40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2820 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2820  transcriptional regulator NfxB  100 
 
 		 185 aa  377  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5241  transcriptional regulator NfxB  71.11 
 
 		 199 aa  261  4e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2430  regulatory protein LacI  69.83 
 
 		 185 aa  258  4e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.633892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60860  transcriptional regulator NfxB  68.33 
 
 		 187 aa  257  8e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2755  LacI family transcription regulator  69.1 
 
 		 187 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0367179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2284  transcriptional regulatory protein NfxB  55.49 
 
 		 196 aa  209  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000917221 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2759  LacI family transcription regulator  57.22 
 
 		 198 aa  206  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2594  transcriptional regulatory protein NfxB  54.35 
 
 		 184 aa  204  5e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5237  transcriptional regulator NfxB  53.93 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60810  putative transcriptional regulator NfxB  52.66 
 
 		 172 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5859  transcriptional regulatory protein NfxB  46.63 
 
 		 188 aa  144  9e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.731668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0287  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 181 aa  142  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2816  transcriptional regulator NfxB, putative  43.43 
 
 		 188 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.308594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0665  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 179 aa  95.9  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.950622  normal  0.396489 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00232  hypothetical protein  31.69 
 
 		 192 aa  89.7  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1734  transcriptional regulator NfxB  33.14 
 
 		 188 aa  87  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.413986 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0240  TetR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 180 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.477242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0495  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 186 aa  72.4  0.000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.595524 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0473  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 186 aa  72.4  0.000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0484  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 186 aa  72.4  0.000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2000  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.669557 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1327  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 198 aa  60.1  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1275  transcriptional regulator, TetR family  27.71 
 
 		 193 aa  58.5  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0714777  normal  0.0115307 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2768  transcriptional regulator, TetR family  29.81 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.373276  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6310  putative transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 		 185 aa  54.7  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.523655  normal  0.0800729 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8493  transcriptional regulator, TetR family  26.58 
 
 		 180 aa  50.4  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.996543 
 
 
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NC_013595  Sros_4085  putative transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 232 aa  47  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.750305  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_6422  putative transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 216 aa  45.4  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00790445 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5597  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 189 aa  44.7  0.0008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5998  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 189 aa  44.7  0.0008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000044097 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2776  transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 		 206 aa  43.9  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.205598  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0209  transcriptional regulator, TetR family  29.01 
 
 		 195 aa  43.5  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.234614  normal  0.228688 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 200 aa  43.1  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1301  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 205 aa  42.7  0.003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.365782  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14890  transcriptional regulator, tetR family  28.68 
 
 		 204 aa  42.4  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0325223  normal  0.0343336 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2402  transcriptional regulator, TetR family  29.85 
 
 		 259 aa  42.4  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0404395  hitchhiker  0.00830545 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4325  transcriptional regulator, TetR family  26.24 
 
 		 185 aa  42.4  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.670247 
 
 
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NC_014210  Ndas_3350  transcriptional regulator, TetR family  26 
 
 		 199 aa  42.4  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.170471  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_7965  transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 		 192 aa  42  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011772  BCG9842_B3457  transcriptional regulator, TetR family  21.08 
 
 		 194 aa  41.6  0.007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.53987  hitchhiker  4.55485e-18 
 
 
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