More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5313 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5313  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  620  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0829444 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5261  LysR family transcriptional regulator  97.08 
 
 		 308 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.351155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5171  LysR family transcriptional regulator  97.73 
 
 		 308 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.849729  normal  0.186135 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0209  LysR family transcriptional regulator  88.64 
 
 		 308 aa  547  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0471708 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5516  LysR family transcriptional regulator  83.93 
 
 		 306 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0072  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  80 
 
 		 306 aa  488  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0116  transcriptional regulator, LysR family  78.36 
 
 		 306 aa  479  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69880  LysR family transcriptional regulator  71.15 
 
 		 305 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6066  LysR family transcriptional regulator  69.18 
 
 		 326 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0256  LysR family transcriptional regulator  66.23 
 
 		 308 aa  395  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1883  transcriptional regulator, LysR family  55.31 
 
 		 308 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49643  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1996  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6921  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 306 aa  275  9e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3305  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 306 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  0.0876929 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2390  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 306 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.7509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7043  LysR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 306 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.380705  normal  0.294568 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1902  LysR family transcriptional regulator  46.89 
 
 		 306 aa  269  4e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6379  LysR family transcriptional regulator  46.73 
 
 		 306 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1449  LysR family transcriptional regulator  46.73 
 
 		 306 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 290 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 290 aa  206  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0525  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 290 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1281  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 305 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514063  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1043  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 290 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0254  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 330 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 290 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1681  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 297 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.492921  normal  0.530506 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4486  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 290 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.978726 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1384  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 290 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.259574  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2555  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 330 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1303  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 290 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 290 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 290 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 290 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4969  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.82121  normal  0.0998667 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3246  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 300 aa  195  7e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769279  normal  0.647025 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2489  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 		 293 aa  192  9e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161733  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1451  transcriptional regulator, LysR family  40.85 
 
 		 319 aa  185  8e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1370  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.260069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4331  LysR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 291 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.279 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1034  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.621257  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1393  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 291 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4419  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 291 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4472  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 292 aa  166  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5085  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4560  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724855  normal  0.355446 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6807  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.19 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1082  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5194  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5665  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4571  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 313 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0360104 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1648  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 313 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.470228  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0274  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 333 aa  153  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0183  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 333 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.36 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.7 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.36 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.69 
 
 		 303 aa  146  3e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.79 
 
 		 293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 304 aa  146  5e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.13 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.65 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1967  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 285 aa  145  8.000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 312 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.4 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.98 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.42 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 315 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.42 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.42 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.42 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.42 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.94 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.94 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.88 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.88 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.88 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.22 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.21 
 
 		 301 aa  142  9e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.77 
 
 		 303 aa  142  9e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.36 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.36 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.36 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.89 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.69 
 
 		 303 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>