More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PGt51 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PGt51  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  86.05 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0003  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.259027 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0019  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0071  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193194  normal  0.106914 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t73  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0072  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0100  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000205949 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0002  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217421  hitchhiker  0.000407536 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0098  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0692613  normal  0.384897 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0031  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0836194  normal  0.282288 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0082  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367959  normal  0.245583 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0001  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0006  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.26401 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.14318  hitchhiker  0.000405393 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0097  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0752348  normal  0.27021 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0038  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0015  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0081  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491812  normal  0.178181 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0099  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000201968 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0068  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0003    91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0012  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.145187 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0007  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA2  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.839683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0022  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0031  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0005  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000679583  normal  0.379222 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309257  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0021  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.944852  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00085  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4807  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000360062  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0038  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0022  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0028  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.324618 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4728  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212107  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4910  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00037453  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0089  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000216717  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0034  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.956529  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4957  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4273  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.901226  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4272  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.645936  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4968  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000650666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5114  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000153961  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0005  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000329783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4916  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000645766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0021  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0029  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.322054 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0036  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777471  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0035  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761901  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0017  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00783085  normal  0.0179625 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0020  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.913906  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0016  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00811405  normal  0.0178437 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0087  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0012  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4875  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000898834  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0095  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0436868  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0841  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4274  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4962  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000175711  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02877  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000533754  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03726  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0825956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0079  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.966299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0077  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.941886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0078  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.914588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0076  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737133  normal  0.92014 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0055  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00000273568  normal  0.583061 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0033  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0594182 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0034  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0585247 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0013  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0050  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572114 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>