More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01750 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS01750  peptide chain release factor-like protein  100 
 
 		 207 aa  417  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.132154  normal  0.46874 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0233  peptide chain release factor-like protein  62.19 
 
 		 204 aa  249  2e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0268  peptide chain release factor-like protein  62.19 
 
 		 204 aa  249  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0263  peptide chain release factor-like protein  62.19 
 
 		 204 aa  249  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0290  peptide chain release factor-like protein  61.19 
 
 		 204 aa  249  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.127156 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0349  peptide chain release factor-like protein  60.59 
 
 		 204 aa  247  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0345  peptide chain release factor-like protein  60.59 
 
 		 204 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.196976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0354  peptide chain release factor-like protein  60.59 
 
 		 204 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0356  peptide chain release factor-like protein  60.1 
 
 		 204 aa  244  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000967755 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0364  peptide chain release factor-like protein  60.1 
 
 		 204 aa  244  6.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.429875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3597  peptide chain release factor-like protein  58.21 
 
 		 207 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72200  peptide chain release factor-like protein  64.22 
 
 		 204 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3439  peptide chain release factor-like protein  58.21 
 
 		 207 aa  221  4.9999999999999996e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.3707  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3371  peptide chain release factor H  62.87 
 
 		 178 aa  216  2e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00231  peptide chain release factor 2  62.58 
 
 		 166 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00234  hypothetical protein  62.58 
 
 		 166 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0281  peptide chain release factor-like protein  61.35 
 
 		 166 aa  207  8e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.568314 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4861  peptide chain release factor-like protein  56.86 
 
 		 204 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0755731 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3902  peptide chain release factor H  43.46 
 
 		 218 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0189567 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2459  peptide chain release factor H  48.26 
 
 		 199 aa  166  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321859  normal  0.956081 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0332  putative peptide chain release factor  38.89 
 
 		 248 aa  145  5e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3456  peptide chain release factor-like protein  37.44 
 
 		 229 aa  145  5e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0652118  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2039  class I peptide chain release factor  40.72 
 
 		 202 aa  140  9.999999999999999e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0760  peptide chain release factor H  34.3 
 
 		 206 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0242  peptide chain release factor-like protein  35.78 
 
 		 219 aa  125  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3282  peptide chain release factor H  36.82 
 
 		 204 aa  121  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434629  normal  0.0508518 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7272  peptide chain release factor-like protein  33.17 
 
 		 210 aa  120  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000014386  normal  0.97905 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1124  class I peptide chain release factor domain-containing protein  50.48 
 
 		 207 aa  104  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0570  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  34.08 
 
 		 362 aa  90.9  1e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000011559  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0544  peptide chain release factor 2  35.4 
 
 		 356 aa  90.1  2e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00703964  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_509  peptide chain release factor 2  33.52 
 
 		 357 aa  89.7  3e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231762  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1471  peptide chain release factor 2  35.46 
 
 		 349 aa  89.7  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0486  peptide chain release factor 2  34.75 
 
 		 349 aa  89  5e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.289866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0804  peptide chain release factor 2  39.42 
 
 		 376 aa  88.6  7e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1409  peptide chain release factor 2  40.91 
 
 		 330 aa  88.2  8e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0056831  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1562  peptide chain release factor 2  36.5 
 
 		 280 aa  87.8  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0271557  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1072  peptide chain release factor 2  35.46 
 
 		 357 aa  87  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1036  peptide chain release factor 2  35.46 
 
 		 357 aa  86.7  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.178506 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0921  peptide chain release factor 2  33.15 
 
 		 349 aa  86.3  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.181333  normal  0.893084 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1030  peptide chain release factor 2 protein  34.75 
 
 		 300 aa  85.9  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.235991  normal  0.771675 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2570  peptide chain release factor 2  35.77 
 
 		 417 aa  85.9  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0324776  normal  0.0245297 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0960  hypothetical protein  34.75 
 
 		 367 aa  85.9  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0655613 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16430  peptide chain release factor 2  33.33 
 
 		 331 aa  85.9  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000953459  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0895  hypothetical protein  34.75 
 
 		 367 aa  85.9  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0852209 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1884  peptide chain release factor 2  32.02 
 
 		 459 aa  85.5  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.344526  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2265  peptide chain release factor 2  36.36 
 
 		 321 aa  85.1  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.021133  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0230  peptide chain release factor 2  34.52 
 
 		 330 aa  85.1  7e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.413245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2644  peptide chain release factor 2  35.04 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1699  peptide chain release factor 2  35.04 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822154  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2206  peptide chain release factor 2, programmed  35.04 
 
 		 248 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0912  peptide chain release factor 2  37.68 
 
 		 375 aa  84  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.779276  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2722  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  35.04 
 
 		 248 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5423  peptide chain release factor 2  35.77 
 
 		 391 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3112  peptide chain release factor 2  35.04 
 
 		 248 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.826864  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1153  peptide chain release factor 2  35.04 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.449488  normal  0.0907567 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2590  peptide chain release factor 2, programmed  35.04 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5960  peptide chain release factor 2  35.77 
 
 		 391 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2027  peptide chain release factor 2  32.02 
 
 		 248 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1479  peptide chain release factor 2, programmed  35.04 
 
 		 248 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2154  peptide chain release factor 2  32.02 
 
 		 406 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0694962  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2117  peptide chain release factor 2  35.77 
 
 		 391 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.223622  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2135  peptide chain release factor 2  35.77 
 
 		 391 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.215067 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0796  peptide chain release factor 2  36.5 
 
 		 354 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.570581  normal  0.0161038 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0075  peptide chain release factor 2  30.81 
 
 		 282 aa  82.8  0.000000000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00578068  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1449  peptide chain release factor 2  35.04 
 
 		 359 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.768033 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1044  peptide chain release factor 1  34.39 
 
 		 364 aa  82.8  0.000000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1213  peptide chain release factor 2  37.96 
 
 		 367 aa  81.6  0.000000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166431  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0397  peptide chain release factor 2  38.69 
 
 		 302 aa  81.6  0.000000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1242  peptide chain release factor 2  37.96 
 
 		 367 aa  81.6  0.000000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00779593  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0456  peptide chain release factor 2  38.69 
 
 		 338 aa  81.6  0.000000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.454858  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2844  peptide chain release factor 2  37.59 
 
 		 325 aa  81.3  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.247067 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1707  peptide chain release factor 2  34.13 
 
 		 322 aa  80.9  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2206  hypothetical protein  31.55 
 
 		 373 aa  80.9  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1799  peptide chain release factor 2  37.41 
 
 		 344 aa  80.5  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1762  peptide chain release factor 2  36.5 
 
 		 364 aa  80.5  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000512072  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0509  peptide chain release factor 1  54.43 
 
 		 360 aa  80.1  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3275  peptide chain release factor 2  34.55 
 
 		 322 aa  80.1  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.314712  normal  0.99195 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0648  peptide chain release factor 2  28.23 
 
 		 365 aa  80.5  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2040  peptide chain release factor 2  33.92 
 
 		 322 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1620  peptide chain release factor 2  39.42 
 
 		 366 aa  80.1  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00133375  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1686  peptide chain release factor 2  34.31 
 
 		 323 aa  80.5  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3044  peptide chain release factor 1  47.31 
 
 		 360 aa  79.7  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0421  hypothetical protein  33.33 
 
 		 365 aa  79.3  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3177  peptide chain release factor 2  35.77 
 
 		 375 aa  79.3  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.482998  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1549  peptide chain release factor 2  35.77 
 
 		 369 aa  79.3  0.00000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4456  peptide chain release factor 1  32.8 
 
 		 360 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0119  peptide chain release factor 1  53.16 
 
 		 361 aa  79.3  0.00000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000299484  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3201  peptide chain release factor 1  47.31 
 
 		 360 aa  79  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0522  peptide chain release factor 1  33.85 
 
 		 361 aa  79.3  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2064  peptide chain release factor 1  53.16 
 
 		 361 aa  79.3  0.00000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.243868  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3970  peptide chain release factor 2  34.94 
 
 		 366 aa  79  0.00000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000632573  unclonable  0.000000000161468 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2274  peptide chain release factor 2  36.5 
 
 		 310 aa  79  0.00000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0834  peptide chain release factor 2  31.46 
 
 		 349 aa  78.6  0.00000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0365  peptide chain release factor 2  29.15 
 
 		 357 aa  78.6  0.00000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41470  peptide chain release factor 1  32.82 
 
 		 360 aa  78.2  0.00000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.711816  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02770  Protein chain release factor B, RF-2  30.95 
 
 		 282 aa  78.2  0.00000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0501014  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2566  peptide chain release factor 1  53.16 
 
 		 363 aa  78.6  0.00000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0384672  normal  0.342733 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0864  peptide chain release factor 2  27.75 
 
 		 365 aa  78.2  0.00000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0819  peptide chain release factor 2  31.46 
 
 		 349 aa  77.8  0.00000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0281018 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0404  peptide chain release factor 2  32.74 
 
 		 304 aa  78.2  0.00000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.660682  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>