185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1587 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 286 aa  583  1.0000000000000001e-165  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  98.6 
 
 		 286 aa  574  1.0000000000000001e-163  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  47.29 
 
 		 284 aa  250  2e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1472  hypothetical protein  37.72 
 
 		 287 aa  172  5.999999999999999e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.355759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4567  hypothetical protein  36.6 
 
 		 264 aa  168  1e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.266381 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  39.64 
 
 		 287 aa  162  5.0000000000000005e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 288 aa  159  5e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0632  helix-turn-helix domain-containing protein  32.16 
 
 		 285 aa  157  3e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  34.67 
 
 		 285 aa  155  6e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  36.81 
 
 		 289 aa  155  6e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4415  helix-turn-helix domain-containing protein  30.4 
 
 		 283 aa  154  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  38.37 
 
 		 288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  35 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  37.46 
 
 		 283 aa  150  3e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  36.02 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  35.25 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  35.64 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  36.13 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  35.71 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  37.96 
 
 		 292 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0512  helix-turn-helix domain-containing protein  36.8 
 
 		 270 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.89469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  34.43 
 
 		 293 aa  139  7e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  34.77 
 
 		 410 aa  138  7.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  36.8 
 
 		 283 aa  137  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 282 aa  137  2e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  32.01 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  34.67 
 
 		 303 aa  136  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  37.23 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  34.41 
 
 		 291 aa  135  6.0000000000000005e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  33.21 
 
 		 291 aa  135  6.0000000000000005e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  34.4 
 
 		 282 aa  133  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  34.59 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  34.75 
 
 		 278 aa  132  9e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  35.98 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  34.25 
 
 		 296 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  33.57 
 
 		 281 aa  128  9.000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  36.78 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  37.66 
 
 		 295 aa  126  5e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.5 
 
 		 292 aa  125  6e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  33.45 
 
 		 296 aa  125  8.000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  38.43 
 
 		 295 aa  125  8.000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  32.86 
 
 		 287 aa  124  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  30.57 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  31.07 
 
 		 282 aa  123  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  33.45 
 
 		 284 aa  122  5e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  38.2 
 
 		 280 aa  121  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  32.03 
 
 		 285 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0089  hypothetical protein  36.59 
 
 		 276 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.21 
 
 		 279 aa  120  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  31.45 
 
 		 281 aa  120  3e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  35.14 
 
 		 285 aa  120  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  31.62 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  35.55 
 
 		 280 aa  119  6e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  31.71 
 
 		 295 aa  119  6e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  31.54 
 
 		 308 aa  119  7.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  34.38 
 
 		 294 aa  119  7.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  33.46 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  37.99 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  35.56 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  29.64 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  32.96 
 
 		 290 aa  115  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  33.94 
 
 		 310 aa  115  6e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  30.88 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  30.42 
 
 		 284 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0442  helix-turn-helix domain protein  34.95 
 
 		 284 aa  113  3e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 278 aa  112  5e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.56 
 
 		 281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  29.78 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  28.33 
 
 		 328 aa  111  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4245  transcriptional regulator, XRE family  31.01 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.116487 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  26.98 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  31.62 
 
 		 287 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.33 
 
 		 284 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  32.78 
 
 		 212 aa  109  6e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  32.8 
 
 		 294 aa  108  8.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2449  helix-turn-helix domain-containing protein  30.6 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17027  normal  0.257338 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  29.55 
 
 		 284 aa  106  5e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5038  helix-turn-helix domain protein  31.03 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  29.17 
 
 		 285 aa  104  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0030  helix-turn-helix domain protein  36.93 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4270  helix-turn-helix domain protein  34.63 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8469  transcriptional regulator, XRE family  30.89 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.487946 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0902  helix-turn-helix domain protein  31.45 
 
 		 292 aa  103  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.579826  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  28.92 
 
 		 282 aa  102  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20620  Helix-turn-helix protein  28.42 
 
 		 281 aa  102  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0588198  normal  0.440077 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0488  transcriptional regulator, XRE family  29.63 
 
 		 267 aa  100  3e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1944  transcriptional regulator, XRE family  32.66 
 
 		 279 aa  100  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1248  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.57 
 
 		 267 aa  99.8  5e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2430  transcriptional regulator, XRE family  27.64 
 
 		 276 aa  99.4  5e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.74 
 
 		 283 aa  98.2  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4987  transcriptional regulator, XRE family  29.64 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.815997  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  29.64 
 
 		 293 aa  97.1  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61958  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1349  hypothetical protein  30 
 
 		 293 aa  96.7  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0107  helix-turn-helix domain protein  29.43 
 
 		 297 aa  95.5  8e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14260  Helix-turn-helix protein  27.34 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>