More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1078 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1078  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 322 aa  652    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3231  extracellular solute-binding protein family 1  45.14 
 
 		 325 aa  281  1e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416701  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0544  extracellular solute-binding protein  47.66 
 
 		 322 aa  278  8e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0120  extracellular solute-binding protein  45.6 
 
 		 340 aa  274  1.0000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1463  extracellular solute-binding protein  44.9 
 
 		 326 aa  267  2e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.512158  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  42.67 
 
 		 338 aa  256  4e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1948  extracellular solute-binding protein  47 
 
 		 326 aa  250  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113804  normal  0.383853 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2736  extracellular solute-binding protein family 1  45.33 
 
 		 325 aa  240  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.288744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2481  extracellular solute-binding protein family 1  45 
 
 		 330 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.37214  normal  0.635435 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1586  extracellular solute-binding protein family 1  30.5 
 
 		 333 aa  143  4e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4877  extracellular solute-binding protein  30.96 
 
 		 340 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  0.38801 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1201  extracellular solute-binding protein family 1  29.5 
 
 		 320 aa  124  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.941139  normal  0.523727 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4473  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  28.96 
 
 		 341 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.144148 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4607  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  28.96 
 
 		 341 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.980284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5525  extracellular solute-binding protein  30.03 
 
 		 340 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.655164  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1554  extracellular solute-binding protein  28.52 
 
 		 354 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.202841  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2070  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 		 322 aa  110  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5367  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5008  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 341 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0330  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  28.81 
 
 		 341 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.631264 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5135  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.38 
 
 		 341 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.659918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5188  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  28.48 
 
 		 341 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.491174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1282  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  26.71 
 
 		 347 aa  102  8e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5874  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 341 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0041  extracellular solute-binding protein family 1  30.21 
 
 		 336 aa  102  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1221  extracellular solute-binding protein family 1  28.75 
 
 		 326 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.141693  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4658  extracellular solute-binding protein  31.8 
 
 		 440 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1753  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.37 
 
 		 341 aa  100  4e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  25.67 
 
 		 341 aa  99.8  6e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0970  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 340 aa  99.8  6e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000273849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3590  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.67 
 
 		 341 aa  99.8  6e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1563  ABC transporter, substrate-binding protein  25.07 
 
 		 341 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  29.89 
 
 		 351 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.07 
 
 		 341 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  29.54 
 
 		 351 aa  97.1  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  25.07 
 
 		 341 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2899  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 		 345 aa  95.1  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00994055 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  27.17 
 
 		 351 aa  94.4  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5871  extracellular solute-binding protein family 1  29.64 
 
 		 342 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0432658  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1611  ABC transporter substrate-binding protein  25.67 
 
 		 341 aa  92.8  8e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.791321  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1572  ABC transporter, substrate-binding protein  25.67 
 
 		 341 aa  92.4  8e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1735  ABC transporter substrate-binding protein  25.67 
 
 		 341 aa  92.8  8e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.313912  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2476  ABC-type iron(III)-binding periplasmic protein precursor  28.77 
 
 		 364 aa  92.8  8e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000339151  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2746  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.17 
 
 		 335 aa  90.9  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.553799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04877  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  25.93 
 
 		 336 aa  90.5  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1786  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.37 
 
 		 341 aa  90.1  5e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52130  periplasmic binding protein  31.35 
 
 		 388 aa  89.7  6e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4694  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 349 aa  89.7  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2479  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.62 
 
 		 347 aa  89.4  9e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3891  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 		 327 aa  89  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.46 
 
 		 339 aa  88.2  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.001131  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4801  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 442 aa  88.6  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.433474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000766  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.25 
 
 		 336 aa  87.4  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0333  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 		 344 aa  87.4  3e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.853179  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1570  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 		 350 aa  87  4e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.840173  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1107  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 		 343 aa  86.7  5e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.695758  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0924  extracellular solute-binding protein family 1  26.58 
 
 		 334 aa  86.3  7e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3171  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 		 382 aa  85.9  8e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  29.12 
 
 		 343 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2294  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 381 aa  85.1  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2833  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21350  ABC-type Fe3+ transport system, substrate binding component  23.15 
 
 		 349 aa  83.2  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180664  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1374  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.74 
 
 		 358 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  28.61 
 
 		 343 aa  82.8  0.000000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0811  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 		 351 aa  82.8  0.000000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2485  extracellular solute-binding protein family 1  26.88 
 
 		 343 aa  81.3  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.390798  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3970  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.41 
 
 		 358 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1048  extracellular solute-binding protein  24.52 
 
 		 356 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1476  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.58 
 
 		 358 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1436  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  24.58 
 
 		 346 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1235  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  24.58 
 
 		 358 aa  79  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1212  iron ABC transporter solute-binding protein  24.58 
 
 		 358 aa  79  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1214  iron ABC transporter solute-binding protein  24.58 
 
 		 358 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1337  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  24.58 
 
 		 358 aa  79  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1411  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.58 
 
 		 358 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1237  extracellular metal-binding protein  25.82 
 
 		 358 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0625  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  26.51 
 
 		 344 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3495  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 375 aa  75.5  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0500866  normal  0.246878 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  28.72 
 
 		 343 aa  74.3  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1945  iron ABC transporter, iron-binding protein  22.92 
 
 		 345 aa  74.7  0.000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  26.88 
 
 		 342 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0923  extracellular solute-binding protein family 1  25.95 
 
 		 347 aa  74.3  0.000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1366  extracellular solute-binding protein family 1  27.7 
 
 		 344 aa  73.9  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1762  extracellular solute-binding protein family 1  33.33 
 
 		 340 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.66245  normal  0.133818 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 342 aa  73.6  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6060  extracellular solute-binding protein family 1  31.55 
 
 		 340 aa  73.2  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  27.9 
 
 		 341 aa  72.8  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2968  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 		 445 aa  72.8  0.000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.812096 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0643  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  24.38 
 
 		 346 aa  70.9  0.00000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121089  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04090  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  25.25 
 
 		 367 aa  70.1  0.00000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.510256 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.35 
 
 		 341 aa  69.7  0.00000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.35 
 
 		 341 aa  69.3  0.00000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6021  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 347 aa  69.3  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2917  extracellular solute-binding protein family 1  24.14 
 
 		 339 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1363  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 340 aa  68.2  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.634696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1772  extracellular solute-binding protein family 1  25.4 
 
 		 344 aa  67.4  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.320595  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1588  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 		 368 aa  67  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  27.83 
 
 		 344 aa  66.6  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4453  extracellular solute-binding protein  25.67 
 
 		 356 aa  66.2  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0652  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.15 
 
 		 353 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>