More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2420 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_2420  dipeptide ABC transport system inner membrane binding component DppC  100 
 
 
288 aa  575  1.0000000000000001e-163  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000767733 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.22 
 
 
303 aa  345  4e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4051  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.14 
 
 
306 aa  340  1e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.722195  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  57.91 
 
 
298 aa  337  9.999999999999999e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.19 
 
 
294 aa  329  3e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.249945  normal  0.298261 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2115  peptide ABC transporter membrane protein  52.11 
 
 
286 aa  302  4.0000000000000003e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
305 aa  221  9.999999999999999e-57  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  41.47 
 
 
301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  41.3 
 
 
295 aa  218  7e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
299 aa  217  1e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.45 
 
 
295 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.11 
 
 
294 aa  215  5.9999999999999996e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5291  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  43.8 
 
 
282 aa  213  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.93 
 
 
287 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  39.19 
 
 
867 aa  212  5.999999999999999e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.57 
 
 
307 aa  211  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  40.07 
 
 
282 aa  210  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.72 
 
 
304 aa  210  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
307 aa  209  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
309 aa  209  4e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  38.14 
 
 
300 aa  209  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
300 aa  209  4e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
299 aa  209  5e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.68 
 
 
300 aa  209  6e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.68 
 
 
300 aa  209  6e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
296 aa  209  6e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.7 
 
 
277 aa  208  8e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
303 aa  208  9e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
299 aa  208  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.81 
 
 
299 aa  207  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.56 
 
 
310 aa  207  1e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  40.43 
 
 
300 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.43 
 
 
359 aa  207  2e-52  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
303 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
304 aa  206  3e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.58 
 
 
300 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  40 
 
 
297 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
298 aa  206  5e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
300 aa  206  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
301 aa  206  5e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
297 aa  206  5e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.63 
 
 
294 aa  206  5e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.34 
 
 
298 aa  205  6e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
300 aa  205  7e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
297 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
297 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.34 
 
 
298 aa  205  9e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  40.73 
 
 
299 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
297 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.34 
 
 
298 aa  204  1e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  39.34 
 
 
298 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40 
 
 
303 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  39.34 
 
 
298 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.34 
 
 
298 aa  204  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.56 
 
 
300 aa  204  2e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  36.75 
 
 
304 aa  203  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.69 
 
 
283 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.843996 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.05 
 
 
297 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.97 
 
 
298 aa  203  3e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.7 
 
 
300 aa  202  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  39.29 
 
 
303 aa  202  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.69 
 
 
297 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
302 aa  202  5e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.54 
 
 
293 aa  202  5e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
304 aa  202  6e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
299 aa  202  6e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.13 
 
 
469 aa  201  9.999999999999999e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 
296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.143013 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.04 
 
 
303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.77 
 
 
313 aa  200  3e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.65 
 
 
308 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.33 
 
 
319 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  38.69 
 
 
301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.73 
 
 
301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.94 
 
 
325 aa  199  5e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
293 aa  199  5e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.71 
 
 
296 aa  198  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
300 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
287 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.15 
 
 
300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.45 
 
 
310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  38.55 
 
 
302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.395378  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.83 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1748  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.34 
 
 
294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.161109  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  38.55 
 
 
302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  38.55 
 
 
302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
287 aa  196  3e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.55 
 
 
302 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  36.52 
 
 
303 aa  196  3e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.02 
 
 
301 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
292 aa  196  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.29 
 
 
359 aa  196  3e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.55 
 
 
302 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>