More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1393 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1393  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4331  LysR family transcriptional regulator  99.31 
 
 		 291 aa  587  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.279 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4419  LysR family transcriptional regulator  94.83 
 
 		 291 aa  564  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1034  LysR family transcriptional regulator  88.93 
 
 		 292 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.621257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4472  LysR family transcriptional regulator  66.09 
 
 		 292 aa  382  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 290 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4486  LysR family transcriptional regulator  53.7 
 
 		 290 aa  270  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.978726 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1370  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 309 aa  271  1e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.260069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  53.7 
 
 		 290 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  53.73 
 
 		 290 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  52.99 
 
 		 290 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  52.99 
 
 		 290 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  52.99 
 
 		 290 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0254  LysR family transcriptional regulator  51.87 
 
 		 330 aa  263  3e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2555  LysR family transcriptional regulator  51.87 
 
 		 330 aa  262  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1281  LysR family transcriptional regulator  51.87 
 
 		 305 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514063  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1043  LysR family transcriptional regulator  51.87 
 
 		 290 aa  262  6e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0525  LysR family transcriptional regulator  51.87 
 
 		 290 aa  262  6e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1384  LysR family transcriptional regulator  51.87 
 
 		 290 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.259574  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1303  LysR family transcriptional regulator  51.87 
 
 		 290 aa  261  8e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4969  transcriptional regulator, LysR family  50.72 
 
 		 297 aa  259  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.82121  normal  0.0998667 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1681  LysR family transcriptional regulator  50.36 
 
 		 297 aa  259  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.492921  normal  0.530506 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1451  transcriptional regulator, LysR family  49.11 
 
 		 319 aa  254  8e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3246  LysR family transcriptional regulator  50.37 
 
 		 300 aa  254  8e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769279  normal  0.647025 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2489  transcriptional regulator, LysR family  46.15 
 
 		 293 aa  251  1e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161733  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 304 aa  245  6e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1967  LysR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 285 aa  206  3e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.15 
 
 		 300 aa  186  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69880  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.85 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6066  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 326 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.45 
 
 		 314 aa  178  8e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0209  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 308 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0471708 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.03 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.76 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5516  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 306 aa  175  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0116  transcriptional regulator, LysR family  40.51 
 
 		 306 aa  175  7e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1883  transcriptional regulator, LysR family  40.94 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49643  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.4 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.4 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0256  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.03 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.04 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.03 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.03 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.03 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.66 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.66 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.66 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5085  LysR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 313 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.66 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0072  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.78 
 
 		 306 aa  171  9e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5171  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.849729  normal  0.186135 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4560  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724855  normal  0.355446 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.66 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5313  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 308 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0829444 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.93 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.66 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5261  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 308 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.351155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 		 293 aa  169  5e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 294 aa  167  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.19 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.19 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.19 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.19 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 306 aa  165  9e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.19 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.19 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.19 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.19 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.48 
 
 		 306 aa  165  9e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 		 311 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 		 311 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 304 aa  162  9e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1648  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 313 aa  159  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.470228  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 308 aa  159  4e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 312 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 323 aa  159  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>