215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_1533 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_1533  folate-binding protein YgfZ  100 
 
 
291 aa  573  1.0000000000000001e-162  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00606  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  58.15 
 
 
268 aa  266  4e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0340  putative aminomethyl transferase  48.74 
 
 
305 aa  252  5.000000000000001e-66  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0376  hypothetical protein  48.9 
 
 
267 aa  244  9.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.482866  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.32 
 
 
334 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2199  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.82 
 
 
339 aa  105  8e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  34.31 
 
 
321 aa  104  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  34.31 
 
 
321 aa  104  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.62 
 
 
328 aa  102  7e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  31.12 
 
 
354 aa  102  9e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  29.82 
 
 
356 aa  100  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.19 
 
 
344 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  33.48 
 
 
348 aa  99.8  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2253  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.74 
 
 
317 aa  99.8  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  32.24 
 
 
308 aa  99.8  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  33.48 
 
 
348 aa  99.4  6e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  33.48 
 
 
348 aa  99.4  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1881  folate-binding protein YgfZ  33.06 
 
 
348 aa  99.4  6e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.428189  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  33.48 
 
 
348 aa  99.4  6e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  33.48 
 
 
348 aa  99.4  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  33.48 
 
 
348 aa  99.4  6e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  33.48 
 
 
348 aa  99.4  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.76 
 
 
344 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.76 
 
 
344 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.76 
 
 
344 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1989  folate-binding protein YgfZ  31.82 
 
 
311 aa  97.4  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1715  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.82 
 
 
311 aa  97.4  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.2209 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  33.48 
 
 
345 aa  95.9  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  33.33 
 
 
310 aa  95.5  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0881  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29 
 
 
335 aa  93.6  4e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  32.31 
 
 
348 aa  93.2  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1003  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.58 
 
 
303 aa  91.7  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.82421  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.61 
 
 
318 aa  91.7  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  32.54 
 
 
323 aa  91.7  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.05 
 
 
344 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  30.28 
 
 
321 aa  90.9  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.04 
 
 
354 aa  90.1  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1782  hypothetical protein  31.56 
 
 
346 aa  90.1  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000345252  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  31.02 
 
 
346 aa  90.1  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2267  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  29.55 
 
 
326 aa  90.1  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  31.17 
 
 
319 aa  89.4  7e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  30.99 
 
 
346 aa  89  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1946  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.28 
 
 
317 aa  88.6  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0968  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.41 
 
 
336 aa  88.6  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.776071  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  32.05 
 
 
349 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3386  folate-binding protein YgfZ  31.03 
 
 
315 aa  87  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00306542  normal  0.164661 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.05 
 
 
348 aa  87.4  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.62 
 
 
317 aa  87  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2265  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  32.49 
 
 
361 aa  86.7  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.305668 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0630  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.67 
 
 
323 aa  85.9  7e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.31258  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  28.39 
 
 
318 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1937  folate-binding protein YgfZ  32.07 
 
 
357 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  normal  0.508771 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.74 
 
 
304 aa  84.7  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2505  folate-binding protein YgfZ  31.03 
 
 
345 aa  84.7  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438476  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4132  putative aminomethyltransferase  26.82 
 
 
324 aa  82.8  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.510492  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  26.39 
 
 
320 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.54 
 
 
318 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.42 
 
 
373 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 
322 aa  80.9  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.04 
 
 
325 aa  80.9  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  28.69 
 
 
320 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.85 
 
 
320 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.12 
 
 
318 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.88 
 
 
336 aa  79.7  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.69 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.69 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.42 
 
 
348 aa  79.3  0.00000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.35 
 
 
318 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3198  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.31 
 
 
322 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  24.82 
 
 
278 aa  79  0.00000000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.9 
 
 
318 aa  79  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  27.27 
 
 
313 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.59 
 
 
313 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.93 
 
 
318 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03546  aminomethyltransferase  27.63 
 
 
322 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002488  glycine cleavage T-protein  28.38 
 
 
322 aa  76.3  0.0000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.923355  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3948  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.01 
 
 
321 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.828839  normal  0.672374 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.56 
 
 
320 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1823  folate-binding protein YgfZ  29 
 
 
344 aa  75.9  0.0000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3160  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.69 
 
 
319 aa  75.5  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00213  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3962  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.26 
 
 
315 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.812707  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1463  GcvT-like aminomethyltransferase  29.06 
 
 
313 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0953124  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2535  hypothetical protein  26.88 
 
 
318 aa  73.6  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1294  aminomethyl transferase  26.61 
 
 
277 aa  73.2  0.000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  26.9 
 
 
313 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0537  glycine cleavage T-protein  24.91 
 
 
258 aa  71.2  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000137098  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  29.15 
 
 
284 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1643  aminomethyltransferase family protein  24.91 
 
 
258 aa  71.2  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0969533  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  28.41 
 
 
284 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3899  putative global regulator  28.37 
 
 
330 aa  70.1  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  27.86 
 
 
285 aa  69.3  0.00000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.25 
 
 
347 aa  69.3  0.00000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  26.76 
 
 
313 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.76 
 
 
293 aa  68.9  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1085  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.77 
 
 
309 aa  68.6  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000414438  hitchhiker  0.0000000121971 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.61 
 
 
354 aa  68.9  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13620  ygfZ-like protein  27.78 
 
 
315 aa  68.6  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  27.35 
 
 
291 aa  68.9  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4761  hypothetical protein  28.76 
 
 
314 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.72 
 
 
288 aa  68.2  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>