242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_R0020 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000105173  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0034  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.947339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0011  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0066  tRNA-Leu  93.59 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.477099  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0031  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0836194  normal  0.282288 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0038  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31720  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1053  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.161017  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0006  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301986  normal  0.331318 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0063  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0200123  decreased coverage  0.00662363 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0065  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0005  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  0.341408 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4554  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.232899  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0063  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0035  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.438975  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1054  hypothetical protein  86.08 
 
 		 114 bp  69.9  0.00000000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.169322  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0003  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0002  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0003  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.337564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0064  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0003  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.257366  normal  0.235874 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00250  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0032  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0173175  normal  0.0159101 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0003  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0052  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0003  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.399335 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0003  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.259027 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0073  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.357526  normal  0.875145 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0063  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0065  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0055  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0868413 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0003  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0112279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0003  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0003  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.48253  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0041  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0058  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03410  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.706698 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0050  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00212894 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26300  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt14  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.211002 
 
 
-
 
NC_002950  PGt51  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.207592  hitchhiker  0.00400711 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0075  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000964905  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0015  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211944 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0003  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0036  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.977915  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0069  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.649401 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0082  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00186312  normal  0.0281447 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0086  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07705  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.518259  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00430  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.366056  normal  0.305981 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0003  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.068778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt10  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1890  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0015  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna27  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0072  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0038  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0991  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0026  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.344693  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0027  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0026  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000243318 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0036  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.230012  normal  0.790911 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0070  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.128359 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0016  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0045  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0066  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.421355 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0069  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.365522  normal  0.0296897 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  84.38 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  84.38 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0012  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0185  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0055  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00000273568  normal  0.583061 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0003  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0026  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0026  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  84.38 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309345  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.419344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00711  hypothetical protein  100 
 
 		 1389 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0271557  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>