56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_06440 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_06440  sugar phosphate isomerase/epimerase  100 
 
 		 300 aa  592  1e-168  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  71.81 
 
 		 298 aa  394  1e-109  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  67.58 
 
 		 285 aa  382  1e-105  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2177  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  64.97 
 
 		 279 aa  353  2e-96  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0895  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  69.83 
 
 		 298 aa  350  1e-95  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0606369  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0137  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.89 
 
 		 276 aa  313  1.9999999999999998e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  53.9 
 
 		 288 aa  291  1e-77  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  54.92 
 
 		 285 aa  289  3e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  53.79 
 
 		 293 aa  280  2e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.1 
 
 		 269 aa  278  9e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.21 
 
 		 290 aa  272  6e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.834913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  49.31 
 
 		 266 aa  246  3e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.48 
 
 		 276 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2281  hitchhiker  0.0000101278 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  47.28 
 
 		 292 aa  230  3e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4011  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.83 
 
 		 276 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  47.1 
 
 		 274 aa  226  3e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  43.64 
 
 		 277 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3593  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.33 
 
 		 265 aa  209  4e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244317  normal  0.215314 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1107  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.63 
 
 		 273 aa  202  5e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6262  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.96 
 
 		 278 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  0.603305 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.21 
 
 		 274 aa  193  3e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.362033  normal  0.0199285 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2882  xylose isomerase domain-containing protein  41.75 
 
 		 276 aa  193  3e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1856  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.81 
 
 		 292 aa  189  5.999999999999999e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0615  xylose isomerase domain-containing protein  40.54 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 278 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4176  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.27 
 
 		 394 aa  178  9e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346853  hitchhiker  0.000695283 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  38.19 
 
 		 280 aa  169  4e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  37.85 
 
 		 280 aa  169  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  37.85 
 
 		 280 aa  169  8e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  37.85 
 
 		 280 aa  169  8e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  37.5 
 
 		 280 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  37.5 
 
 		 280 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.46 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.26 
 
 		 286 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2394  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.91 
 
 		 316 aa  94.4  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.515446  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  29.87 
 
 		 268 aa  61.6  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  31.37 
 
 		 290 aa  57  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.41 
 
 		 313 aa  54.7  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  25.08 
 
 		 277 aa  54.3  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  26.75 
 
 		 278 aa  50.8  0.00003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  29.37 
 
 		 295 aa  50.1  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  27.21 
 
 		 297 aa  48.5  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  28.17 
 
 		 295 aa  48.9  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  25.91 
 
 		 272 aa  47.8  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.37 
 
 		 628 aa  46.6  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 		 293 aa  46.6  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.15 
 
 		 288 aa  46.6  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  25.62 
 
 		 635 aa  46.2  0.0007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  26.9 
 
 		 626 aa  44.3  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  26.43 
 
 		 295 aa  43.9  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1477  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.81 
 
 		 596 aa  43.5  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  28.67 
 
 		 289 aa  43.5  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.28 
 
 		 633 aa  43.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.34 
 
 		 645 aa  43.1  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  28.99 
 
 		 629 aa  42.4  0.009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3955  xylose isomerase domain-containing protein  31.67 
 
 		 276 aa  42.4  0.01  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00177251  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>