More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5484 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4929  LacI family transcription regulator  99.13 
 
 		 346 aa  658    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.33528  normal  0.200034 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5484  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 345 aa  669    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238485 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4580  LacI family transcription regulator  91.15 
 
 		 351 aa  595  1e-169  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000821982 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5204  LacI family transcription regulator  90.86 
 
 		 351 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.210784  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5655  LacI family transcription regulator  90.86 
 
 		 351 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  normal  0.330046 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3199  LacI family transcription regulator  88.69 
 
 		 338 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.13351 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2354  LacI family transcription regulator  67.06 
 
 		 344 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756754  normal  0.112701 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4583  transcriptional regulator, LacI family  67.65 
 
 		 343 aa  434  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0718425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6022  LacI family transcription regulator  52.79 
 
 		 337 aa  309  4e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4882  LacI family transcription regulator  52.38 
 
 		 337 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3283  LacI family transcription regulator  52.38 
 
 		 337 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.815296 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6322  LacI family transcription regulator  52.08 
 
 		 337 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  34.58 
 
 		 342 aa  182  9.000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  37.76 
 
 		 343 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  37.76 
 
 		 343 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.18 
 
 		 336 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  37.71 
 
 		 343 aa  180  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  38.01 
 
 		 343 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  38.01 
 
 		 343 aa  179  9e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  38.01 
 
 		 343 aa  179  9e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  38.01 
 
 		 343 aa  179  9e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1214  transcriptional regulator, LacI family  37.94 
 
 		 333 aa  178  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000107104  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.36 
 
 		 330 aa  177  3e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.64 
 
 		 335 aa  176  6e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  35.94 
 
 		 343 aa  175  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  37.61 
 
 		 347 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  36.28 
 
 		 329 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  37.28 
 
 		 343 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  37.28 
 
 		 343 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  37.28 
 
 		 343 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  36.78 
 
 		 346 aa  172  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.87 
 
 		 337 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  34.32 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  37.07 
 
 		 346 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  38.82 
 
 		 326 aa  171  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  31.68 
 
 		 355 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  37.28 
 
 		 346 aa  170  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  37.9 
 
 		 353 aa  170  4e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  36.98 
 
 		 343 aa  169  7e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  37.57 
 
 		 346 aa  169  8e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  35.88 
 
 		 332 aa  169  8e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  35.96 
 
 		 335 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.51 
 
 		 323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  33.53 
 
 		 323 aa  165  9e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  37.34 
 
 		 333 aa  165  9e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  33.53 
 
 		 323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  34.15 
 
 		 323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  33.53 
 
 		 323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  33.53 
 
 		 323 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  33.53 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  33.24 
 
 		 323 aa  164  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  33.54 
 
 		 323 aa  164  3e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  33.24 
 
 		 323 aa  164  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  31.64 
 
 		 347 aa  163  4.0000000000000004e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  34.19 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  34.69 
 
 		 339 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  33.85 
 
 		 323 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  39.64 
 
 		 336 aa  162  9e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  36.73 
 
 		 353 aa  161  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  32.92 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  35.84 
 
 		 338 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  32.25 
 
 		 333 aa  160  4e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  36.09 
 
 		 340 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  32.35 
 
 		 334 aa  159  7e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  33.04 
 
 		 336 aa  158  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  29.88 
 
 		 324 aa  159  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  34.64 
 
 		 348 aa  157  2e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  32.59 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  35.71 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  32.15 
 
 		 336 aa  157  3e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.46 
 
 		 336 aa  157  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0329  LacI family transcription regulator  32.43 
 
 		 347 aa  156  4e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16025  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3013  transcriptional regulator, LacI family  37.91 
 
 		 326 aa  157  4e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.168933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.17 
 
 		 333 aa  156  5.0000000000000005e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  30.39 
 
 		 332 aa  155  7e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20530  transcriptional regulator, LacI family  32.26 
 
 		 341 aa  155  9e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  35.47 
 
 		 340 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0983  ribose operon repressor, putative  38.56 
 
 		 363 aa  155  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  30.07 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3324  LacI family transcription regulator  36.96 
 
 		 347 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370251  normal  0.267565 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  34.71 
 
 		 338 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  34.59 
 
 		 333 aa  154  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1502  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.62 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.725302 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  33.92 
 
 		 333 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  35.78 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0282  LacI family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.727359 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  34.3 
 
 		 331 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.96 
 
 		 342 aa  154  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  36.69 
 
 		 332 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  34.88 
 
 		 359 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  37.25 
 
 		 349 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  31.74 
 
 		 332 aa  153  4e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  34.78 
 
 		 357 aa  153  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  33.63 
 
 		 338 aa  153  5e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  35.48 
 
 		 340 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6994  LacI family transcription regulator  37.54 
 
 		 359 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.686492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  34.55 
 
 		 323 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  32.09 
 
 		 336 aa  152  8e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.88 
 
 		 342 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  35.19 
 
 		 340 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>