More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4749 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B4039  HU family DNA-binding protein  100 
 
 		 93 aa  180  7e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4749  histone-like DNA-binding protein  100 
 
 		 93 aa  180  7e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.188687 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2521  DNA-binding protein HU-beta  83.52 
 
 		 94 aa  150  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0944475  normal  0.0105947 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2793  histone family protein DNA-binding protein  83.52 
 
 		 94 aa  150  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2386  histone family protein DNA-binding protein  83.52 
 
 		 94 aa  150  5e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2026  histone family protein DNA-binding protein  69.89 
 
 		 106 aa  132  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000760647  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0004  DNA-binding protein HU-alpha  69.57 
 
 		 126 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2972  DNA-binding protein HU-alpha  69.57 
 
 		 92 aa  128  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1629  DNA-binding protein HU, form B  69.57 
 
 		 92 aa  128  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0004  DNA-binding protein HU-alpha  69.57 
 
 		 92 aa  128  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3397  DNA-binding protein HU, form B  69.57 
 
 		 92 aa  128  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.218557  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2913  DNA-binding protein HU, form B  69.57 
 
 		 92 aa  128  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.5361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0004  DNA-binding protein HU-alpha  69.57 
 
 		 92 aa  128  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1743  histone family protein DNA-binding protein  67.74 
 
 		 106 aa  128  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0084  histone family protein DNA-binding protein  68.48 
 
 		 92 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0066  histone family protein DNA-binding protein  68.48 
 
 		 92 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3247  histone-like DNA-binding protein  68.48 
 
 		 92 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0005  histone-like DNA-binding protein  68.48 
 
 		 92 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129264  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0065  histone family protein DNA-binding protein  68.48 
 
 		 92 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0055  histone family protein DNA-binding protein  68.48 
 
 		 92 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0065  histone family protein DNA-binding protein  68.48 
 
 		 92 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3067  histone family protein DNA-binding protein  68.48 
 
 		 92 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0353619 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4504  DNA-binding protein HU-alpha  66.3 
 
 		 92 aa  124  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3933  histone family protein DNA-binding protein  66.3 
 
 		 92 aa  124  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1674  histone-like DNA-binding protein  67.78 
 
 		 90 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.171237 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0508  DNA-binding protein HU  56.99 
 
 		 94 aa  112  1.0000000000000001e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000377509  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  64.44 
 
 		 90 aa  112  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1641  DNA-binding protein HU  56.99 
 
 		 94 aa  112  1.0000000000000001e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.02248e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 		 90 aa  112  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 		 90 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  63.33 
 
 		 90 aa  111  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3231  histone family protein DNA-binding protein  61.54 
 
 		 92 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3555  histone family protein DNA-binding protein  61.54 
 
 		 92 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3392  HU family DNA-binding protein  61.96 
 
 		 92 aa  110  7.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000680811  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3359  histone-like DNA-binding protein HU-beta (NS1)  60.44 
 
 		 92 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  109  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3538  HU family DNA-binding protein  60.87 
 
 		 92 aa  109  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00490432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7326  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 92 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.076405 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2621  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  108  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348082  normal  0.0833374 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1909  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  108  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.715849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1551  histone-like DNA-binding protein  57.78 
 
 		 103 aa  108  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00525571  normal  0.659297 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4958  histone-like DNA-binding protein  60 
 
 		 103 aa  108  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1187  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  108  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0007  histone-like DNA-binding protein  65.88 
 
 		 98 aa  107  5e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  107  5e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3065  nucleoid protein Hbs  58.89 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.135138  normal  0.394857 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  61.8 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2292  nucleoid protein Hbs  60 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1014  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  104  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  104  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6397  DNA-binding protein Hu-beta  56.04 
 
 		 144 aa  104  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1789  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  104  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.970942  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4682  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 92 aa  104  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0505442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0956  DNA-binding protein HU-alpha  58.89 
 
 		 92 aa  104  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  104  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0115  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 95 aa  104  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552761  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2014  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  104  5e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000105311  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1956  nucleoid protein Hbs  57.78 
 
 		 90 aa  103  6e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.582961  normal  0.45981 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2337  histone-like DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  103  6e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000498066  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  103  7e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2657  nucleoid protein Hbs  53.85 
 
 		 91 aa  102  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000194133  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2697  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 105 aa  103  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.651283 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  58.89 
 
 		 90 aa  102  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  58.89 
 
 		 90 aa  102  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1714  DNA-binding protein HU-beta  55.56 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.606946  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3089  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.42002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3051  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488463  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1051  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3231  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2248  histone-like DNA-binding protein  57.78 
 
 		 112 aa  102  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.117837  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1412  histone-like DNA-binding protein  61.8 
 
 		 91 aa  102  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000277772  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4266  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 93 aa  102  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.598481  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1468  DNA-binding protein HU beta subunit  55.56 
 
 		 91 aa  101  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  56.67 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3512  histone-like DNA-binding protein  57.3 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.848806  normal  0.0177296 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1608  histone-like DNA-binding protein  57.3 
 
 		 96 aa  101  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.49082e-20  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23600  histone-like DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  57.78 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1957  histone-like DNA-binding protein  55.06 
 
 		 91 aa  100  5e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000024611  normal  0.388646 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  56.67 
 
 		 90 aa  100  6e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3065  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  100  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1275  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 91 aa  100  7e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000292942  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1533  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.753498  normal  0.353479 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0600  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  58.89 
 
 		 90 aa  100  9e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3008  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 91 aa  100  9e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.341575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4353  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0576  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  100  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3731  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1750  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.519537  normal  0.0235988 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1715  histone-like DNA-binding protein  62.22 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.236026  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2873  transcriptional regulator HU subunit beta  54.44 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  55.06 
 
 		 91 aa  99  2e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000429798  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1866  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0187787  hitchhiker  0.00274705 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>