More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4367 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  629  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  77.21 
 
 		 310 aa  477  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6026  transcriptional regulator, LysR family  47.44 
 
 		 323 aa  250  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.306271 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2261  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 327 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  44.25 
 
 		 300 aa  236  4e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 300 aa  235  7e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 300 aa  235  7e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 300 aa  235  7e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 300 aa  235  9e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4699  LysR family transcriptional regulator  46.82 
 
 		 340 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.254912  normal  0.0113206 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  43.45 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 300 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 300 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 300 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  45.45 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 300 aa  223  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 306 aa  222  6e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  40.34 
 
 		 308 aa  219  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  40.34 
 
 		 308 aa  219  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.41 
 
 		 304 aa  219  6e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  40.34 
 
 		 308 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  40.34 
 
 		 308 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  40.34 
 
 		 308 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2537  transcription regulator transcription regulator protein  41.72 
 
 		 297 aa  209  4e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.566586 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 308 aa  209  4e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3638  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000201069  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000207011  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02308  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.07 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000841101  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02269  hypothetical protein  40.07 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000658143  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000981621  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1270  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000010142  hitchhiker  0.000508597 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2812  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 297 aa  205  6e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.260123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2406  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 298 aa  205  8e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.237707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2936  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00477843  normal  0.111677 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.88 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  32.3 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 312 aa  149  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 306 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.68 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  144  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  33.57 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 322 aa  136  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 307 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 307 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2509  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123879  normal  0.290889 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  35.49 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 304 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 313 aa  132  9e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  37.25 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4404  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.74 
 
 		 313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>