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for query gene Pnap_0269 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1761  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  79.36 
 
 
411 aa  652    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1220  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  77.21 
 
 
412 aa  642    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0389  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  88.97 
 
 
409 aa  733    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0269  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  100 
 
 
408 aa  806    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1896  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  85.93 
 
 
410 aa  703    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.101918 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5334  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  75.31 
 
 
410 aa  623  1e-177  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3344  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  75.31 
 
 
411 aa  583  1.0000000000000001e-165  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0616341 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2692  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  75.06 
 
 
411 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0511  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  68.7 
 
 
409 aa  530  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0138311 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0451  putative MFS transporter  70.74 
 
 
353 aa  511  1e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.892159 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0049  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  45.83 
 
 
400 aa  334  1e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.414965 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2999  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  45.6 
 
 
408 aa  309  5e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.827266  normal  0.0320436 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4576  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.55 
 
 
400 aa  294  2e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.857973  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0598  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  45.95 
 
 
402 aa  280  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0777  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.42 
 
 
418 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0976  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  44.95 
 
 
426 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4448  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.85 
 
 
424 aa  275  8e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2800  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  42.32 
 
 
411 aa  271  1e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1677  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  43.39 
 
 
401 aa  268  1e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.701434 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1038  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  44.68 
 
 
412 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.614321  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1035  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  44.68 
 
 
412 aa  265  2e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01910  arabinose efflux permease family protein  40.19 
 
 
435 aa  230  3e-59  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0527  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  38.48 
 
 
419 aa  220  3.9999999999999997e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2360  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  40.67 
 
 
404 aa  209  9e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.470045  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1491  bicyclomycin/multidrug efflux system  35 
 
 
399 aa  196  7e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.646257  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2717  bicyclomycin/multidrug efflux system  36.68 
 
 
399 aa  195  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0392308  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2792  bicyclomycin/multidrug efflux system  36.68 
 
 
401 aa  195  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2437  bicyclomycin/multidrug efflux system  36.28 
 
 
393 aa  194  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1911  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.93 
 
 
396 aa  191  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.41 
 
 
405 aa  189  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2351  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.99 
 
 
398 aa  186  8e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3251  bicyclomycin/multidrug efflux system  33.62 
 
 
402 aa  183  5.0000000000000004e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02654  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.13 
 
 
400 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  34.93 
 
 
402 aa  177  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003780  permease  34.84 
 
 
400 aa  176  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.142338  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3320  bicyclomycin/multidrug efflux system  36.12 
 
 
396 aa  176  6e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0589131  normal  0.334809 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2331  bicyclomycin/multidrug efflux system  36.12 
 
 
396 aa  176  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.369879  normal  0.0197956 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.73 
 
 
401 aa  176  7e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1640  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.31 
 
 
396 aa  176  7e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1796  bicyclomycin/multidrug efflux system  34.74 
 
 
395 aa  176  9.999999999999999e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.174211  normal  0.0404664 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2375  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.22 
 
 
394 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.525477 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  34.85 
 
 
414 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02071  hypothetical protein  35.82 
 
 
396 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0947796  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02112  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.82 
 
 
396 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0940614  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1475  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.82 
 
 
396 aa  171  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122457  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1465  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.82 
 
 
396 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0013409  normal  0.810342 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2480  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.82 
 
 
396 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.138563  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2320  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.82 
 
 
396 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.266963  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.76 
 
 
392 aa  172  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1975  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.87 
 
 
394 aa  171  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2458  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.52 
 
 
396 aa  170  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000150098 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2370  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.52 
 
 
396 aa  170  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00149864  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2572  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.52 
 
 
396 aa  170  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348003 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2461  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.52 
 
 
396 aa  170  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.334321  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2415  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.52 
 
 
396 aa  170  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0436595  normal  0.152549 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.51 
 
 
405 aa  169  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1102  major facilitator superfamily permease  32.53 
 
 
420 aa  167  2e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.441898  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.73 
 
 
405 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.88 
 
 
434 aa  168  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.99 
 
 
405 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2172  drug transport transmembrane protein  32.73 
 
 
407 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.309598  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3081  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.6 
 
 
409 aa  164  3e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13380  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.42 
 
 
424 aa  164  4.0000000000000004e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.223533  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.39 
 
 
458 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1546  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.48 
 
 
411 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0843  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.3 
 
 
424 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.47 
 
 
405 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.47 
 
 
405 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1240  bicyclomycin/multidrug efflux system  33.8 
 
 
401 aa  162  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000341384  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0772  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.87 
 
 
400 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2139  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.87 
 
 
400 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.935322  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3061  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.87 
 
 
411 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.195129  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.87 
 
 
400 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.365941  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.87 
 
 
411 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2605  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.87 
 
 
400 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3892  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  36.33 
 
 
412 aa  160  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0543814  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3096  major facilitator transporter  34.48 
 
 
411 aa  160  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2778  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.21 
 
 
398 aa  159  6e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.276165  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5745  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.59 
 
 
417 aa  159  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32370  Drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily protein  31.49 
 
 
426 aa  158  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2852  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.53 
 
 
409 aa  157  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0898  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  35.71 
 
 
416 aa  158  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0383  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.2 
 
 
419 aa  157  3e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0372929 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.33 
 
 
401 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0389  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.81 
 
 
404 aa  157  5.0000000000000005e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000107544  unclonable  0.00000000056227 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0264  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.57 
 
 
411 aa  155  8e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0349  major facilitator superfamily multi-drug efflux pump  30 
 
 
419 aa  156  8e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.98 
 
 
414 aa  155  8e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  33.33 
 
 
426 aa  155  8e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1854  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.49 
 
 
412 aa  155  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.888494  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0589  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  32.65 
 
 
393 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0634  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.65 
 
 
393 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000940614 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0628  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.65 
 
 
393 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00837231  normal  0.960264 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1045  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.97 
 
 
461 aa  153  4e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_013730  Slin_4137  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.6 
 
 
409 aa  154  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0321092  normal  0.661568 
 
 
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NC_007498  Pcar_2625  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.71 
 
 
403 aa  153  5e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013162  Coch_0558  bicyclomycin/multidrug efflux system  28.68 
 
 
403 aa  153  5.9999999999999996e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_012858  Rleg_7148  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.73 
 
 
399 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008825  Mpe_A3595  putative membrane transport protein  30.23 
 
 
404 aa  152  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_010501  PputW619_4575  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.09 
 
 
393 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0180506  normal  0.0143089 
 
 
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