More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1890 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_1890  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000243318 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0058  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000819667  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0033  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0025  tRNA-Leu  87.01 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000676753  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0058  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.031722  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60600  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 84 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1024  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00686094  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1814  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0042  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00515288  normal  0.0896861 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0044  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.143319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5665  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 89 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5666  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 89 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0023  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00937245  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0077  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0044  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00713145  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1968  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0057  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1796  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0107643  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0051  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 84 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000888669  normal  0.130057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0052  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 84 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000145228  normal  0.134982 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0053  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 84 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000187871  normal  0.436888 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0043  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0955991  normal  0.0560674 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60590  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 84 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2521  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000206835  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0043  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00336489  normal  0.0463602 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0142  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0162702  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0045  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0150342  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0032  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000233164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0041  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.603186  normal  0.0670034 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0043  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.100426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0025  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0680936  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0028  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0191582  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0029  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00220383  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0030  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00192839  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0017  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.192855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0043  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.002346  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0044  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00489579  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0045  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481349  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65210  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 84 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65220  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 84 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0041  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00498551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0042  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00146649  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0043  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00579317  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1753  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0045  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0249109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0057  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0404485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0006  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0789376  normal  0.851363 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0036  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0020  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.424906  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0075  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000964905  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0015  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211944 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0052  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0036  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.977915  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0082  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00186312  normal  0.0281447 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0086  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0057  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000872679  normal  0.444657 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1797  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0101943  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1969  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0144  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00805168  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0022  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0031  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2520  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000455871  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0033  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000096858  normal  0.831114 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0035  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.986583  normal  0.610194 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0018  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.123501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0037  tRNA-Leu  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.507669  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1022  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0362135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1815  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1748  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.487544  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0029  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.322054 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0016  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00811405  normal  0.0178437 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0028  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.324618 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309257  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4916  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000645766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4728  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212107  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>