53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3720 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3720  hypothetical protein  100 
 
 
540 aa  1073    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1165  hypothetical protein  69.6 
 
 
531 aa  697    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.492264  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12860  hypothetical protein  68.45 
 
 
531 aa  689    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.742525 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2350  hypothetical protein  42.01 
 
 
533 aa  390  1e-107  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119506 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2171  hypothetical protein  44.86 
 
 
547 aa  353  5e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696054  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0146  hypothetical protein  42.29 
 
 
556 aa  352  1e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.233886  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1503  nitroreductase, putative  44.24 
 
 
538 aa  350  6e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.805346  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1221  hypothetical protein  44.24 
 
 
551 aa  349  7e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000102036 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1772  nitroreductase  44.89 
 
 
536 aa  348  1e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4422  hypothetical protein  42.46 
 
 
532 aa  347  3e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3274  hypothetical protein  40.94 
 
 
546 aa  346  6e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0470  rhodanese domain-containing protein  40.67 
 
 
656 aa  329  8e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.468272  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2349  hypothetical protein  41.38 
 
 
564 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0222  hypothetical protein  40.9 
 
 
529 aa  301  3e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.71374  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1422  hypothetical protein  40.64 
 
 
558 aa  271  2e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.532453 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48680  mcbC-like_oxidoreductase  40.94 
 
 
559 aa  266  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3308  hypothetical protein  43.6 
 
 
602 aa  210  4e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0405208 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2154  hypothetical protein  25.99 
 
 
510 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.569069 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1730  SagB-type dehydrogenase domain-containing protein  24.91 
 
 
509 aa  113  1.0000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.871344  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0254  nitroreductase  26.06 
 
 
510 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.68058 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4227  nitroreductase  26.15 
 
 
508 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0248141  normal  0.115527 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3382  nitroreductase  25.51 
 
 
503 aa  109  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4188  nitroreductase  26.15 
 
 
508 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3945  hypothetical protein  24.25 
 
 
428 aa  104  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0479721 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2100  hypothetical protein  23.12 
 
 
431 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000120456 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4337  hypothetical protein  23.84 
 
 
523 aa  102  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.519761  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2124  hypothetical protein  26.81 
 
 
518 aa  97.8  5e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.754194  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3630  SagB-type dehydrogenase domain protein  23.16 
 
 
530 aa  66.2  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2755  nitroreductase  32.12 
 
 
248 aa  62.8  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3715  nitroreductase  32.57 
 
 
214 aa  59.7  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4625  nitroreductase  29.66 
 
 
382 aa  59.3  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.01308 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2630  nitroreductase family protein  28.02 
 
 
257 aa  57.4  0.0000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00137993  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0355  nitroreductase  30.3 
 
 
253 aa  55.5  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0765561  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0441  nitroreductase  28.4 
 
 
246 aa  55.8  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0283265  normal  0.303699 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0678  nitroreductase  35.71 
 
 
242 aa  54.7  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4195  nitroreductase  31.36 
 
 
259 aa  54.3  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3018  hypothetical protein  29.85 
 
 
252 aa  52.4  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.35104  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1158  nitroreductase  27.44 
 
 
251 aa  52.4  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.289838  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0780  SagB-type dehydrogenase domain protein  30.88 
 
 
244 aa  51.6  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1688  nitroreductase  29.73 
 
 
249 aa  51.6  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.408494  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0581  SagB-type dehydrogenase domain protein  36.63 
 
 
391 aa  49.7  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00313283  unclonable  0.00000422679 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0200  nitroreductase  26.71 
 
 
259 aa  49.7  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0343927  normal  0.0613797 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0893  nitroreductase  23.75 
 
 
236 aa  48.5  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.000576269  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5837  hypothetical protein  26.25 
 
 
502 aa  48.5  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.532106  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0193  hypothetical protein  32.14 
 
 
392 aa  47.8  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0819  hypothetical protein  30.6 
 
 
252 aa  47  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3966  hypothetical protein  24.81 
 
 
491 aa  47  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0958  hypothetical protein  25.23 
 
 
246 aa  47  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.146916  normal  0.402436 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0543  hypothetical protein  27.98 
 
 
254 aa  45.8  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2434  hypothetical protein  29.18 
 
 
538 aa  45.8  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.210466  normal  0.759379 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1749  nitroreductase  23.67 
 
 
251 aa  45.1  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.774092  normal  0.0798457 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0243  hypothetical protein  27.39 
 
 
255 aa  44.3  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2599  nitroreductase  31.87 
 
 
225 aa  43.9  0.007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.0000000444768  hitchhiker  0.00002147 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>