More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1295 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1295  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
292 aa  588  1e-167  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.914061  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1819  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  53.76 
 
 
275 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309777  normal  0.651618 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4844  extracellular solute-binding protein family 3  53.05 
 
 
275 aa  309  4e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  0.095648 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5110  extracellular solute-binding protein  52.69 
 
 
279 aa  299  4e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.539737  hitchhiker  0.00536253 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5967  ABC-type amino acid transport/signal transduction periplasmic protein  54.3 
 
 
275 aa  289  4e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.594037  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6445  extracellular solute-binding protein family 3  49.64 
 
 
275 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0216332 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4637  extracellular solute-binding protein family 3  48.9 
 
 
275 aa  278  8e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.350827  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0716  extracellular solute-binding protein  53.25 
 
 
272 aa  264  1e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6090  extracellular solute-binding protein  37.89 
 
 
285 aa  185  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1147  extracellular solute-binding protein  35.66 
 
 
280 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.421653 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1879  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.65 
 
 
281 aa  160  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1953  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.85 
 
 
281 aa  160  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450219  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4558  extracellular solute-binding protein  33.46 
 
 
289 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.776949 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1064  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.01 
 
 
289 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00655066  normal  0.28594 
 
 
-
 
NC_003296  RS02131  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  33.86 
 
 
283 aa  136  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  32.63 
 
 
257 aa  135  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0156  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 
307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  31.54 
 
 
256 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.58 
 
 
266 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  31.15 
 
 
290 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  31.94 
 
 
266 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  33.08 
 
 
265 aa  123  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  31.15 
 
 
256 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  33.33 
 
 
257 aa  122  9e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  30.6 
 
 
266 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  30.47 
 
 
265 aa  119  4.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  34.05 
 
 
489 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.05 
 
 
489 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.62 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  31.05 
 
 
266 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.62 
 
 
489 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 
266 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 
266 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 
266 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  34.29 
 
 
266 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.19 
 
 
264 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  34.29 
 
 
320 aa  116  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  34.29 
 
 
315 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.53 
 
 
250 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.58 
 
 
503 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.5 
 
 
264 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  33.05 
 
 
257 aa  115  8.999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0415  ABC transporter extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 
276 aa  115  8.999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.162998 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  31.37 
 
 
266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  33.06 
 
 
266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  33.06 
 
 
266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  33.06 
 
 
266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.07 
 
 
503 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  32.32 
 
 
255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  32.26 
 
 
264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  31.25 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 
270 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  33.06 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  31.25 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  31.25 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  33.04 
 
 
254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 
260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.53 
 
 
250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.53 
 
 
250 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.53 
 
 
250 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  33.04 
 
 
254 aa  112  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  32.95 
 
 
263 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  31.46 
 
 
285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  32.23 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  32.23 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  31.46 
 
 
266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  32.23 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  30.66 
 
 
266 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  31.52 
 
 
266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.91 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  34.19 
 
 
264 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  31.46 
 
 
266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.91 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.87 
 
 
264 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  31.09 
 
 
266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.09 
 
 
272 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.91 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3038  extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 
250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  31.87 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  31.87 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.31 
 
 
256 aa  110  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.61 
 
 
264 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.78 
 
 
253 aa  110  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  34.84 
 
 
264 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  31.46 
 
 
285 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  33.88 
 
 
313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385413  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0777  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  33.88 
 
 
313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.277559  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.2 
 
 
272 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2611  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  33.88 
 
 
313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  31.4 
 
 
266 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  31.4 
 
 
266 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.45 
 
 
284 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  31.4 
 
 
266 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  31.09 
 
 
266 aa  109  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  31.09 
 
 
266 aa  109  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.45 
 
 
264 aa  109  6e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.45 
 
 
264 aa  109  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.11 
 
 
267 aa  109  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.45 
 
 
264 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.45 
 
 
264 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>