More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4236 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4236  redoxin domain protein  100 
 
 
278 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1628  redoxin domain-containing protein  99.28 
 
 
278 aa  554  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0881722  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3802  redoxin domain-containing protein  97.48 
 
 
278 aa  540  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3560  redoxin domain-containing protein  89.93 
 
 
278 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3937  thiol:disulfide interchange protein DsbE, putative  60.93 
 
 
290 aa  332  4e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.144233  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32600  thiol:disulfide interchange protein  59.16 
 
 
278 aa  256  3e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.251961  normal  0.0539892 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2761  thiol:disulfide interchange protein  58.78 
 
 
278 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.376077  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3738  redoxin domain-containing protein  55.51 
 
 
268 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1759  hypothetical protein  47.91 
 
 
279 aa  239  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.416831  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3826  redoxin domain-containing protein  46.3 
 
 
279 aa  236  3e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2789  thiol:disulfide interchange protein  46.04 
 
 
269 aa  207  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2252  putative thiol:disulfide interchange protein  44.12 
 
 
271 aa  203  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2395  thioredoxin-like protein  38.32 
 
 
278 aa  189  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000335524  hitchhiker  0.0000244413 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0511  redoxin domain-containing protein  44.53 
 
 
270 aa  181  8.000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.662182 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00100  putative thiol:disulfide interchange protein  35.79 
 
 
277 aa  181  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2593  putative thiol:disulfide interchange protein  45.19 
 
 
276 aa  177  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.357458  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1356  redoxin domain-containing protein  39.75 
 
 
278 aa  176  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.052167  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1703  redoxin domain-containing protein  39.33 
 
 
273 aa  171  1e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2921  Thiol-disulfide isomerase/thioredoxin-like  42.92 
 
 
269 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.253355  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2433  redoxin domain-containing protein  40.38 
 
 
277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.983249 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3733  redoxin domain-containing protein  38.64 
 
 
262 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.919007  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2109  redoxin  35.58 
 
 
271 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1412  Redoxin domain protein  40.39 
 
 
263 aa  161  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3550  redoxin domain-containing protein  40.77 
 
 
278 aa  161  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.054429 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5120  redoxin domain-containing protein  43.4 
 
 
269 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.329832 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3262  redoxin domain-containing protein  42.92 
 
 
269 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0170639  normal  0.755125 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2397  Redoxin domain protein  38.55 
 
 
267 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.675955  normal  0.672629 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4210  redoxin domain-containing protein  41.71 
 
 
269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4186  redoxin domain-containing protein  41.71 
 
 
269 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.855693  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4837  redoxin  41.71 
 
 
269 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3329  redoxin domain-containing protein  41.71 
 
 
269 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.531271 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4240  redoxin domain-containing protein  40.14 
 
 
332 aa  143  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0223129  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2015  Redoxin domain protein  45.16 
 
 
169 aa  114  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.878112  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1468  Redoxin domain-containing protein  42.19 
 
 
164 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0261888  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2788  putative thiol:disulfide interchange protein  52.78 
 
 
195 aa  113  3e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.982955 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3246  redoxin domain-containing protein  29.89 
 
 
266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.575298  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2634  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.93 
 
 
272 aa  98.6  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.52704  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3603  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  38.81 
 
 
183 aa  92.4  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2903  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.22 
 
 
184 aa  92  9e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2283  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.51 
 
 
199 aa  90.9  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000858823  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2203  redoxin domain-containing protein  40.3 
 
 
203 aa  90.5  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0344  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  38.39 
 
 
183 aa  89.7  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00014833  hitchhiker  0.000312976 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1730  Redoxin domain-containing protein  35.61 
 
 
200 aa  89  7e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.686612  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0212  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  38.52 
 
 
175 aa  89.4  7e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4005  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.71 
 
 
194 aa  87  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2883  Redoxin domain-containing protein  44.14 
 
 
270 aa  86.3  6e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0233  Redoxin domain protein  37.7 
 
 
178 aa  85.1  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.972798  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1492  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.2 
 
 
193 aa  84  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1898  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.33 
 
 
166 aa  84.3  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000277693  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0087  thiol-disulfide isomerase-like protein  38.02 
 
 
170 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.653321  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3880  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.06 
 
 
194 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0830  redoxin domain-containing protein  36 
 
 
329 aa  82.8  0.000000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2865  redoxin domain-containing protein  33.05 
 
 
170 aa  82.4  0.000000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.220691  normal  0.154484 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0841  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  38.53 
 
 
174 aa  82  0.000000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18200  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.03 
 
 
178 aa  82  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000397372  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0398  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like  37.12 
 
 
223 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0641884  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0181  alkyl hydroperoxide reductase  30.25 
 
 
183 aa  82  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0243778  normal  0.461108 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4485  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.29 
 
 
200 aa  82  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000697653 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1890  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.82 
 
 
171 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.326681  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0510  putative secreted protein  37.8 
 
 
209 aa  81.3  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.113668  normal  0.171566 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3502  hypothetical protein  36.22 
 
 
223 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0325  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.83 
 
 
189 aa  81.3  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0365546 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0735  redoxin domain-containing protein  32.82 
 
 
211 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1857  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.59 
 
 
280 aa  81.3  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0240  Redoxin domain protein  29.86 
 
 
188 aa  80.5  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1598  thiol-disulfide oxidoreductase  27.66 
 
 
173 aa  79.3  0.00000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.966744  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1356  thiol-disulfide oxidoreductase  27.82 
 
 
173 aa  79.3  0.00000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1954  thioredoxin  36.36 
 
 
184 aa  79.3  0.00000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1180  RecJ exonuclease  30.69 
 
 
160 aa  79.3  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0271144 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0190  cytochrome c biogenesis protein, putative  30.88 
 
 
201 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.648376  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0836  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.93 
 
 
202 aa  79.3  0.00000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.991618  unclonable  0.000000000312074 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0274  cytochrome c biogenesis protein, putative  31.11 
 
 
194 aa  79  0.00000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0272  thioredoxin family protein  38.66 
 
 
182 aa  78.2  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.900103 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3367  redoxin domain-containing protein  32.23 
 
 
194 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1234  redoxin domain-containing protein  32.62 
 
 
167 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1992  twin-arginine translocation pathway signal  40.77 
 
 
199 aa  78.2  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1947  redoxin  35.9 
 
 
198 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.489864  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1358  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.76 
 
 
179 aa  77.8  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000315647  hitchhiker  0.00000356135 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0485  redoxin domain-containing protein  31.16 
 
 
194 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0525  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  27.84 
 
 
178 aa  77  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000136072  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0184  thioredoxin family protein, putative  37.21 
 
 
171 aa  77  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0861  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.83 
 
 
189 aa  77  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.155376  hitchhiker  0.00638708 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1634  thiol-disulfide oxidoreductase  26.95 
 
 
173 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1851  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.58 
 
 
409 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0534  putative thioredoxin  35.25 
 
 
180 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.677226 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0486  redoxin domain-containing protein  33.88 
 
 
194 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1223  Redoxin domain protein  28.57 
 
 
170 aa  76.3  0.0000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.337108  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3817  thiol-disulfide oxidoreductase  27.82 
 
 
173 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000518727 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1895  redoxin domain-containing protein  32.76 
 
 
189 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.132277 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3424  Redoxin domain protein  34.43 
 
 
183 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0519333  normal  0.0539833 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1818  redoxin domain-containing protein  31.62 
 
 
165 aa  75.5  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.165387  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0243  redoxin domain-containing protein  33.08 
 
 
184 aa  75.9  0.0000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.487537  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1401  redoxin domain-containing protein  33.61 
 
 
191 aa  75.5  0.0000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.774278  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3545  redoxin domain-containing protein  30.43 
 
 
194 aa  75.5  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.65179  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0476  thioredoxin, putative  31.5 
 
 
194 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1383  thiol-disulfide oxidoreductase  27.82 
 
 
173 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5008  Redoxin domain protein  31.88 
 
 
248 aa  74.7  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.437471  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1494  thiol-disulfide oxidoreductase  27.82 
 
 
173 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2678  thioredoxin family protein  30.47 
 
 
183 aa  74.7  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1561  thioredoxin  32.45 
 
 
164 aa  74.3  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00616006  normal  0.258468 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>