39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2400 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2400  hypothetical protein  100 
 
 		 119 aa  234  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.93992  normal  0.497103 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3050  type IV pilus assembly PilZ  84.03 
 
 		 119 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3553  type IV pilus assembly PilZ  67.23 
 
 		 119 aa  169  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.180845  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3320  type IV pilus assembly PilZ  55.56 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2398  hypothetical protein  41.53 
 
 		 114 aa  87  8e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3053  type IV pilus assembly PilZ  37.29 
 
 		 114 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1603  hypothetical protein  42.17 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.858163  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4746  type IV pilus assembly PilZ  37.18 
 
 		 86 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.207973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3752  type IV pilus assembly PilZ  32.54 
 
 		 136 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.052098 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2803  type IV pilus assembly PilZ  33.88 
 
 		 131 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4321  type IV pilus assembly PilZ  33.06 
 
 		 148 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.329516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7466  hypothetical protein  38.16 
 
 		 96 aa  65.5  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.113392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5314  type IV pilus assembly PilZ  39.24 
 
 		 106 aa  64.7  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.947891  normal  0.173027 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4690  type IV pilus assembly PilZ  32.26 
 
 		 148 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0169937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1549  type IV pilus assembly PilZ  38.46 
 
 		 82 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00273376  normal  0.068987 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1720  type IV pilus assembly PilZ  43.59 
 
 		 79 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.688606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3753  type IV pilus assembly PilZ  42.31 
 
 		 79 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.89147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4527  type IV pilus assembly PilZ  38.82 
 
 		 118 aa  62  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.501407  normal  0.772681 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4838  type IV pilus assembly PilZ  32.89 
 
 		 137 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.13934  normal  0.448899 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4536  type IV pilus assembly PilZ  37.35 
 
 		 94 aa  61.2  0.000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2410  type IV pilus assembly PilZ  37.18 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.847624  normal  0.205618 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5461  hypothetical protein  40.51 
 
 		 83 aa  61.2  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.392533 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1523  hypothetical protein  34.62 
 
 		 79 aa  59.7  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2029  type IV pilus assembly PilZ  37.04 
 
 		 79 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.338028  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4529  type IV pilus assembly PilZ  39.74 
 
 		 99 aa  57  0.00000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.470833  normal  0.812633 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0827  type IV pilus assembly PilZ  40.18 
 
 		 122 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00198339 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7256  hypothetical protein  35.9 
 
 		 84 aa  53.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.226268  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5566  hypothetical protein  35.48 
 
 		 103 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4372  type IV pilus assembly PilZ  33.75 
 
 		 83 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1467  hypothetical protein  36.36 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.511382 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4663  hypothetical protein  38.6 
 
 		 83 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.969031  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0652  type IV pilus assembly PilZ  34.62 
 
 		 101 aa  42.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.30953 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2644  hypothetical protein  30.68 
 
 		 97 aa  42.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  30.16 
 
 		 417 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 417 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5621  type IV pilus assembly PilZ  37.5 
 
 		 96 aa  41.2  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0212596  normal  0.144053 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7098  type IV pilus assembly PilZ  32.05 
 
 		 82 aa  41.2  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.867442  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1913  hypothetical protein  31.33 
 
 		 99 aa  40.8  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.190295  hitchhiker  0.0055716 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3181  type IV pilus assembly PilZ  29.11 
 
 		 81 aa  40.4  0.009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.742526  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>