More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4286 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4286  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  638    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.255291  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 307 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 309 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3023  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3454  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 418 aa  146  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.321587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 309 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 317 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 313 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1171  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 325 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  29.59 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2369  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 308 aa  135  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4264  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.46776 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.72 
 
 		 301 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 308 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3467  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.39067 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3404  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2639  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 314 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3374  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798334 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2653  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 282 aa  116  5e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2609  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 282 aa  116  5e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.424876  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1043  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.805531  normal  0.622996 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0144  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 296 aa  112  8.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287831 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0682  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.670623 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1946  transcriptional regulator CysB-like protein  31.84 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.226921  normal  0.0811949 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3466  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 306 aa  102  8e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 307 aa  99  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2428  transcriptional regulator CysB  30.17 
 
 		 323 aa  98.6  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1865  transcriptional regulator CysB-like protein  28.93 
 
 		 313 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2481  transcriptional regulator CysB-like protein  28.93 
 
 		 313 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2476  transcriptional regulator CysB-like protein  28.93 
 
 		 313 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14516  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2818  transcriptional regulator CysB-like protein  27.8 
 
 		 313 aa  97.1  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2393  transcriptional regulator CysB-like protein  28.93 
 
 		 313 aa  97.1  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2525  transcriptional regulator CysB-like protein  28.93 
 
 		 313 aa  97.1  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0341  transcriptional regulator CysB  29.58 
 
 		 333 aa  96.7  5e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.136754  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5807  transcriptional regulator CysB-like protein  28.51 
 
 		 313 aa  96.3  7e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2195  transcriptional regulator CysB  29.12 
 
 		 324 aa  95.9  8e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000422628 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 320 aa  95.5  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 339 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 304 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 304 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 304 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1902  transcriptional regulator CysB  29.12 
 
 		 324 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.834508  hitchhiker  4.2824e-16 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1434  transcriptional regulator CysB  29.12 
 
 		 324 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237388  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1844  transcriptional regulator CysB  29.12 
 
 		 324 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00679598 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 304 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1615  transcriptional regulator CysB  29.12 
 
 		 324 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000907367 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0620  transcriptional regulator CysB-like protein  27.8 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0418657  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 304 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 307 aa  95.5  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  27.99 
 
 		 339 aa  95.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1697  transcriptional regulator CysB  30.17 
 
 		 326 aa  95.5  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.828749 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01251  DNA-binding transcriptional dual regulator, O-acetyl-L-serine-binding  28.35 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1907  transcriptional regulator CysB  28.35 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524894  hitchhiker  2.34231e-17 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  28.35 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  28.35 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  0.000000022716 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01261  hypothetical protein  28.35 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  28.35 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  28.35 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1856  transcriptional regulator CysB  28.35 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.314733  hitchhiker  2.57931e-19 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0818  transcriptional regulator CysB-like protein  28.51 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1501  transcriptional regulator CysB  28.35 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.7918  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0301  transcriptional regulator CysB  27.97 
 
 		 324 aa  94  3e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 307 aa  93.6  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 307 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 307 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1840  transcriptional regulator CysB  28.35 
 
 		 324 aa  93.2  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000484032 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 307 aa  92.8  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 305 aa  92.8  7e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0847  transcriptional regulator, LysR family  29.44 
 
 		 320 aa  92.4  8e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.960379 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0699  sulfur assimilation transcriptional regulator, LysR family  29.44 
 
 		 320 aa  92.4  8e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.735105  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2236  transcriptional regulator CysB-like protein  27.87 
 
 		 313 aa  92.4  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 302 aa  92.4  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  31.41 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1049  regulatory protein, LysR  28.73 
 
 		 340 aa  92  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.97331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1721  transcriptional regulator CysB-like protein  29.21 
 
 		 313 aa  92  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2698  transcriptional regulator CysB-like protein  26.56 
 
 		 313 aa  91.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2726  transcriptional regulator CysB-like protein  27 
 
 		 313 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.634553  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1032  regulatory protein, LysR  28.73 
 
 		 340 aa  92  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.205894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1917  transcriptional regulator CysB-like protein  28.84 
 
 		 313 aa  90.9  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.832664  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 314 aa  91.3  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 293 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>