More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_10110 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_10110  transcriptional regulator  100 
 
 		 342 aa  662    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.625648 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1083  transcriptional regulator, LacI family  69.94 
 
 		 335 aa  441  1e-123  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0310257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1766  transcriptional regulator, LacI family  64.74 
 
 		 340 aa  424  1e-117  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0293304  normal  0.0298236 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1322  transcriptional regulator, LacI family  66.77 
 
 		 336 aa  411  1e-114  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1191  transcriptional regulator, LacI family  62.61 
 
 		 336 aa  378  1e-104  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.218553  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0414  regulatory protein LacI  57.93 
 
 		 333 aa  332  5e-90  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.265718 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2988  transcriptional regulator, LacI family  57.14 
 
 		 328 aa  318  6e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.922053  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1317  transcriptional regulator, LacI family  55.49 
 
 		 353 aa  311  7.999999999999999e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2405  LacI family transcriptional regulator  51.38 
 
 		 333 aa  308  5.9999999999999995e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.475476 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2169  transcriptional regulator, LacI family  51.5 
 
 		 337 aa  305  8.000000000000001e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1296  LacI family transcription regulator  50.76 
 
 		 334 aa  295  9e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4934  transcriptional regulator, LacI family  48.02 
 
 		 336 aa  277  2e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.129155  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5557  transcriptional regulator, LacI family  49.55 
 
 		 327 aa  272  5.000000000000001e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.687181  normal  0.634318 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4675  transcriptional regulator, LacI family  46.1 
 
 		 335 aa  246  6e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3464  LacI family transcription regulator  43.73 
 
 		 340 aa  244  9.999999999999999e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13620  transcriptional regulator  42.9 
 
 		 333 aa  238  1e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2612  transcriptional regulator, LacI family  42.81 
 
 		 342 aa  234  2.0000000000000002e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.109106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1842  transcriptional regulator, LacI family  44.85 
 
 		 323 aa  231  9e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01800  transcriptional regulator  39.04 
 
 		 341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1242  LacI family transcription regulator  35.35 
 
 		 340 aa  185  1.0000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0384  regulatory protein LacI  38.62 
 
 		 339 aa  183  4.0000000000000006e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.899866  normal  0.153938 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3601  transcriptional regulator, LacI family  37.72 
 
 		 358 aa  179  5.999999999999999e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0229751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6905  transcriptional regulator, LacI family  35.93 
 
 		 334 aa  179  5.999999999999999e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00908765  hitchhiker  0.00367965 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4925  transcriptional regulator, LacI family  37.13 
 
 		 358 aa  176  4e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.344925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0183  transcriptional regulator, LacI family  34.69 
 
 		 344 aa  170  3e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4931  transcriptional regulator, LacI family  39.71 
 
 		 340 aa  152  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.699714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1061  LacI family response repressor  32.01 
 
 		 328 aa  149  7e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.023904  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3594  transcriptional regulator, LacI family  34.68 
 
 		 339 aa  141  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  33.83 
 
 		 338 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  29.66 
 
 		 333 aa  138  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01470  transcriptional regulator  35.31 
 
 		 351 aa  137  4e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  32.65 
 
 		 337 aa  135  9e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17790  transcriptional regulator  46.99 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.255976  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 353 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  31.96 
 
 		 340 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  32.54 
 
 		 338 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  31.98 
 
 		 333 aa  128  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  31.87 
 
 		 340 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  31.87 
 
 		 340 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  31.58 
 
 		 340 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 339 aa  122  9e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  29.03 
 
 		 341 aa  122  9e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  29.97 
 
 		 333 aa  122  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  26.52 
 
 		 332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0544  LacI family transcription regulator  30.86 
 
 		 335 aa  120  1.9999999999999998e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3199  LacI family transcription regulator  34.29 
 
 		 338 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.13351 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  26.22 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4583  transcriptional regulator, LacI family  32.61 
 
 		 343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0718425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0275  transcriptional regulator, LacI family  34.6 
 
 		 339 aa  118  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.555598 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  27.08 
 
 		 337 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2354  LacI family transcription regulator  33.01 
 
 		 344 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756754  normal  0.112701 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4929  LacI family transcription regulator  32.56 
 
 		 346 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.33528  normal  0.200034 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2575  transcriptional regulator, LacI family  25.88 
 
 		 340 aa  116  5e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000166441  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3585  LacI family transcription regulator  25.66 
 
 		 340 aa  116  6e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000546261  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  28.66 
 
 		 332 aa  116  6e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 355 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.08 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5637  LacI family transcription regulator  30.54 
 
 		 338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.339737  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  30.84 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  30.95 
 
 		 352 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5484  LacI family transcription regulator  32.28 
 
 		 345 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238485 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  28.49 
 
 		 336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1333  transcriptional regulator, LacI family  32.07 
 
 		 347 aa  114  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00834702  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  29.88 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4580  LacI family transcription regulator  31.95 
 
 		 351 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000821982 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05320  transcriptional regulator  35.44 
 
 		 371 aa  114  3e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  30.34 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.36 
 
 		 341 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  25.45 
 
 		 341 aa  113  4.0000000000000004e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5204  LacI family transcription regulator  31.95 
 
 		 351 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.210784  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5655  LacI family transcription regulator  31.95 
 
 		 351 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  normal  0.330046 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1078  transcriptional regulator, LacI family  29.39 
 
 		 334 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527595 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3331  regulatory protein LacI  29.39 
 
 		 334 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4573  LacI family transcription regulator  30.52 
 
 		 326 aa  112  7.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0936264  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  29.07 
 
 		 341 aa  112  9e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  29.07 
 
 		 341 aa  112  9e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  30.29 
 
 		 343 aa  112  9e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.07 
 
 		 341 aa  112  9e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.07 
 
 		 341 aa  112  9e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.07 
 
 		 341 aa  112  9e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.07 
 
 		 341 aa  112  9e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.07 
 
 		 341 aa  112  9e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  29.07 
 
 		 341 aa  112  9e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  29.39 
 
 		 348 aa  112  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1063  LacI family transcription regulator  29.08 
 
 		 325 aa  111  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.741114 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  29 
 
 		 332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  30.29 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  32.31 
 
 		 357 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3312  LacI family transcription regulator  27.91 
 
 		 336 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  29.38 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  30.33 
 
 		 349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  30.29 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  30.29 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  31.09 
 
 		 353 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.36 
 
 		 341 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  29.29 
 
 		 343 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.36 
 
 		 341 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  29.29 
 
 		 343 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  29.29 
 
 		 343 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  29.29 
 
 		 343 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>