299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0063 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_R0063  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4554  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.232899  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0065  tRNA-Leu  98.85 
 
 		 87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0063  tRNA-Leu  98.85 
 
 		 87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0200123  decreased coverage  0.00662363 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt10  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0991  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0026  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.344693  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0038  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0033  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.9373 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0003  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.804113 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0072  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0019  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000288253  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0038  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000116483  normal  0.0233016 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0037  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000758461  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0020  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000559714  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0019  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000052132  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0030  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000421149  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0031  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000068537  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t101  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000108227  normal  0.0525224 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t102  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000565255  normal  0.0522725 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0018  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000477494  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t58  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.544778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t59  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.523446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA2  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA3  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0038  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0005  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000679583  normal  0.379222 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0033  tRNA-Leu  90.32 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.763911  hitchhiker  0.00000000000407532 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0058  tRNA-Leu  90.32 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000819667  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0016  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0075  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000964905  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0015  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211944 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R10  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.919208  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0036  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.230012  normal  0.790911 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0036  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.977915  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0020  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000105173  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0082  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00186312  normal  0.0281447 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0086  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0065  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0016  tRNA-Leu  86.49 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0109  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000331868  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0125  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104989  normal  0.132999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0125  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000725635  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna27  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0185  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0006  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301986  normal  0.331318 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0064  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0005  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  0.341408 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0025  tRNA-Leu  87.3 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0595639  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0070  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.128359 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0069  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.365522  normal  0.0296897 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0066  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.421355 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0045  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0035  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0610176  normal  0.497384 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0027  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna19  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.320912  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t092  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t093  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0126  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000553004  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0126  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000786823  normal  0.701139 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0114  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000507523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0115  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0116  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000605534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1053  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.161017  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1054  hypothetical protein  100 
 
 		 114 bp  60  0.00000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.169322  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0095  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000279268  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0029  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.322054 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5114  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000153961  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0035  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761901  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0034  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.956529  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0003    92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0028  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.324618 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0016  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00811405  normal  0.0178437 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0036  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777471  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0005  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000329783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4728  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212107  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>