23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3304 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3304  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  100 
 
 		 189 aa  392  1e-108  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.45944 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1275  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.15 
 
 		 194 aa  162  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.457137  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2931  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.49 
 
 		 188 aa  80.9  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.578352  normal  0.0375651 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1208  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.06 
 
 		 195 aa  79.3  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1935  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.02 
 
 		 191 aa  74.7  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2053  RNA polymerase ECF-type sigma factor  28.49 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1499  hypothetical protein  33.33 
 
 		 324 aa  67  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0780  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  28.99 
 
 		 192 aa  65.1  0.0000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.160939 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2964  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.39 
 
 		 195 aa  62  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0824  RNA polymerase specialized sigma subunit  23.17 
 
 		 192 aa  61.6  0.000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1160  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  25.44 
 
 		 191 aa  56.6  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.647303 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2046  RNA polymerase specialized sigma subunit  25.9 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.53065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0953  RNA polymerase, sigma-E factor; heat shock and oxidative stress  24.36 
 
 		 179 aa  53.9  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0370429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.29 
 
 		 202 aa  52.8  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00206828  hitchhiker  0.00000031369 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5489  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.3 
 
 		 189 aa  48.5  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.749845 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.93 
 
 		 191 aa  45.4  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3576  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  20.45 
 
 		 213 aa  45.4  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0708  RNA polymerase sigma-70 factor  23.33 
 
 		 208 aa  44.3  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.236556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0599  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.34 
 
 		 190 aa  43.9  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3255  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.6 
 
 		 183 aa  43.9  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9374  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.37 
 
 		 201 aa  43.1  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.666826 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0948  RNA polymerase sigma-70 factor  24.53 
 
 		 189 aa  41.2  0.01  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.799329  normal  0.119543 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.41 
 
 		 203 aa  41.2  0.01  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>