80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0306 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0306  hypothetical protein  100 
 
 		 53 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000425505  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  88 
 
 		 89 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  81.13 
 
 		 94 aa  89  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  78.43 
 
 		 94 aa  86.3  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  75.47 
 
 		 95 aa  84  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  69.39 
 
 		 130 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  68.75 
 
 		 201 aa  73.6  0.0000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  64 
 
 		 95 aa  70.1  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  56 
 
 		 103 aa  68.6  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  58.49 
 
 		 103 aa  68.2  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  58 
 
 		 102 aa  68.6  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 103 aa  67.8  0.00000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  57.14 
 
 		 103 aa  65.5  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  55.77 
 
 		 102 aa  64.3  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  60 
 
 		 96 aa  62  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  56.82 
 
 		 96 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  55.81 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  55.81 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  55.81 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  55.81 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  55.81 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  49.02 
 
 		 96 aa  52.4  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  55.32 
 
 		 104 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 97 aa  52.8  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  46.94 
 
 		 102 aa  52  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  50 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 95 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 98 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  52.27 
 
 		 95 aa  50.8  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 94 aa  50.8  0.000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  47.92 
 
 		 127 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  40.43 
 
 		 102 aa  48.9  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  46.81 
 
 		 104 aa  48.9  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  46.81 
 
 		 104 aa  49.3  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  46.81 
 
 		 104 aa  49.3  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  57.5 
 
 		 100 aa  48.9  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 99 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  42.55 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  42.55 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  44.23 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 95 aa  45.8  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  42.55 
 
 		 96 aa  45.8  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  44.68 
 
 		 96 aa  45.4  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  45.65 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  47.5 
 
 		 101 aa  44.7  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 99 aa  44.7  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  45.65 
 
 		 147 aa  45.1  0.0004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  38 
 
 		 94 aa  44.3  0.0006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  41.86 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  41.86 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 121 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  38 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1487  helix-turn-helix domain-containing protein  42.55 
 
 		 111 aa  43.5  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1765  transcriptional regulator, XRE family  42.55 
 
 		 111 aa  43.5  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal  0.204595 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  46.51 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  42.5 
 
 		 113 aa  42.4  0.002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  42.5 
 
 		 114 aa  42.4  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  40.43 
 
 		 97 aa  42.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 98 aa  42.4  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  46.34 
 
 		 101 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  47.22 
 
 		 100 aa  41.6  0.003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  39.58 
 
 		 94 aa  42  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  39.53 
 
 		 107 aa  41.6  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  42.22 
 
 		 131 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  39.53 
 
 		 107 aa  41.6  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  39.53 
 
 		 107 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0182  putative transcriptional regulator  42.22 
 
 		 95 aa  41.2  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  39.53 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1993  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 95 aa  40.4  0.007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.964358 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 121 aa  40.8  0.007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  42.55 
 
 		 94 aa  40.4  0.008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  42.55 
 
 		 94 aa  40.4  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 130 aa  40.4  0.008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7348  transcriptional regulator, XRE family  37.78 
 
 		 120 aa  40.4  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159778  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0068  hypothetical protein  40 
 
 		 95 aa  40.4  0.009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 133 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 96 aa  40  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>