More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3840 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
298 aa  566  1e-160  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.32 
 
 
300 aa  280  3e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  51.57 
 
 
301 aa  276  4e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.92 
 
 
287 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.64 
 
 
290 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.19 
 
 
299 aa  264  1e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  48.33 
 
 
299 aa  263  2e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  48.33 
 
 
299 aa  263  2e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  48.33 
 
 
299 aa  263  2e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  48.33 
 
 
299 aa  263  2e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  48.33 
 
 
299 aa  263  2e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
304 aa  263  2e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.36 
 
 
359 aa  261  6.999999999999999e-69  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.97 
 
 
299 aa  261  8.999999999999999e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.25 
 
 
296 aa  260  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  48.51 
 
 
867 aa  259  3e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.15 
 
 
294 aa  259  4e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.09 
 
 
309 aa  258  6e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.03 
 
 
291 aa  258  1e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.67 
 
 
313 aa  257  2e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
300 aa  255  6e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.62 
 
 
294 aa  255  6e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
300 aa  255  6e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.71 
 
 
295 aa  254  8e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.38 
 
 
291 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.06 
 
 
299 aa  253  3e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  49.64 
 
 
300 aa  252  6e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.1 
 
 
277 aa  251  1e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.94 
 
 
304 aa  251  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.28 
 
 
293 aa  250  2e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.38 
 
 
280 aa  250  2e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5359  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  47.93 
 
 
289 aa  251  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.632265  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.83 
 
 
290 aa  249  3e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.118139  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.81 
 
 
289 aa  249  3e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.28 
 
 
293 aa  248  8e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  51.31 
 
 
276 aa  246  4e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  48.71 
 
 
304 aa  246  4.9999999999999997e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.73 
 
 
310 aa  245  8e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.05 
 
 
289 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133944  normal  0.758242 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.76 
 
 
289 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.64 
 
 
309 aa  243  3e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.04 
 
 
285 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.5 
 
 
300 aa  241  1e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.44 
 
 
300 aa  241  1e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.01 
 
 
309 aa  241  1e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  45.72 
 
 
284 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.81 
 
 
296 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 
287 aa  238  5.999999999999999e-62  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.71 
 
 
304 aa  239  5.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
287 aa  238  1e-61  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.45 
 
 
311 aa  238  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.753458  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  47.55 
 
 
321 aa  237  1e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5089  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  47.33 
 
 
293 aa  237  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.84 
 
 
298 aa  237  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  44.84 
 
 
298 aa  236  3e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  42.71 
 
 
288 aa  236  3e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.84 
 
 
298 aa  236  3e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  47.21 
 
 
295 aa  236  3e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.84 
 
 
298 aa  236  3e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.84 
 
 
298 aa  236  3e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  44.84 
 
 
298 aa  236  3e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.84 
 
 
298 aa  236  3e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.17 
 
 
286 aa  236  4e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.06 
 
 
294 aa  235  5.0000000000000005e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.92 
 
 
310 aa  235  7e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.9 
 
 
325 aa  235  8e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.27 
 
 
291 aa  234  9e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.48 
 
 
298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.21 
 
 
311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.77 
 
 
305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  45.77 
 
 
317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  42.75 
 
 
279 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.85 
 
 
308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.94 
 
 
297 aa  232  6e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.44 
 
 
296 aa  232  7.000000000000001e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.143013 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.38 
 
 
302 aa  232  7.000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  46.96 
 
 
282 aa  231  8.000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.18 
 
 
303 aa  231  9e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  46.93 
 
 
303 aa  231  9e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.82 
 
 
302 aa  231  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.79 
 
 
302 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.86 
 
 
301 aa  231  1e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  46.52 
 
 
302 aa  231  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  47.81 
 
 
303 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.21 
 
 
308 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.35 
 
 
280 aa  231  2e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.49 
 
 
285 aa  230  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.63 
 
 
274 aa  230  2e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  46.24 
 
 
301 aa  230  3e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1748  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.48 
 
 
294 aa  229  3e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.161109  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  47.08 
 
 
303 aa  229  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0952  peptide ABC transporter, permease protein  46.36 
 
 
286 aa  229  4e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.93 
 
 
359 aa  228  6e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.73 
 
 
280 aa  229  6e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  49.19 
 
 
285 aa  228  8e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.36 
 
 
303 aa  228  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.52 
 
 
284 aa  228  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.12 
 
 
309 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.805329  normal  0.0512458 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.57 
 
 
300 aa  227  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.77 
 
 
286 aa  227  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.304956  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>