99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_R0015 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0013  tRNA-Ser  97.75 
 
 		 90 bp  161  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.694217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0034  tRNA-Ser  93.26 
 
 		 90 bp  129  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.152108  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0020  tRNA-Ser  92.13 
 
 		 90 bp  121  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  87.64 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0059  tRNA-Ser  87.64 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.98639 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0033  tRNA-Ser  87.64 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341382  normal  0.773631 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  87.64 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  87.64 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  86.52 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.580647  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.896039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.369834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0091  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000323323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  83.15 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  83.95 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0050  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0056  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.506019  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0032  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000241794  hitchhiker  0.000000080319 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0033  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000323834  hitchhiker  0.00000000664377 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0038  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0042  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000190684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0044  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.11052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0042  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0034  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000648564  hitchhiker  0.0000599111 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04530  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.303031  normal  0.07409 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0029  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  82.22 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0022  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000743808  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  82.02 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  82.02 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  82.02 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  82.02 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  82.02 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0075389 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.412273 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  82.02 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  82.02 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0008  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA47  tRNA-Ser  90 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.276282 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t09173  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.694457  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t40  tRNA-Ser  90 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0822  tRNA-Ser  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30420  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0034  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.248772  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0040  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.66072  hitchhiker  0.00010969 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  91.43 
 
 		 126 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0045  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0044  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.454359  normal  0.450062 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0070  tRNA-Ser  84.75 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0007  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4306  tRNA-Ser  84.75 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0095  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.743762  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0065  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211097  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.0000142144  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer03  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000286931  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 83 bp  44.1  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.32167  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233684  normal  0.0829519 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 83 bp  44.1  0.006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  82.43 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t16  tRNA-Ser  100 
 
 		 83 bp  44.1  0.006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>