More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0012 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0012  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0045  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0013  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356176  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0024  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.622642  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt42  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt51  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0836194  normal  0.282288 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0048  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.496608  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0004  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00803834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt12  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt12  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt42  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0072  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0055  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00000273568  normal  0.583061 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0077  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1154  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0862  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_R0081  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0100  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000205949 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0099  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000201968 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0072  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t73  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0001  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.806101  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0003    96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0032    93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.333089  normal  0.311216 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0046  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0068  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0018  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.167819  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0012  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.145187 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0031  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362907  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0020  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000105173  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0007  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0047  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.279454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0052  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.888943  normal  0.34403 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0035  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0001  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.285029 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0066  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.477099  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.763911  hitchhiker  0.00000000000407532 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0005  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000679583  normal  0.379222 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0006  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0789376  normal  0.851363 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0046  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00313005  normal  0.455942 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0011  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0011  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1733  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309090  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309141  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.616897  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0015  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309164  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0092  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000144621  hitchhiker  0.00311227 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0034  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.947339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0006  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.26401 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0082  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367959  normal  0.245583 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0019  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0002  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217421  hitchhiker  0.000407536 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0003  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.14318  hitchhiker  0.000405393 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0023  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 80 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0071  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193194  normal  0.106914 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0035  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.17364  normal  0.432753 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0026  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000599691  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA2  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.839683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA39  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.220768 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0003  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.259027 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0097  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0752348  normal  0.27021 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0098  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0692613  normal  0.384897 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0004  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0047  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.665018  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0081  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491812  normal  0.178181 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0877  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00381857  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0052  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0129877  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0037  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000147646  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.322054 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.324618 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4201  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21132e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4272  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.645936  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>