More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1379 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0529  isocitrate lyase  76.75 
 
 		 528 aa  847    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01326  isocitrate lyase  70.24 
 
 		 531 aa  788    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.190818  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4340  isocitrate lyase  77.32 
 
 		 528 aa  854    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.968792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2407  isocitrate lyase  75.28 
 
 		 531 aa  847    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210555  normal  0.138791 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1232  isocitrate lyase  70.38 
 
 		 527 aa  799    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1090  isocitrate lyase  78.41 
 
 		 531 aa  890    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.198066  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3724  isocitrate lyase  76.56 
 
 		 528 aa  845    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0047  isocitrate lyase  81.29 
 
 		 530 aa  913    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4188  isocitrate lyase  88.42 
 
 		 545 aa  1017    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0755941  normal  0.12145 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1180  isocitrate lyase  70.32 
 
 		 534 aa  798    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0304  isocitrate lyase  70.63 
 
 		 531 aa  798    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1627  isocitrate lyase  64.77 
 
 		 528 aa  729    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125319 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0384  isocitrate lyase  76.98 
 
 		 528 aa  852    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4801  isocitrate lyase  76.56 
 
 		 528 aa  845    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.815542 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5860  isocitrate lyase  76.18 
 
 		 527 aa  847    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28420  isocitrate lyase  75.61 
 
 		 531 aa  853    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.528136  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2234  isocitrate lyase  72.45 
 
 		 527 aa  830    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0305365  decreased coverage  0.0000429136 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2041  isocitrate lyase  71.64 
 
 		 527 aa  821    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0610  isocitrate lyase  75.99 
 
 		 527 aa  843    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3465  isocitrate lyase  74.62 
 
 		 530 aa  838    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.662087  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2353  isocitrate lyase  72.08 
 
 		 527 aa  825    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000102131  decreased coverage  0.000000217224 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2926  isocitrate lyase  79.55 
 
 		 531 aa  895    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.70995  normal  0.314009 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4199  isocitrate lyase  95.23 
 
 		 545 aa  1090    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.747158 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1029  isocitrate lyase  78.98 
 
 		 531 aa  891    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1379  isocitrate lyase  100 
 
 		 545 aa  1140    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.378133 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12313  isocitrate lyase  65.85 
 
 		 552 aa  735    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4053  isocitrate lyase  95.04 
 
 		 545 aa  1088    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.177822 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4878  isocitrate lyase  88.07 
 
 		 544 aa  1013    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.347742  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3157  isocitrate lyase  83.08 
 
 		 542 aa  932    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1860  isocitrate lyase  65.15 
 
 		 528 aa  734    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0847952 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4737  isocitrate lyase  76.37 
 
 		 526 aa  845    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613526  normal  0.35895 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0943  isocitrate lyase  78.03 
 
 		 530 aa  871    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.478615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3921  isocitrate lyase  76.18 
 
 		 527 aa  847    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1448  isocitrate lyase  64.2 
 
 		 527 aa  730    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00397678  normal  0.373019 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1215  isocitrate lyase  69.81 
 
 		 533 aa  789    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.180669  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0542  isocitrate lyase  76.56 
 
 		 528 aa  845    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2682  isocitrate lyase  72.45 
 
 		 531 aa  824    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000577171 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2573  isocitrate lyase  76.18 
 
 		 531 aa  860    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157334  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3139  isocitrate lyase  72.49 
 
 		 526 aa  829    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.87886  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3879  isocitrate lyase  77.5 
 
 		 528 aa  857    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.51448  normal  0.0498655 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30050  isocitrate lyase  75.99 
 
 		 531 aa  857    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4447  isocitrate lyase  76.18 
 
 		 527 aa  847    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1363  isocitrate lyase  58.17 
 
 		 535 aa  580  1e-164  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0665  isocitrate lyase  27.88 
 
 		 428 aa  150  4e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000467053  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1501  isocitrate lyase  28.93 
 
 		 461 aa  145  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1102  isocitrate lyase  28.81 
 
 		 438 aa  144  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2380  isocitrate lyase  27 
 
 		 439 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.399534 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1480  isocitrate lyase  27.5 
 
 		 428 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4054  isocitrate lyase  29.06 
 
 		 492 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0768  isocitrate lyase  30.46 
 
 		 431 aa  140  4.999999999999999e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.139053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0028  isocitrate lyase  27.95 
 
 		 427 aa  140  6e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0583  isocitrate lyase  26.67 
 
 		 443 aa  140  6e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2855  isocitrate lyase  28.57 
 
 		 439 aa  140  7.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1415  isocitrate lyase  27.04 
 
 		 441 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1335  isocitrate lyase  27.84 
 
 		 439 aa  139  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.738901  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0854  isocitrate lyase  28.34 
 
 		 425 aa  138  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00269898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3364  isocitrate lyase  29.23 
 
 		 441 aa  139  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.113037  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3098  isocitrate lyase  28.24 
 
 		 432 aa  139  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.183218  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1052  isocitrate lyase  27.86 
 
 		 425 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203555  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1030  isocitrate lyase  27.86 
 
 		 425 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1132  isocitrate lyase  27.86 
 
 		 425 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00988678  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1287  isocitrate lyase  27.86 
 
 		 425 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000193732  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1210  isocitrate lyase  27.86 
 
 		 425 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1027  isocitrate lyase  27.94 
 
 		 425 aa  137  6.0000000000000005e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.156161  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1246  isocitrate lyase  27.6 
 
 		 441 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0481368  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2766  isocitrate lyase  27.6 
 
 		 440 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0008216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2942  isocitrate lyase  27.6 
 
 		 440 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.337122  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1484  isocitrate lyase  27.85 
 
 		 440 aa  136  9e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1033  isocitrate lyase  27.49 
 
 		 425 aa  136  9e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00237406  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4116  isocitrate lyase  28.54 
 
 		 441 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.818708 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1229  isocitrate lyase  27.66 
 
 		 425 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.154992  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3602  isocitrate lyase  28.99 
 
 		 441 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0073  isocitrate lyase  29.29 
 
 		 452 aa  136  9.999999999999999e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.136709 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3778  isocitrate lyase  29.81 
 
 		 435 aa  136  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2844  isocitrate lyase  27.36 
 
 		 440 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.166361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2963  malate synthase  28.48 
 
 		 1110 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.821485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0999  isocitrate lyase  28.91 
 
 		 440 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1182  isocitrate lyase  27.24 
 
 		 425 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00317473  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0366  isocitrate lyase  28.41 
 
 		 435 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4157  isocitrate lyase  27.24 
 
 		 425 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0289432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01042  isocitrate lyase  27.85 
 
 		 437 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1429  isocitrate lyase  27.07 
 
 		 432 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.307912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1239  isocitrate lyase  28.02 
 
 		 440 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.18616  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0219  isocitrate lyase  27.71 
 
 		 434 aa  135  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0895016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3196  isocitrate lyase  28.74 
 
 		 441 aa  135  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0249331 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004371  isocitrate lyase  28.09 
 
 		 437 aa  134  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2249  isocitrate lyase  27.13 
 
 		 428 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.44014  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2438  isocitrate lyase  27.04 
 
 		 442 aa  134  3.9999999999999996e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1276  isocitrate lyase  26.94 
 
 		 450 aa  134  5e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.57065 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1748  isocitrate lyase  28.3 
 
 		 441 aa  134  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.191807 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3389  isocitrate lyase  28.3 
 
 		 441 aa  134  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.580592 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1308  isocitrate lyase  27.36 
 
 		 441 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0590884  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1317  isocitrate lyase  27.36 
 
 		 441 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1344  isocitrate lyase  27.36 
 
 		 441 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1506  isocitrate lyase  26.28 
 
 		 432 aa  133  6.999999999999999e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3687  isocitrate lyase  29.01 
 
 		 441 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.978448  normal  0.141916 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2985  isocitrate lyase  29.06 
 
 		 435 aa  133  7.999999999999999e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.54257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0267  isocitrate lyase  27.29 
 
 		 437 aa  133  9e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00619067  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3042  isocitrate lyase  27.36 
 
 		 441 aa  133  9e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.709803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4593  isocitrate lyase  27.71 
 
 		 434 aa  133  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>