More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_R0038 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0836194  normal  0.282288 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0020  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000105173  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0011  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0034  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.947339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0066  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.477099  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31720  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0035  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.438975  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0052  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00250  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt51  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.337564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0002  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.257366  normal  0.235874 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0063  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0073  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.357526  normal  0.875145 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0050  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00212894 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0071  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193194  normal  0.106914 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0058  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26300  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03410  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.706698 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0012  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0003  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.399335 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0055  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00000273568  normal  0.583061 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0026  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000243318 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1890  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.068778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.207592  hitchhiker  0.00400711 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0069  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.649401 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.48253  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00430  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.366056  normal  0.305981 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0008  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.429157  normal  0.0709893 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0055  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0868413 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0032  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0173175  normal  0.0159101 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0112279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0003  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0003  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0047  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.665018  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0041  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0045  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0249109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0042  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00515288  normal  0.0896861 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0003  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0058  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.031722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0072  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0068  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5666  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0057  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0015  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0023  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00937245  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0077  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1968  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0051  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000888669  normal  0.130057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0052  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000145228  normal  0.134982 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2521  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000206835  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5665  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0006  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.26401 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60590  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0032  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000233164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0025  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0680936  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0028  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0191582  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0029  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00220383  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0030  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00192839  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0043  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0955991  normal  0.0560674 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0044  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.143319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0026  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65210  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0041  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00498551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0042  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00146649  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0043  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00579317  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0026  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60600  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1753  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00711  hypothetical protein  100 
 
 		 1389 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0271557  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309067  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.086825  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309118  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.253847  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0142  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0162702  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0041  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.603186  normal  0.0670034 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1796  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0107643  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1814  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1024  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00686094  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309143  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309345  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.419344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0043  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.100426  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>