More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2955 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2827  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  97.65 
 
 
340 aa  684    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2977  alcohol dehydrogenase  96.14 
 
 
340 aa  672    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0293336 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2862  alcohol dehydrogenase  97.65 
 
 
340 aa  684    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2955  alcohol dehydrogenase  100 
 
 
340 aa  696    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574608  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2667  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  78.93 
 
 
340 aa  564  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.376694 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3039  alcohol dehydrogenase, zinc-containing protein  77.74 
 
 
340 aa  553  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00916865  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2912  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  75.37 
 
 
340 aa  542  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.823594  normal  0.0176642 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2184  alcohol dehydrogenase  60.95 
 
 
340 aa  432  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.742883  normal  0.0144783 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32420  putative oxidoreductase  58.88 
 
 
339 aa  427  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.366639  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2747  putative oxidoreductase  58.28 
 
 
339 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33840  Zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily  57.57 
 
 
340 aa  389  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.324261  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3890  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  41.84 
 
 
337 aa  281  8.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.171852  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2576  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  34.72 
 
 
329 aa  192  7e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0310656  normal  0.3352 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2454  alcohol dehydrogenase  32.94 
 
 
330 aa  187  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3874  alcohol dehydrogenase  33.43 
 
 
329 aa  185  9e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.163393 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5387  alcohol dehydrogenase  34.03 
 
 
329 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4717  zinc-binding alcohol dehydrogenase  33.43 
 
 
329 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.239954  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3646  alcohol dehydrogenase  33.43 
 
 
329 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.878477 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3210  alcohol dehydrogenase  32.84 
 
 
330 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.805863 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1835  alcohol dehydrogenase  33.53 
 
 
329 aa  181  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.573189  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5850  alcohol dehydrogenase  32.64 
 
 
328 aa  181  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5639  alcohol dehydrogenase  31.75 
 
 
329 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5322  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  32.94 
 
 
329 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1273  putative oxidoreductase  32.84 
 
 
360 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.557272  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0387  quinone oxidoreductase  31.45 
 
 
329 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.665371  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3188  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  31.36 
 
 
332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.770157  normal  0.0417244 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4323  putative oxidoreductase, zinc-containing alcohol dehydrogenase  32.18 
 
 
333 aa  168  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2465  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  31.94 
 
 
329 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.645095 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5990  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  31.53 
 
 
338 aa  162  8.000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01925  quinone oxidoreductase  29.08 
 
 
337 aa  154  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.805779  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2299  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  30.75 
 
 
329 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.830283  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4274  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  31.66 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.822428  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2529  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  30.06 
 
 
322 aa  141  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1171  alcohol dehydrogenase  31.47 
 
 
325 aa  136  6.0000000000000005e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.356223 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2622  zinc-binding alcohol dehydrogenase  30.67 
 
 
323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.945187  normal  0.253878 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0753  zinc-binding alcohol dehydrogenase  27.54 
 
 
329 aa  131  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2101  alcohol dehydrogenase  32.33 
 
 
353 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.692182 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0197  Beta-ketoacyl synthase  28.44 
 
 
2500 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2042  quinone oxidoreductase  30.38 
 
 
327 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.282793  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1065  quinone oxidoreductase  30.38 
 
 
327 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1439  quinone oxidoreductase  30.38 
 
 
327 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.845456  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1350  quinone oxidoreductase  30.38 
 
 
327 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2332  quinone oxidoreductase  30.38 
 
 
327 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3099  putative quinone oxidoreductase  30.38 
 
 
327 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5834  quinone oxidoreductase (NADPH  30.7 
 
 
324 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487323  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3336  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  28.45 
 
 
331 aa  124  3e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5659  alcohol dehydrogenase  30.9 
 
 
329 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.591767 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1484  alcohol dehydrogenase  28.87 
 
 
322 aa  124  3e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4645  alcohol dehydrogenase  30.9 
 
 
329 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3723  zinc-binding alcohol dehydrogenase  30.9 
 
 
329 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.250647  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3217  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  28.78 
 
 
326 aa  123  4e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1807  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  30.24 
 
 
324 aa  123  6e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3359  Acyl transferase  31.4 
 
 
2220 aa  123  6e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2709  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain-containing protein  27.65 
 
 
327 aa  122  6e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23320  Zn-dependent oxidoreductase, NADPH:quinone reductase  30.96 
 
 
322 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.115564  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0930  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  28.74 
 
 
324 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6167  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  30.18 
 
 
323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.224463  normal  0.398183 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1170  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  29.25 
 
 
331 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.636549 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1156  quinone oxidoreductase  28.82 
 
 
389 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0858  zinc-binding alcohol dehydrogenase  31.5 
 
 
332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3745  alcohol dehydrogenase  30.32 
 
 
329 aa  119  7.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00017214 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3010  zinc-binding alcohol dehydrogenase  28.66 
 
 
322 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7175  alcohol dehydrogenase  31.4 
 
 
327 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2472  alcohol dehydrogenase  30.88 
 
 
325 aa  118  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.439289  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2985  alcohol dehydrogenase  29.97 
 
 
323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2810  alcohol dehydrogenase  28.53 
 
 
325 aa  117  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1341  putative type I polyketide synthase WcbR  30.45 
 
 
2543 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2075  alcohol dehydrogenase  28.57 
 
 
322 aa  117  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1703  alcohol dehydrogenase  30.79 
 
 
330 aa  116  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000163624 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0139  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  29.41 
 
 
324 aa  117  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.85612  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2398  zinc-binding alcohol dehydrogenase  29.39 
 
 
335 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.860037  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2677  alcohol dehydrogenase  28.15 
 
 
326 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4330  polyketide synthetase protein  26.97 
 
 
2523 aa  116  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0197  zinc-binding alcohol dehydrogenase  30.18 
 
 
327 aa  116  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2820  alcohol dehydrogenase  28.15 
 
 
326 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.516166 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2184  NADPH:quinone reductase, zeta-crystallin homolog oxidoreductase protein  32.81 
 
 
324 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.200214  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0553  alcohol dehydrogenase  29.88 
 
 
325 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0307226  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0180  alcohol dehydrogenase  28.19 
 
 
329 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.089146  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2503  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  28.11 
 
 
327 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.731792  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2827  alcohol dehydrogenase  29.94 
 
 
339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.582411  normal  0.0605973 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0548  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  29.46 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.967786 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2228  putative quinone oxidoreductase  31.25 
 
 
322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.806393  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0281  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  30.06 
 
 
320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0942  zinc-binding alcohol dehydrogenase  29.59 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0332655  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2630  alcohol dehydrogenase  27.92 
 
 
339 aa  114  3e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.380756  normal  0.317622 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0568  quinone oxidoreductase putative PIG3  29.32 
 
 
333 aa  114  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.693956 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0088  alcohol dehydrogenase  28.78 
 
 
325 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.654811 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0313  alcohol dehydrogenase  29.48 
 
 
326 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3109  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  28.06 
 
 
322 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.750258  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2148  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  28.74 
 
 
326 aa  113  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1981  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  27.46 
 
 
326 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.642936 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0072  quinone oxidoreductase  32.93 
 
 
325 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.899686  hitchhiker  0.0000690857 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3235  type I polyketide synthase WcbR  29.78 
 
 
2546 aa  112  9e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.606406  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0419  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain-containing protein  29.34 
 
 
320 aa  112  9e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0538396  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1260  alcohol dehydrogenase  29.33 
 
 
334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.105782 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0539  type I polyketide synthase WcbR  29.78 
 
 
2546 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2797  zinc-binding alcohol dehydrogenase  29.08 
 
 
317 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0771012  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0088  alcohol dehydrogenase  32.93 
 
 
325 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000155478 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2166  type I polyketide synthase WcbR  29.78 
 
 
2546 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1484  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  28.96 
 
 
342 aa  111  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.269368 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>