53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3055 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3055  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 411 aa  851    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.363566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  38.95 
 
 		 405 aa  245  9.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  37.38 
 
 		 406 aa  225  1e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  50.7 
 
 		 392 aa  209  6e-53  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.23 
 
 		 419 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.72 
 
 		 374 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0816  restriction modification system DNA specificity subunit  39.71 
 
 		 267 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1411  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  37.46 
 
 		 382 aa  166  6.9999999999999995e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.202691  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4394  restriction modification system DNA specificity subunit  29.36 
 
 		 414 aa  155  9e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.536192  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  44.23 
 
 		 429 aa  130  4.0000000000000003e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1500  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.5 
 
 		 398 aa  125  2e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.100633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  40 
 
 		 423 aa  107  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  27.64 
 
 		 426 aa  104  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  31.79 
 
 		 399 aa  103  5e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.28 
 
 		 408 aa  100  6e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  32 
 
 		 401 aa  95.9  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0040  restriction-modification enzyme subunit s3a  24.1 
 
 		 372 aa  86.7  7e-16  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.0522579  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  23.62 
 
 		 417 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  33.74 
 
 		 547 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1106  restriction modification system DNA specificity subunit  36.96 
 
 		 161 aa  77  0.0000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  31.14 
 
 		 612 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0039  restriction modification enzyme subunit s2a  28.3 
 
 		 213 aa  75.9  0.000000000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.286147  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0107  type I restriction modification DNA specificity family protein  43.82 
 
 		 85 aa  74.7  0.000000000003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.517925  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  28.57 
 
 		 584 aa  73.6  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1851  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  32.45 
 
 		 194 aa  73.6  0.000000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  25.17 
 
 		 364 aa  65.1  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  29.25 
 
 		 368 aa  64.3  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  28.67 
 
 		 419 aa  63.5  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  27.37 
 
 		 430 aa  63.5  0.000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0041  restriction-modification enzyme subunit s3b  26.85 
 
 		 406 aa  62.4  0.00000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.370047  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  26.37 
 
 		 354 aa  62.4  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  26.14 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0038  reStriction-modification enzyme mpuuiii s subunit  31.36 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000009  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.314064  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.43 
 
 		 441 aa  58.5  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.93 
 
 		 477 aa  58.9  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1105  restriction modification system DNA specificity subunit  27.36 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0545  hypothetical protein  28.37 
 
 		 701 aa  55.5  0.000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.4 
 
 		 428 aa  54.3  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  23.71 
 
 		 402 aa  53.9  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  27.23 
 
 		 392 aa  53.9  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  23.71 
 
 		 411 aa  52.4  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  27.39 
 
 		 397 aa  50.8  0.00004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  30.12 
 
 		 364 aa  50.1  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  21.64 
 
 		 413 aa  49.3  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  25.35 
 
 		 446 aa  48.1  0.0003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  30.97 
 
 		 418 aa  46.6  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 		 386 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3246  hypothetical protein  26.83 
 
 		 454 aa  45.4  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.26 
 
 		 400 aa  45.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  23 
 
 		 378 aa  43.9  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  27.38 
 
 		 383 aa  43.9  0.006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  25.96 
 
 		 429 aa  43.5  0.007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  21.72 
 
 		 413 aa  43.1  0.008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>