More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1175 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  617  1e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  48.82 
 
 		 301 aa  300  1e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 299 aa  215  8e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 335 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 303 aa  212  7e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 342 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  37.89 
 
 		 300 aa  199  7e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  38.25 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  37.28 
 
 		 297 aa  192  8e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 312 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  37.54 
 
 		 297 aa  188  9e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2013  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.4 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000422246  normal  0.025363 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0518  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 306 aa  186  6e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 300 aa  185  7e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2112  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.55 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000406165  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0689  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 332 aa  184  1.0000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.34 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000020853  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000157  transcriptional regulator LysR family  36.62 
 
 		 295 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0204379  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 297 aa  182  6e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 297 aa  182  7e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1489  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 302 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6340  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 302 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2002  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.92 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0975568  hitchhiker  0.000333311 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.92 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  0.000037985 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1974  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.56 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00037862  normal  0.59258 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05788  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 295 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5474  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.361907  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 297 aa  178  9e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.2 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000614587  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.2 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.2 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000582492  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 297 aa  177  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.2 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000280359  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2374  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.56 
 
 		 300 aa  177  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 297 aa  177  3e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  35.25 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0923  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.53 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4846  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.03 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2137  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.53 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543742  normal  0.0202004 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 320 aa  175  8e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 359 aa  175  8e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 320 aa  175  8e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0736  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.54796  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.46 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0501585 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.48 
 
 		 329 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000154279  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3032  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.84 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177105  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0518  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3521  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.81702  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0478  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1117  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1805  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.57 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.524911  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0542  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4333  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3593  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.480915  normal  0.520178 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3426  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0409161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3423  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3530  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.24524  normal  0.157223 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3496  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.149256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 300 aa  169  7e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03658  hypothetical protein  35.69 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03709  putative conserved protein  35.69 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4196  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191866 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3124  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 317 aa  167  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151908  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02925  hypothetical protein  35.69 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02974  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.69 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0596  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3295  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0591  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3580  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3030  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.503722  normal  0.316328 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4420  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0786567 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3403  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3395  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1810  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.38 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000533162  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3558  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.755428 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4168  MarR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0180003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2932  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 317 aa  159  4e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2194  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 		 314 aa  159  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.431967  hitchhiker  0.00000655137 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>