98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1174 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1174  hypothetical protein  100 
 
 		 658 aa  1283    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3878  hypothetical protein  27.23 
 
 		 705 aa  192  2e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2537  hypothetical protein  25.47 
 
 		 675 aa  180  7e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1497  hypothetical protein  23.25 
 
 		 685 aa  151  4e-35  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.559508 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5160  hypothetical protein  26.92 
 
 		 692 aa  148  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.307901 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6882  hypothetical protein  23.44 
 
 		 669 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.448154 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2457  hypothetical protein  21.94 
 
 		 663 aa  131  4.0000000000000003e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0959511 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0478  hypothetical protein  27.45 
 
 		 656 aa  127  5e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.522287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0442  hypothetical protein  25.08 
 
 		 667 aa  120  4.9999999999999996e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.57789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0495  hypothetical protein  25.2 
 
 		 687 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.591683  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0498  hypothetical protein  25.38 
 
 		 678 aa  103  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1687  hypothetical protein  24.26 
 
 		 692 aa  97.4  8e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1996  hypothetical protein  22.66 
 
 		 673 aa  84.3  0.000000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0543  hypothetical protein  24.49 
 
 		 686 aa  80.9  0.00000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.792006  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1977  hypothetical protein  24.71 
 
 		 668 aa  70.9  0.00000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.839375 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1691  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  49.21 
 
 		 222 aa  59.7  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.176877  unclonable  0.000000000719685 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1429  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  52.38 
 
 		 220 aa  59.7  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0894635  hitchhiker  0.000989669 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1704  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.46 
 
 		 227 aa  55.5  0.000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3461  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  45.16 
 
 		 111 aa  54.7  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.111662  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3612  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  45.16 
 
 		 112 aa  54.7  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.393619  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2230  Soluble ligand binding domain protein  51.67 
 
 		 180 aa  54.3  0.000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0322679  hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3544  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  45.16 
 
 		 112 aa  54.3  0.000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0407  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  46.03 
 
 		 131 aa  53.5  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000244274  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1635  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.73 
 
 		 228 aa  52.8  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1230  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.33 
 
 		 296 aa  52.8  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.890666  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2211  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  47.54 
 
 		 320 aa  52.8  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.57 
 
 		 181 aa  52.4  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1982  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.62 
 
 		 274 aa  52.4  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000014049 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1737  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  45.16 
 
 		 290 aa  51.6  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2967  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  41.27 
 
 		 150 aa  51.2  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.938885  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17420  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  45.9 
 
 		 279 aa  51.2  0.00006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.711078  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1103  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  39.71 
 
 		 187 aa  50.8  0.00007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000407291  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1870  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.1 
 
 		 545 aa  50.8  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.791569  normal  0.192148 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.14 
 
 		 181 aa  50.8  0.00008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2803  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.26 
 
 		 277 aa  50.4  0.00009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3191  helix-hairpin-helix motif protein  50 
 
 		 111 aa  50.1  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.732277 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17330  DNA uptake protein  45.9 
 
 		 305 aa  50.1  0.0001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.353261  normal  0.0144782 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2014  DNA uptake protein  44.32 
 
 		 148 aa  50.1  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0015  general secretion pathway protein K  62.86 
 
 		 417 aa  49.7  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0228  general secretion pathway protein K  62.86 
 
 		 416 aa  49.7  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.407929  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2777  general secretory pathway protein K  62.86 
 
 		 372 aa  49.7  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3083  helix-hairpin-helix motif protein  40 
 
 		 543 aa  49.3  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.332524 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1886  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  47.54 
 
 		 300 aa  49.3  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.528332  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  46.67 
 
 		 116 aa  49.7  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1484  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.33 
 
 		 194 aa  49.3  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3510  general secretory pathway protein K  62.86 
 
 		 416 aa  49.3  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1882  general secretory pathway protein K  62.86 
 
 		 416 aa  49.3  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.291578  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0016  general secretion pathway protein K  62.86 
 
 		 416 aa  49.3  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2670  general secretory pathway protein K  62.86 
 
 		 416 aa  49.3  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0612709  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0016  general secretion pathway protein K  62.86 
 
 		 416 aa  49.7  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.252749  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0055  general secretion pathway protein K  60 
 
 		 374 aa  48.1  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3078  general secretion pathway protein K  62.86 
 
 		 367 aa  48.5  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521903  hitchhiker  0.00000111178 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  42.86 
 
 		 267 aa  48.1  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.98 
 
 		 135 aa  48.1  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3593  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.86 
 
 		 267 aa  48.1  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.663406 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.98 
 
 		 135 aa  48.1  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3525  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.86 
 
 		 267 aa  48.1  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.972653 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1233  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  30.99 
 
 		 171 aa  48.1  0.0005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0740  DNA uptake/competence protein  38.81 
 
 		 128 aa  47.8  0.0006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  5.4977199999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0073  general secretion pathway protein K  60 
 
 		 369 aa  47.8  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0016  general secretion pathway protein K  60 
 
 		 369 aa  47.8  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00504309  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3571  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.67 
 
 		 109 aa  48.1  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.319885  normal  0.0118873 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0054  general secretion pathway protein K  60 
 
 		 369 aa  47.8  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.117159  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3236  general secretion pathway protein K  60 
 
 		 375 aa  47.4  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265565  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1157  comE operon protein 1, putative  29.03 
 
 		 224 aa  46.6  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3189  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.26 
 
 		 286 aa  47  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2245  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.98 
 
 		 326 aa  47  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1647  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.26 
 
 		 225 aa  46.6  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0054  general secretion pathway protein K  57.14 
 
 		 373 aa  46.6  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.350854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1682  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.26 
 
 		 225 aa  46.6  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00173147  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4318  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36 
 
 		 216 aa  45.8  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0570  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  35.48 
 
 		 224 aa  46.2  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000494468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0044  general secretion pathway protein K  57.14 
 
 		 373 aa  46.6  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13270  DNA uptake protein  42.86 
 
 		 301 aa  45.8  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.560922 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2033  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  33.93 
 
 		 93 aa  46.2  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000281796  hitchhiker  0.000016405 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3228  helix-hairpin-helix motif protein  37.29 
 
 		 545 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.269914 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2868  helix-hairpin-helix motif protein  37.29 
 
 		 545 aa  46.2  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2071  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.85 
 
 		 190 aa  46.2  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3944  General secretion pathway protein K  57.14 
 
 		 431 aa  46.2  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.357264 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2102  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.9 
 
 		 319 aa  45.8  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03051  late competence protein (DNA binding and uptake)  38.46 
 
 		 105 aa  45.8  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.724355  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  44.26 
 
 		 107 aa  45.8  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.216127  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3435  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  44.26 
 
 		 304 aa  45.1  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0218719  normal  0.0106956 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1562  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  40.32 
 
 		 261 aa  45.1  0.004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1336  hypothetical protein  35.38 
 
 		 379 aa  45.1  0.004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00270043  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5471  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  39.68 
 
 		 225 aa  45.4  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1611  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.94 
 
 		 278 aa  45.1  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2552  helix-hairpin-helix motif protein  41.94 
 
 		 298 aa  44.7  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12443  hypothetical protein  45.9 
 
 		 297 aa  44.7  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36.51 
 
 		 206 aa  44.7  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2104  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  28.95 
 
 		 201 aa  44.7  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.854635  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4146  radical SAM domain-containing protein  35.96 
 
 		 403 aa  44.3  0.007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1257  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  41.94 
 
 		 422 aa  44.3  0.007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0994426 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1000  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.98 
 
 		 207 aa  44.3  0.008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4493  putative general secretory pathway protein K  54.29 
 
 		 577 aa  44.3  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.171775  normal  0.158557 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0313  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.27 
 
 		 205 aa  43.9  0.009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0283813  normal  0.592381 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1472  RNA-binding S1 domain-containing protein  32.35 
 
 		 782 aa  43.9  0.009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.528687 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2007  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.59 
 
 		 585 aa  43.9  0.01  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>