  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3917  sporulation sigma factor SigG  29.49 
 
 
259 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000372162 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3955  sporulation sigma factor SigG  29.49 
 
 
259 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000614575  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4042  sporulation sigma factor SigG  29.49 
 
 
259 aa  97.1  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000307551  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4004  sporulation sigma factor SigG  29.49 
 
 
259 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000100542  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3730  sporulation sigma factor SigG  29.49 
 
 
292 aa  97.4  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000187869  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1237  sporulation sigma factor SigG  29.49 
 
 
259 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000299824  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3692  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  31.28 
 
 
267 aa  97.8  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.364276 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3400  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  26.15 
 
 
262 aa  97.4  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.543445  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3948  sporulation sigma factor SigG  29.49 
 
 
289 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000196829  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3754  sporulation sigma factor SigG  29.49 
 
 
289 aa  97.1  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000419985  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3645  sporulation sigma factor SigG  29.49 
 
 
289 aa  97.1  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.74076e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3662  sporulation sigma factor SigG  29.49 
 
 
289 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000167357  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4485  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  31 
 
 
263 aa  96.7  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.719923  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7186  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  25 
 
 
263 aa  96.7  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>