More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0614 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0614  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 265 aa  535  1e-151  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.265471  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0994  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.66 
 
 		 227 aa  106  4e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.337893  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0990  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.65 
 
 		 222 aa  104  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000957791  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0440  two component transcriptional regulator  29.54 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.747409  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0187  two component transcriptional regulator  38.12 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1212  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 232 aa  99.4  6e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0899901  normal  0.616229 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.87 
 
 		 224 aa  97.8  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.87 
 
 		 224 aa  98.2  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1090  DNA-binding response regulator  34.36 
 
 		 228 aa  98.2  1e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00019826  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0274  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.75 
 
 		 232 aa  98.2  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.701823  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0165  two component transcriptional regulator  34.31 
 
 		 243 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0174  two component transcriptional regulator  34.31 
 
 		 243 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.947413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0155  two component transcriptional regulator  34.31 
 
 		 243 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0636837 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1291  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.15 
 
 		 222 aa  97.1  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01026  response regulator  32.87 
 
 		 229 aa  95.9  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1205  two component transcriptional regulator  29.65 
 
 		 222 aa  96.3  5e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3524  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.71 
 
 		 223 aa  95.9  6e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2593  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.71 
 
 		 223 aa  95.9  6e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02492  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  31.71 
 
 		 229 aa  95.5  7e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.506678  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 224 aa  94.7  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  34.78 
 
 		 224 aa  94  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1041  two component transcriptional regulator  30.84 
 
 		 229 aa  94  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.194422 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0253  DNA-binding response regulator PhoB  32.26 
 
 		 229 aa  94.4  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 		 224 aa  94.4  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0541  two component transcriptional regulator  33 
 
 		 230 aa  94  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2880  two component transcriptional regulator  28.02 
 
 		 220 aa  93.6  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.344114  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2006  response regulator receiver  36.36 
 
 		 223 aa  93.6  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.379718  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3136  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  30.84 
 
 		 229 aa  92.8  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  30.6 
 
 		 223 aa  92.4  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3286  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  30.84 
 
 		 230 aa  92.8  6e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0413143 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3276  two component transcriptional regulator  30.84 
 
 		 229 aa  92.8  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0191  two component transcriptional regulator  31.91 
 
 		 244 aa  92.8  6e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0389  winged helix family two component transcriptional regulator  30.99 
 
 		 224 aa  92.4  7e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.667669  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  28.86 
 
 		 225 aa  92  8e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004385  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  31.94 
 
 		 229 aa  92  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00347  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with PhoR (or CreC)  30.84 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3210  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  30.84 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146413  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3234  transcriptional regulator PhoB  30.84 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.456974  unclonable  0.00000000819474 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0467  transcriptional regulator PhoB  30.84 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0461  two component transcriptional regulator  37.29 
 
 		 248 aa  91.3  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.735267  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0475  transcriptional regulator PhoB  30.84 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00351  hypothetical protein  30.84 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0427  transcriptional regulator PhoB  30.84 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1658  two component transcriptional regulator  34.24 
 
 		 230 aa  91.7  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.450735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0429  transcriptional regulator PhoB  30.84 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.283039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0318  transcriptional regulator PhoB  30.84 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3105  DNA-binding response regulator PhoB  29.95 
 
 		 232 aa  90.9  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.8 
 
 		 224 aa  90.5  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.602411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0488  DNA-binding response regulator  30.15 
 
 		 228 aa  90.9  2e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0483  two component transcriptional regulator  32.08 
 
 		 229 aa  90.1  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.342081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31270  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  35.44 
 
 		 221 aa  90.1  3e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.014564  normal  0.249814 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  33.01 
 
 		 228 aa  90.1  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0489  two component transcriptional regulator  30.49 
 
 		 228 aa  89.7  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3167  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.83 
 
 		 218 aa  89.4  5e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.436774  normal  0.0676898 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0435  transcriptional regulator PhoB  30.37 
 
 		 229 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.464381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.76 
 
 		 225 aa  89.4  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0454  transcriptional regulator PhoB  30.37 
 
 		 229 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0496  transcriptional regulator PhoB  30.37 
 
 		 229 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  34.45 
 
 		 225 aa  89  7e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2757  response regulator receiver  28.63 
 
 		 225 aa  89  7e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0824  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.76 
 
 		 229 aa  89  8e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1008  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  29.58 
 
 		 229 aa  89  8e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3302  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  29.58 
 
 		 229 aa  89  8e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0441  transcriptional regulator PhoB  30.37 
 
 		 229 aa  89  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.244741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  37.5 
 
 		 221 aa  89  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3106  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  29.58 
 
 		 229 aa  88.6  9e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2487  two component transcriptional regulator  34.3 
 
 		 224 aa  88.6  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.431556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2457  response regulator homolog PhoB (phosphate regulon transcriptional regulatory protein)  30.65 
 
 		 230 aa  88.2  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3389  two component transcriptional regulator  31.98 
 
 		 234 aa  88.2  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413911  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3303  two component transcriptional regulator  34.05 
 
 		 229 aa  88.2  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000702519  hitchhiker  0.00000106408 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  37.42 
 
 		 221 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0821  two component transcriptional regulator  30.42 
 
 		 232 aa  88.2  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  hitchhiker  0.00503775 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1610  two component transcriptional regulator  35.03 
 
 		 232 aa  88.6  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.496365  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2290  two component transcriptional regulator  34.31 
 
 		 224 aa  87.8  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.06 
 
 		 224 aa  87.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19400  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  30.43 
 
 		 279 aa  87.4  2e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0470356  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1873  two component transcriptional regulator  30.58 
 
 		 226 aa  87  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3423  response regulator receiver protein  34.33 
 
 		 224 aa  87.8  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.699539  normal  0.107362 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1091  two component transcriptional regulator  33.02 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4830  two component transcriptional regulator  30.81 
 
 		 233 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.212021  normal  0.209649 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3535  two component transcriptional regulator  31.47 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.58717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4448  two component transcriptional regulator  30.81 
 
 		 233 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0130258  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4535  two component transcriptional regulator  30.81 
 
 		 233 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.636187 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1878  two component transcriptional regulator  33.18 
 
 		 242 aa  86.7  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.559477 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  31.94 
 
 		 272 aa  86.7  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.48 
 
 		 230 aa  86.7  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2104  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.36 
 
 		 225 aa  87  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.302064  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0867  transcriptional regulator PhoB  29.58 
 
 		 229 aa  86.7  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.437737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1330  response regulator receiver  36.94 
 
 		 219 aa  86.7  4e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.13 
 
 		 224 aa  86.7  4e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1744  two component transcriptional regulator  31.34 
 
 		 231 aa  86.3  5e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.446856 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0581  winged helix family two component transcriptional regulator  34.83 
 
 		 242 aa  86.3  5e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.296955  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0195  two component transcriptional regulator  30.58 
 
 		 222 aa  86.3  5e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.304768 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.49 
 
 		 224 aa  86.3  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0898  DNA-binding response regulator  32.49 
 
 		 234 aa  86.3  5e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5009  two component transcriptional regulator  31.34 
 
 		 233 aa  86.3  5e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.284196  normal  0.882339 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0841  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.1 
 
 		 223 aa  85.9  6e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1922  two component transcriptional regulator  31.12 
 
 		 228 aa  85.9  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2281  two component transcriptional regulator  31.4 
 
 		 229 aa  85.5  7e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.331932  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2915  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  30.27 
 
 		 229 aa  85.5  7e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>