245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_R0005 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_R0005  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  0.341408 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0006  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301986  normal  0.331318 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0097  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0752348  normal  0.27021 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0100  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000205949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0081  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491812  normal  0.178181 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0026  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 86 bp  125  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.794805  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0098  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0692613  normal  0.384897 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0099  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000201968 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t73  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 84 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 84 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0082  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367959  normal  0.245583 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t58  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.544778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t59  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.523446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA2  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA3  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0003  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.14318  hitchhiker  0.000405393 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0005  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000679583  normal  0.379222 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0002  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217421  hitchhiker  0.000407536 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1053  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.161017  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1054  hypothetical protein  90.12 
 
 		 114 bp  81.8  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.169322  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0015  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0034  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.947339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0003    86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0038  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0011  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0037  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0001  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0003  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.804113 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt10  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0064  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R10  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.919208  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0991  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0020  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000105173  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0026  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.344693  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0066  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.477099  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0063  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0200123  decreased coverage  0.00662363 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0065  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0006  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.26401 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0071  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193194  normal  0.106914 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0072  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0068  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309345  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 83 bp  67.9  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.419344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0019  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0003  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.259027 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0065  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4554  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.232899  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0012  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.145187 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0007  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0036  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.230012  normal  0.790911 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0063  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R11  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0031  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 83 bp  58  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0308753  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309276  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0007  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNALeuVIMSS1309184  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 83 bp  58  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0035  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0002  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.164011  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0027  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA2  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.839683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5666  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5665  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0042  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0024  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 84 bp  54  0.000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0008  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.429157  normal  0.0709893 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0033  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.9373 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309360  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna27  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309257  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0075  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000964905  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0015  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211944 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0022  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0031  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0036  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.977915  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0072  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0082  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00186312  normal  0.0281447 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0086  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11760  tRNA-Leu  87.04 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.764156  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  87.04 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0017  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250714  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS02877  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000533754  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03726  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0825956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0009  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0037  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.17135  normal  0.776036 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0032  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0173175  normal  0.0159101 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0038  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360445  normal  0.147869 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0033  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0594182 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0034  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0585247 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>