263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4858 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_2111  glycine--tRNA ligase  59.59 
 
 
738 aa  803    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.541212  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4858  glycine--tRNA ligase  100 
 
 
677 aa  1352    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1611  glycine--tRNA ligase  60 
 
 
723 aa  775    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0785205 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4348  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.66 
 
 
728 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.314297  hitchhiker  0.00562302 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4369  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  52.92 
 
 
701 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2357  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.85 
 
 
701 aa  608  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.306896  normal  0.223006 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2586  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.89 
 
 
727 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.577877  normal  0.134975 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0728  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.16 
 
 
741 aa  597  1e-169  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2175  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.81 
 
 
728 aa  584  1.0000000000000001e-165  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.754598  normal  0.117585 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3329  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  47.3 
 
 
733 aa  579  1e-164  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.10801  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1095  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.72 
 
 
760 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.729278  normal  0.459772 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2759  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.05 
 
 
704 aa  578  1e-164  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0714  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.5 
 
 
789 aa  577  1.0000000000000001e-163  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0538  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.61 
 
 
727 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.533831  normal  0.300886 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0540  glycine--tRNA ligase  47.92 
 
 
685 aa  573  1.0000000000000001e-162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228601  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2402  glycyl-tRNA synthetase beta chain  45.89 
 
 
720 aa  562  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0966728  normal  0.754916 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0583  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.04 
 
 
704 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.496315 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1138  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  50.78 
 
 
699 aa  556  1e-157  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3416  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  50.07 
 
 
696 aa  555  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.269984  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1109  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.09 
 
 
737 aa  555  1e-157  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2310  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.35 
 
 
687 aa  551  1e-155  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.75706 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2178  glycine--tRNA ligase  45.5 
 
 
738 aa  550  1e-155  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3096  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  47.82 
 
 
726 aa  548  1e-154  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.21 
 
 
724 aa  545  1e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0726267  normal  0.258667 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0466  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.13 
 
 
721 aa  543  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1858  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.09 
 
 
697 aa  542  1e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0507  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.88 
 
 
697 aa  543  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.250134  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.03 
 
 
764 aa  543  1e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.58245  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2955  glycine--tRNA ligase  47.7 
 
 
721 aa  536  1e-151  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0404  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.95 
 
 
777 aa  534  1e-150  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2731  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.91 
 
 
739 aa  535  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0985358  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0413  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.82 
 
 
777 aa  533  1e-150  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0956  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.6 
 
 
764 aa  530  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0522  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.49 
 
 
764 aa  523  1e-147  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0644  glycine--tRNA ligase  44.26 
 
 
758 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121642  normal  0.442369 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0380  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.3 
 
 
740 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2185  glycine--tRNA ligase  45.48 
 
 
723 aa  511  1e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1239  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.8 
 
 
760 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0577  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  44.56 
 
 
686 aa  461  9.999999999999999e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0505087  hitchhiker  0.0000000000000536601 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1221  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.4 
 
 
822 aa  458  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.64374 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2126  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  49.61 
 
 
821 aa  445  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.91 
 
 
683 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1441  glycine--tRNA ligase  39.92 
 
 
700 aa  419  9.999999999999999e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.764176  normal  0.147312 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.48 
 
 
683 aa  415  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.42 
 
 
684 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.42 
 
 
684 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.13 
 
 
684 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.28 
 
 
684 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.74 
 
 
684 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.54 
 
 
685 aa  405  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2472  glycine--tRNA ligase  37.13 
 
 
695 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0180526  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.78 
 
 
685 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0604  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.63 
 
 
694 aa  400  9.999999999999999e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.74 
 
 
684 aa  397  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.06 
 
 
684 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.69 
 
 
689 aa  389  1e-107  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2445  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.3 
 
 
694 aa  390  1e-107  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.83 
 
 
692 aa  389  1e-107  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3047  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.81 
 
 
698 aa  386  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.228214  normal  0.0284837 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  38.88 
 
 
693 aa  384  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1733  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.82 
 
 
690 aa  380  1e-104  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.18 
 
 
697 aa  375  1e-102  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3059  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.53 
 
 
687 aa  375  1e-102  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  36.3 
 
 
696 aa  369  1e-101  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.2 
 
 
692 aa  372  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0579  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.69 
 
 
687 aa  366  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1773  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.47 
 
 
697 aa  367  1e-100  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0663369  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1022  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.01 
 
 
687 aa  367  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.208045  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2033  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.94 
 
 
696 aa  366  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00144588  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0916  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.65 
 
 
694 aa  366  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0485  glycine--tRNA ligase  36.15 
 
 
688 aa  365  1e-99  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0656  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.97 
 
 
687 aa  363  4e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70031e-23 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.08 
 
 
693 aa  361  2e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.63 
 
 
690 aa  362  2e-98  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.39 
 
 
693 aa  362  2e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1803  glycyl-tRNA synthetase beta chain  36.42 
 
 
688 aa  359  9.999999999999999e-98  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0642  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.4 
 
 
687 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.91532  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.1 
 
 
692 aa  356  8.999999999999999e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3672  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.67 
 
 
688 aa  356  8.999999999999999e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0142363  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1804  glycyl-tRNA synthetase beta chain  36.36 
 
 
688 aa  355  1e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.52 
 
 
697 aa  355  1e-96  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1266  glycine--tRNA ligase  35.65 
 
 
696 aa  355  2e-96  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.56 
 
 
692 aa  354  4e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.29 
 
 
688 aa  353  5e-96  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2941  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.04 
 
 
686 aa  353  5.9999999999999994e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.125162  hitchhiker  0.000287233 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1385  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.64 
 
 
696 aa  352  8.999999999999999e-96  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.036221  normal  0.597652 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1195  glycine--tRNA ligase, beta subunit  35.2 
 
 
729 aa  352  1e-95  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11030  glycyl-tRNA synthetase, tetrameric type, beta subunit  37.36 
 
 
694 aa  351  2e-95  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000604533 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1686  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.4 
 
 
696 aa  350  5e-95  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.78284  normal  0.0276337 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.06 
 
 
688 aa  350  5e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.59 
 
 
689 aa  350  5e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.98 
 
 
689 aa  350  5e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.05 
 
 
689 aa  350  6e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0993  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.86 
 
 
693 aa  350  7e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.83 
 
 
689 aa  349  8e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.83 
 
 
689 aa  348  2e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  35.34 
 
 
691 aa  348  3e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.69 
 
 
688 aa  347  5e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.12 
 
 
688 aa  347  5e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.69 
 
 
689 aa  347  6e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>