48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4998 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4998  lipopolysaccharide biosynthesis protein, putative  100 
 
 		 253 aa  516  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0525  lipopolysaccharide kinase  90.87 
 
 		 259 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0470  lipopolysaccharide kinase  69.64 
 
 		 250 aa  355  5e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.375351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4857  lipopolysaccharide kinase  68.42 
 
 		 250 aa  346  2e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.616277 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0346  lipopolysaccharide kinase  68.83 
 
 		 250 aa  345  6e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0371  lipopolysaccharide kinase  68.83 
 
 		 250 aa  345  6e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0374  lipopolysaccharide kinase  68.42 
 
 		 250 aa  344  8.999999999999999e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.616716 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0584  lipopolysaccharide kinase  63.56 
 
 		 247 aa  318  6e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.12664 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66200  hypothetical protein  61.18 
 
 		 252 aa  298  7e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5742  hypothetical protein  60.34 
 
 		 252 aa  292  3e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0904  lipopolysaccharide kinase  37.27 
 
 		 233 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4483  lipopolysaccharide kinase  36.7 
 
 		 232 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.233298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0972  lipopolysaccharide kinase  39.73 
 
 		 232 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0797238 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0943  lipopolysaccharide kinase  36.82 
 
 		 232 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4949  lipopolysaccharide kinase InaA  37.81 
 
 		 234 aa  112  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56920  InaA protein  37.31 
 
 		 234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4067  lipopolysaccharide kinase  35.56 
 
 		 240 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.424153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3371  hypothetical protein  31.16 
 
 		 216 aa  108  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17770  Lipopolysaccharide kinase  34.86 
 
 		 232 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1414  hypothetical protein  31.44 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.886745  normal  0.188189 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2377  hypothetical protein  31.44 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2534  hypothetical protein  31.44 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1422  lipopolysaccharide kinase  31.44 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.814711  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2388  hypothetical protein  31.16 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02122  hypothetical protein  31.44 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02163  hypothetical protein  31.44 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4371  inaA protein  35.11 
 
 		 240 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2486  lipopolysaccharide kinase  32.06 
 
 		 229 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000362881  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4495  lipopolysaccharide kinase  33.5 
 
 		 237 aa  99  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163707 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3689  Mn2+-dependent serine/threonine protein kinase  34.25 
 
 		 234 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1364  lipopolysaccharide kinase  34.11 
 
 		 253 aa  90.5  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2479  lipopolysaccharide kinase  32.3 
 
 		 234 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.274981  normal  0.508504 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1265  putative LPS biosynthesis enzyme  31.08 
 
 		 277 aa  65.9  0.0000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66210  hypothetical protein  34.21 
 
 		 244 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5743  hypothetical protein  34.21 
 
 		 244 aa  52  0.000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.744614  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0901  lipopolysaccharide kinase  25.43 
 
 		 268 aa  47.8  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1275  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  26.47 
 
 		 278 aa  44.7  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0583  lipopolysaccharide kinase  29.01 
 
 		 244 aa  44.3  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0886843 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0469  lipopolysaccharide core biosynthesis protein, putative  32.58 
 
 		 244 aa  44.3  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365356  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0345  lipopolysaccharide kinase  31.03 
 
 		 244 aa  43.9  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.199411  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0318  lipopolysaccharide kinase  28.87 
 
 		 287 aa  43.9  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0524  lipopolysaccharide kinase  33.71 
 
 		 244 aa  43.9  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4999  lipopolysaccharide core biosynthesis protein, putative  27.87 
 
 		 244 aa  43.5  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0370  lipopolysaccharide kinase  32.56 
 
 		 244 aa  43.5  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0468  lipopolysaccharide kinase  23.35 
 
 		 268 aa  42.7  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4859  lipopolysaccharide kinase  22.98 
 
 		 268 aa  42.4  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.59895 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3938  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  24.19 
 
 		 265 aa  42.7  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0582  lipopolysaccharide kinase  23.78 
 
 		 265 aa  42.4  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0422457 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>