251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1874 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1874  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  100 
 
 
208 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.263365 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  66.02 
 
 
291 aa  277  9e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  63.59 
 
 
294 aa  261  4e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  64.08 
 
 
294 aa  259  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1188  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  62.44 
 
 
292 aa  258  4e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227591  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1204  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  62.14 
 
 
293 aa  251  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3453  gluconolactonase  61.65 
 
 
297 aa  251  5.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1170  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  61.65 
 
 
293 aa  249  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.482172  normal  0.0648021 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  61.65 
 
 
293 aa  248  4e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  60.87 
 
 
296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3108  gluconolactonase  58.54 
 
 
303 aa  232  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0128132  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1592  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  57 
 
 
300 aa  229  2e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2591  gluconolactonase  57.89 
 
 
312 aa  224  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000189317  normal  0.0284024 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  57.97 
 
 
300 aa  217  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  57.97 
 
 
300 aa  217  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  56.52 
 
 
296 aa  215  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  51.74 
 
 
309 aa  191  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  48.6 
 
 
309 aa  180  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  34.8 
 
 
288 aa  122  3e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  34.8 
 
 
288 aa  122  5e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  37.44 
 
 
308 aa  122  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  37.95 
 
 
291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.52 
 
 
293 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.07 
 
 
299 aa  115  6e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4476  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.07 
 
 
290 aa  113  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0784664  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0279  gluconolactonase  33.98 
 
 
295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.27578  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00122  regucalcin  37.13 
 
 
303 aa  112  4.0000000000000004e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235017  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2611  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.44 
 
 
309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.170386 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.45 
 
 
312 aa  107  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5597  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.56 
 
 
300 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0724481  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  32.84 
 
 
546 aa  106  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.85 
 
 
569 aa  105  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2571  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  40.98 
 
 
299 aa  104  8e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.233694  normal  0.0110739 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  37.2 
 
 
289 aa  104  9e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  33.5 
 
 
292 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0220  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.87 
 
 
311 aa  104  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0519  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.41 
 
 
285 aa  103  2e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.530056  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.55 
 
 
292 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.7 
 
 
295 aa  103  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.17 
 
 
289 aa  102  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3531  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  30.96 
 
 
309 aa  100  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2750  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.18 
 
 
280 aa  100  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.03 
 
 
281 aa  99.8  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0235  gluconolactonase  34.65 
 
 
323 aa  99  4e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.44 
 
 
296 aa  98.2  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0353  putative senescence marker protein-30 (SMP-30)  33.33 
 
 
295 aa  97.8  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000291446  hitchhiker  0.0000011261 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0840  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.19 
 
 
311 aa  96.7  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0122  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.63 
 
 
308 aa  95.9  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271646  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  34.16 
 
 
290 aa  95.1  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0186  gluconolactonase  36.32 
 
 
311 aa  95.1  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0747  senescence marker protein-30 (SMP-30)  34.74 
 
 
284 aa  94.7  7e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  28.57 
 
 
300 aa  94.7  9e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.68 
 
 
302 aa  94.4  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.26 
 
 
291 aa  94.4  1e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3876  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.85 
 
 
279 aa  94  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41751  predicted protein  33.68 
 
 
328 aa  94  1e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0000000044531  hitchhiker  0.0048622 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2681  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.1 
 
 
574 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0479  senescence marker protein-30 (SMP-30)  35.03 
 
 
312 aa  93.2  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0550  L-arabinonolactonase  35.68 
 
 
304 aa  92.8  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621286  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.92 
 
 
301 aa  92.8  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0453  gluconolactonase  34.01 
 
 
289 aa  92.8  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.92 
 
 
301 aa  92.8  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1058  senescence marker protein-30 family protein  38.3 
 
 
311 aa  92.8  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  29.38 
 
 
303 aa  92.4  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2356  senescence marker protein-30 family protein  38.3 
 
 
311 aa  92  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3138  gluconolactonase  35.68 
 
 
279 aa  92  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.840697  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  28.64 
 
 
300 aa  92  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1143  gluconolactonase  38.3 
 
 
311 aa  92  6e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.68325  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  29.41 
 
 
300 aa  91.7  7e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3322  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.22 
 
 
294 aa  91.7  8e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0622  senescence marker protein-30 family protein  38.3 
 
 
311 aa  91.3  8e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.389128  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0845  senescence marker protein-30 family protein  38.3 
 
 
311 aa  91.3  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1810  senescence marker protein-30 family protein  38.3 
 
 
311 aa  91.3  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  29.38 
 
 
300 aa  91.7  8e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  27.94 
 
 
300 aa  90.5  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3407  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.66 
 
 
300 aa  91.3  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13947  normal  0.0742686 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0517  gluconolactonase  32.24 
 
 
311 aa  90.1  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2584  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.64 
 
 
304 aa  90.5  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4002  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.54 
 
 
293 aa  89.7  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4591  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.54 
 
 
300 aa  88.2  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00253275 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0075  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.5 
 
 
289 aa  86.7  2e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.72815 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2994  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.15 
 
 
304 aa  86.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412095  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  35.6 
 
 
296 aa  86.3  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0183  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.17 
 
 
316 aa  85.5  5e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0284148  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2536  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.42 
 
 
346 aa  85.5  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.52 
 
 
302 aa  85.5  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3831  senescence marker protein-30 (SMP-30)  31.82 
 
 
283 aa  85.1  6e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2670  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.87 
 
 
574 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.142476  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3180  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  32.42 
 
 
346 aa  84.7  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5473  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.23 
 
 
299 aa  84.7  9e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0410042 
 
 
-
 
NC_006693  CNH00470  conserved hypothetical protein  30.1 
 
 
315 aa  83.6  0.000000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2259  gluconolactonase  35.23 
 
 
315 aa  83.6  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0162749  unclonable  0.0000000178231 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0419  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.26 
 
 
296 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.740885  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4918  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.43 
 
 
299 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.117058  normal  0.866361 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0048  L-arabinonolactonase  35.44 
 
 
300 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5221  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  35.92 
 
 
300 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5638  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.92 
 
 
300 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700082  normal  0.0168857 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0165  gluconolactonase  34.17 
 
 
316 aa  81.6  0.000000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3297  response regulator receiver protein  30 
 
 
279 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.818338 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5696  calcium-binding protein  32.74 
 
 
249 aa  80.1  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.086452  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>