More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2495 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2495  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 296 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2901  transcriptional regulator, LysR family  95.95 
 
 		 296 aa  581  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2665  transcription regulator protein  92.57 
 
 		 296 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.824942  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2788  LysR family transcriptional regulator  81.08 
 
 		 296 aa  497  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2925  LysR family transcriptional regulator  80.41 
 
 		 296 aa  496  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1082  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 307 aa  233  3e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0296  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 328 aa  232  5e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0647  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0221  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 		 293 aa  226  5.0000000000000005e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0437  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 299 aa  225  8e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0228897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0418  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.302779  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3308  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1636  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 		 293 aa  214  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1332  transcriptional regulator, LysR family  43.94 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.76 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5797  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 295 aa  206  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133299 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.51 
 
 		 309 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.34 
 
 		 322 aa  199  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.69 
 
 		 322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.55 
 
 		 348 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.91 
 
 		 321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.61 
 
 		 320 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.91 
 
 		 321 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.91 
 
 		 321 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.91 
 
 		 321 aa  195  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.91 
 
 		 321 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.91 
 
 		 321 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.91 
 
 		 321 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.21 
 
 		 323 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.21 
 
 		 328 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3860  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.21 
 
 		 328 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.21 
 
 		 329 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.21 
 
 		 329 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.21 
 
 		 329 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.91 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  187  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.58 
 
 		 320 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0375  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1228  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.272514  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1751  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918707  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0416  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1564  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880758  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2989  transcriptional regulator  44.49 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.404761  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2871  LysR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 307 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.48 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.19 
 
 		 320 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.19 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 318 aa  167  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33840  putative transcriptional regulator  38.46 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.850535  normal  0.1847 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2861  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.147603  normal  0.198863 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2952  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00119284  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2338  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152044  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6304  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2878  putative transcriptional regulator  38.11 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330988  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2973  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 305 aa  158  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 305 aa  158  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2946  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 306 aa  155  9e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.36 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 311 aa  152  7e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1426  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 306 aa  152  8.999999999999999e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.508277 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.36 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.47 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 327 aa  150  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2998  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.167105  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 317 aa  150  4e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 310 aa  149  4e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 309 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>