166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0163 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0163  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 		 127 aa  245  1e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.438455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0676  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 		 127 aa  245  1e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.483964  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0736  anti-sigma-factor antagonist  80.65 
 
 		 134 aa  202  2e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2683  anti-sigma-factor antagonist  72.44 
 
 		 127 aa  182  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0130  anti-sigma-factor antagonist  55.26 
 
 		 118 aa  135  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2415  anti-sigma-factor antagonist  51.28 
 
 		 142 aa  132  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5230  anti-sigma-factor antagonist  50.41 
 
 		 133 aa  127  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.630052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2268  anti-sigma-factor antagonist  53.98 
 
 		 126 aa  127  5.0000000000000004e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.148596 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1493  anti-sigma-factor antagonist  48.76 
 
 		 134 aa  127  7.000000000000001e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.423658  normal  0.0757983 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3134  anti-sigma-factor antagonist (STAS)  50.43 
 
 		 120 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2487  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  50.43 
 
 		 123 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1672  negative regulator of sigma-B  51.35 
 
 		 132 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.108561 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2971  anti-sigma-factor antagonist  49.57 
 
 		 124 aa  124  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.665055 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2117  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  51.79 
 
 		 134 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3136  anti-sigma-factor antagonist  50.89 
 
 		 132 aa  124  5e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0981532  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4410  anti-sigma-factor antagonist  49.18 
 
 		 124 aa  124  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.440698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0511  anti-sigma-factor antagonist  47.97 
 
 		 133 aa  123  7e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3340  anti-sigma-factor antagonist  47.97 
 
 		 133 aa  123  8.000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5778  anti-sigma-factor antagonist  49.17 
 
 		 125 aa  122  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0800  anti-sigma-factor antagonist  53.15 
 
 		 123 aa  123  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0977014  hitchhiker  0.00820415 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3743  anti-sigma-factor antagonist  54.95 
 
 		 125 aa  122  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2794  anti-sigma-factor antagonist  51.28 
 
 		 125 aa  121  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3767  anti-sigma-factor antagonist  50.86 
 
 		 128 aa  121  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0691716 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1474  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  48.72 
 
 		 123 aa  120  7e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000611379  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0475  anti-sigma-factor antagonist  53.98 
 
 		 120 aa  118  1.9999999999999998e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1218  negative regulator of sigma-B  47.37 
 
 		 140 aa  117  4.9999999999999996e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4971  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  48.65 
 
 		 119 aa  112  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3438  anti-sigma-factor antagonist  50 
 
 		 125 aa  108  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0775335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6566  anti-sigma-factor antagonist  45.61 
 
 		 129 aa  103  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.778948  normal  0.044329 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0140  anti-sigma-factor antagonist  45.61 
 
 		 118 aa  95.9  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00670241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0693  anti-sigma-factor antagonist  39.09 
 
 		 120 aa  94.4  5e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1811  anti-sigma-factor antagonist  37.61 
 
 		 124 aa  89.7  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32010  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)  36.67 
 
 		 119 aa  88.2  4e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0737154  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3858  anti-sigma-factor antagonist  43.52 
 
 		 131 aa  87  9e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.680358 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0196  anti-sigma-factor antagonist  35.65 
 
 		 126 aa  77.8  0.00000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0995683  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3859  anti-sigma-factor antagonist  37.39 
 
 		 295 aa  68.2  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0410  anti-sigma-factor antagonist  35.09 
 
 		 361 aa  66.2  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4193  anti-sigma-factor antagonist  35.04 
 
 		 388 aa  65.5  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.512657  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2953  putative PAS/PAC sensor protein  35.45 
 
 		 549 aa  65.5  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3137  anti-sigma-factor antagonist  33.64 
 
 		 283 aa  64.7  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.225193  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3858  anti-sigma-factor antagonist  30.7 
 
 		 357 aa  64.7  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1810  anti-sigma-factor antagonist  32.74 
 
 		 252 aa  64.7  0.0000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3133  anti-sigma-factor antagonist (STAS)  33.93 
 
 		 283 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2566  anti-sigma-factor antagonist  35.51 
 
 		 362 aa  64.3  0.0000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3768  anti-sigma-factor antagonist  32.71 
 
 		 284 aa  63.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2789  putative PAS/PAC sensor protein  35.04 
 
 		 323 aa  63.9  0.0000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0195  putative PAS/PAC sensor protein  33.63 
 
 		 255 aa  63.9  0.0000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.1074  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2307  anti-sigma-factor antagonist  31.93 
 
 		 439 aa  63.5  0.0000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0799  anti-sigma-factor antagonist  33.03 
 
 		 286 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.224753  hitchhiker  0.00639287 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4189  putative PAS/PAC sensor protein  34.51 
 
 		 428 aa  62  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000679447 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3527  putative PAS/PAC sensor protein  35.83 
 
 		 667 aa  61.6  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1935  anti-sigma-factor antagonist  31.58 
 
 		 421 aa  61.2  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201597 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2805  anti-sigma-factor antagonist  32.77 
 
 		 275 aa  61.2  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  30.25 
 
 		 312 aa  61.2  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2118  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  31.48 
 
 		 285 aa  60.8  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.333632 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3800  putative PAS/PAC sensor protein  33.91 
 
 		 430 aa  60.8  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0590  anti-sigma-factor antagonist  33.88 
 
 		 549 aa  60.5  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.641897 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2269  anti-sigma-factor antagonist  31.62 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4158  anti-sigma-factor antagonist  31.25 
 
 		 556 aa  59.7  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.6446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1492  anti-sigma-factor antagonist  32.48 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2793  anti-sigma-factor antagonist  32 
 
 		 272 aa  59.3  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1962  putative PAS/PAC sensor protein  32.46 
 
 		 538 aa  59.3  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.118262  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2509  anti-sigma-factor antagonist  29.2 
 
 		 388 aa  58.5  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 		 653 aa  58.2  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4192  anti-sigma-factor antagonist  34.51 
 
 		 380 aa  58.9  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1219  positive regulator of sigma-B  31.78 
 
 		 286 aa  58.2  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.30106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0129  anti-sigma-factor antagonist  33.02 
 
 		 287 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4199  putative PAS/PAC sensor protein  30.97 
 
 		 562 aa  57.8  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00362058 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0474  anti-sigma-factor antagonist  31.67 
 
 		 279 aa  58.2  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2970  anti-sigma-factor antagonist  31.37 
 
 		 285 aa  57.4  0.00000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.528649 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0903  anti-sigma-factor antagonist  31.78 
 
 		 376 aa  57.4  0.00000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000110303  hitchhiker  0.00000527056 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2667  putative PAS/PAC sensor protein  31.67 
 
 		 653 aa  57.4  0.00000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189051 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2416  anti-sigma-factor antagonist  32.11 
 
 		 288 aa  57  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4058  anti-sigma-factor antagonist  34.86 
 
 		 370 aa  57  0.00000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4970  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  29.57 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2484  anti-sigma-factor antagonist  29.41 
 
 		 281 aa  56.6  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.817104  normal  0.435935 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  34.51 
 
 		 509 aa  56.2  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2483  anti-sigma-factor antagonist  29.57 
 
 		 291 aa  57  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.872627  normal  0.455884 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0550  anti-sigma-factor antagonist  30.91 
 
 		 372 aa  56.2  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 		 655 aa  56.6  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3158  anti-sigma-factor antagonist  29.31 
 
 		 445 aa  56.6  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1662  anti-sigma-factor antagonist  35.19 
 
 		 290 aa  57  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80194  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1475  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  28.57 
 
 		 272 aa  55.5  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000603056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0148  putative PAS/PAC sensor protein  30.91 
 
 		 299 aa  55.5  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2486  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  31.03 
 
 		 294 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0963  anti-sigma-factor antagonist  29.57 
 
 		 308 aa  55.8  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2646  anti-sigma-factor antagonist  30.97 
 
 		 261 aa  56.2  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5779  anti-sigma-factor antagonist  31.03 
 
 		 288 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1856  anti-sigma-factor antagonist  36.75 
 
 		 365 aa  55.8  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.616563 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2751  anti-sigma-factor antagonist  29.73 
 
 		 357 aa  55.8  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0135  anti-sigma-factor antagonist  32 
 
 		 371 aa  55.1  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4420  anti-sigma-factor antagonist  32.71 
 
 		 271 aa  55.5  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  31.3 
 
 		 424 aa  55.5  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3339  anti-sigma-factor antagonist  31.3 
 
 		 292 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.123389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32020  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)  31.03 
 
 		 283 aa  55.1  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16584  normal  0.174453 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2937  anti-sigma-factor antagonist  30.97 
 
 		 271 aa  55.5  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000434706  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0350  anti-sigma-factor antagonist  27.64 
 
 		 385 aa  55.1  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.341427 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5196  anti-sigma-factor antagonist  30.51 
 
 		 365 aa  54.7  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.476105  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0373  anti-sigma-factor antagonist  34.95 
 
 		 365 aa  54.7  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4421  anti-sigma-factor antagonist  32.71 
 
 		 271 aa  55.1  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>