More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4854 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4854  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 231 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0303  two component transcriptional regulator  91.15 
 
 		 233 aa  427  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0563  two component transcriptional regulator  89.38 
 
 		 235 aa  416  9.999999999999999e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.621979  normal  0.422433 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2174  two component transcriptional regulator  80.52 
 
 		 235 aa  387  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.77199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5319  cell cycle transcriptional regulator CtrA  80.09 
 
 		 233 aa  384  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0983847 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0824  response regulator receiver  80.7 
 
 		 233 aa  381  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.788002  normal  0.224481 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0784  two component transcriptional regulator, winged helix family  80.7 
 
 		 233 aa  381  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.182528 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2605  two component transcriptional regulator  82.22 
 
 		 233 aa  381  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0747  two component transcriptional regulator, winged helix family  80.7 
 
 		 233 aa  380  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.485257  normal  0.934966 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2213  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  80.52 
 
 		 249 aa  381  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.88155  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3079  two component transcriptional regulator, winged helix family  80.43 
 
 		 233 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0344  two component transcriptional regulator  79.4 
 
 		 233 aa  378  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.348132 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1822  two component transcriptional regulator, winged helix family  79.91 
 
 		 233 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.077619  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3527  two component response regulator  80.26 
 
 		 233 aa  378  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3912  two component transcriptional regulator  79.91 
 
 		 233 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4233  two component transcriptional regulator  78.97 
 
 		 233 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0736222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5573  two component transcriptional regulator  80.7 
 
 		 233 aa  379  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.30933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3672  winged helix family two component transcriptional regulator  79.91 
 
 		 233 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3946  two component transcriptional regulator  80.26 
 
 		 233 aa  378  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.26309  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3622  two component transcriptional regulator, winged helix family  80.26 
 
 		 233 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0114155  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0669  transcription regulator CtrA  79.22 
 
 		 231 aa  380  1e-104  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.7626  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3336  two component transcriptional regulator, winged helix family  80.43 
 
 		 233 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.523001 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6533  cell cycle transcriptional regulator CtrA  79.65 
 
 		 233 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.1191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1026  two component transcriptional regulator  78.35 
 
 		 231 aa  377  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0525  transcriptional regulatory protein  79.48 
 
 		 233 aa  376  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.369528  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2529  two component transcriptional regulator, winged helix family  81.25 
 
 		 233 aa  375  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3371  two component transcriptional regulator  79.39 
 
 		 233 aa  374  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.442318  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1399  two component transcriptional regulator  77.88 
 
 		 239 aa  376  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1569  two component transcriptional regulator  79.56 
 
 		 232 aa  372  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1599  cell cycle transcriptional regulator CtrA  79.56 
 
 		 232 aa  371  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0123641  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1542  cell cycle transcriptional regulator CtrA  79.56 
 
 		 232 aa  371  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6127  two component transcriptional regulator  79.74 
 
 		 233 aa  373  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1508  cell cycle transcriptional regulator ctrA  75.32 
 
 		 237 aa  367  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3488  two component transcriptional regulator  78.12 
 
 		 233 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.487721  normal  0.120653 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2621  two component transcriptional regulator  77.68 
 
 		 237 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.75303  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1279  two component transcriptional regulator  77.68 
 
 		 237 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.461363  normal  0.257738 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2505  two component transcriptional regulator  77.68 
 
 		 238 aa  366  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.791438  normal  0.178168 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1019  cell cycle transcriptional regulator CtrA  79.46 
 
 		 233 aa  365  1e-100  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.736916  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1903  two component transcriptional regulator  77.23 
 
 		 237 aa  366  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0525  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  69.47 
 
 		 239 aa  328  5.0000000000000004e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0732  cell cycle transcriptional regulator  56.33 
 
 		 256 aa  255  5e-67  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0817  response regulator receiver: C terminal  56.83 
 
 		 266 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0415499  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1012  DNA-binding response regulator  56.83 
 
 		 265 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0213425  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4096  two component transcriptional regulator  70.39 
 
 		 184 aa  239  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1202  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.5 
 
 		 244 aa  233  3e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0234  DNA-binding response regulator  37.93 
 
 		 265 aa  168  7e-41  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1830  two component transcriptional regulator  41.79 
 
 		 250 aa  167  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0496  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.569564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4036  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  41.82 
 
 		 227 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  41.82 
 
 		 227 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 222 aa  159  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3958  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 237 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.44 
 
 		 227 aa  158  7e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3353  response regulator receiver domain-containing protein  40.91 
 
 		 225 aa  157  9e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371413  normal  0.100473 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1505  response regulator receiver  39.82 
 
 		 219 aa  156  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.404603  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 229 aa  156  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1476  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 219 aa  156  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2223  winged helix family two component transcriptional regulator  37.84 
 
 		 229 aa  156  3e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335669  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1969  response regulator receiver domain-containing protein  39.46 
 
 		 219 aa  155  6e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.478098  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  37.27 
 
 		 224 aa  155  7e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.83 
 
 		 225 aa  155  7e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 223 aa  154  9e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1841  two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 216 aa  154  1e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0207334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2950  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.05 
 
 		 258 aa  154  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0307025  normal  0.153934 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 225 aa  153  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  39.82 
 
 		 223 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 227 aa  152  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2505  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 226 aa  152  5e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.457878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 225 aa  152  5e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 		 225 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.29 
 
 		 224 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5798  winged helix family two component transcriptional regulator  39.47 
 
 		 242 aa  151  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0751826 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.64 
 
 		 219 aa  151  8e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.732153 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 225 aa  151  8e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4163  two component transcriptional regulator  36.61 
 
 		 223 aa  150  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  37.12 
 
 		 231 aa  151  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  37.97 
 
 		 235 aa  150  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2976  two component transcriptional regulator  37.22 
 
 		 225 aa  149  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.176642 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4932  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 221 aa  149  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0003  response regulator receiver  38.29 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  39.37 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.82 
 
 		 225 aa  149  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.6 
 
 		 223 aa  149  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.82 
 
 		 225 aa  149  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  39.82 
 
 		 225 aa  149  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.84 
 
 		 224 aa  149  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2084  DNA-binding heavy metal response regulator  41.3 
 
 		 230 aa  149  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000771382  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  37.56 
 
 		 231 aa  149  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.37 
 
 		 220 aa  148  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  37.78 
 
 		 227 aa  148  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3453  two component transcriptional regulator  36.61 
 
 		 224 aa  148  7e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1708  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.56 
 
 		 228 aa  148  7e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.476364 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0124  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 221 aa  148  7e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 220 aa  148  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 224 aa  148  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1620  two component transcriptional regulator  43.17 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000174219  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 222 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  36.73 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  39.01 
 
 		 221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>