More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3520 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3520  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 349 aa  709    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3669  transcriptional regulator, LacI family  97.13 
 
 		 349 aa  681    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.555961  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0717  transcriptional regulator, LacI family  80.41 
 
 		 344 aa  564  1e-160  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0665  transcriptional regulator, LacI family  80.12 
 
 		 343 aa  549  1e-155  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0509948  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5764  transcriptional regulator LacI family  41.39 
 
 		 337 aa  253  4.0000000000000004e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.73775  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5365  transcriptional regulator, LacI family  39.82 
 
 		 345 aa  250  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000864241  normal  0.850622 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5085  transcriptional regulator, LacI family  39.82 
 
 		 359 aa  248  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.127627 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1883  transcriptional regulator, LacI family  36.92 
 
 		 350 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275447 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1697  transcriptional regulator, LacI family  36.34 
 
 		 351 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2354  transcriptional regulator, LacI family  32.85 
 
 		 356 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4336  transcriptional regulator, LacI family  32.04 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.563264  hitchhiker  0.000141472 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2628  transcriptional regulator, LacI family  32.46 
 
 		 356 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4007  transcriptional regulator, LacI family  31.85 
 
 		 343 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3579  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.7 
 
 		 344 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  35.2 
 
 		 338 aa  139  6e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03519  putative transcriptional regulator  29.07 
 
 		 364 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03470  hypothetical protein  29.07 
 
 		 356 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1641  transcriptional regulator, LacI family  31.7 
 
 		 357 aa  134  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.236948  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  31.53 
 
 		 339 aa  134  3e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1314  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.45 
 
 		 357 aa  134  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.499254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  29.8 
 
 		 328 aa  133  5e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0979  LacI family transcription regulator  30.43 
 
 		 360 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3362  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  30.43 
 
 		 360 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1610  transcriptional regulator, LacI family  29.65 
 
 		 356 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.42043  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0927  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  30.43 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.23 
 
 		 328 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  27.79 
 
 		 336 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3600  LacI family transcription regulator  29.68 
 
 		 360 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0280148  normal  0.188315 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  28.49 
 
 		 334 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  31.1 
 
 		 352 aa  126  7e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  28.12 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  26.76 
 
 		 347 aa  124  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2353  LacI family transcription regulator  28.9 
 
 		 330 aa  123  4e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000399478  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0499  LacI family transcription regulator  26.29 
 
 		 330 aa  123  5e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  31.87 
 
 		 347 aa  122  9e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1965  LacI family transcription regulator  30.99 
 
 		 338 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.31848  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1855  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  30.99 
 
 		 338 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  29.87 
 
 		 333 aa  119  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  32.41 
 
 		 342 aa  119  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  26.78 
 
 		 334 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  27.61 
 
 		 336 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.32 
 
 		 341 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.48 
 
 		 352 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  30.21 
 
 		 334 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  28.3 
 
 		 333 aa  117  3e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.3 
 
 		 333 aa  117  3e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2475  transcriptional regulator, LacI family  30.3 
 
 		 340 aa  116  5e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000232076  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.5 
 
 		 348 aa  115  8.999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0695  transcriptional regulator, LacI family  30.99 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0821691  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1286  putative DNA-binding sucrose operon transcriptional repressor transcription regulator protein  31.25 
 
 		 344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.597152 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002664  LacI-family regulatory protein  29.25 
 
 		 341 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  28.93 
 
 		 341 aa  114  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0971  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.42 
 
 		 350 aa  114  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0355372 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  29.3 
 
 		 341 aa  113  5e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.6 
 
 		 341 aa  113  5e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  29.63 
 
 		 344 aa  113  6e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  26.65 
 
 		 338 aa  113  6e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.99 
 
 		 337 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.46 
 
 		 341 aa  112  8.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.89 
 
 		 341 aa  112  8.000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.89 
 
 		 341 aa  112  8.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.89 
 
 		 341 aa  112  8.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.08 
 
 		 341 aa  112  9e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.77 
 
 		 341 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  28.79 
 
 		 333 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  30.52 
 
 		 368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  30.17 
 
 		 331 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3843  transcriptional regulator  29.81 
 
 		 340 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00298813  normal  0.0397253 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  26.44 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0805  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.86 
 
 		 364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  27.41 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.84 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  29.86 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  28.24 
 
 		 338 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.29 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.51 
 
 		 341 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  28.45 
 
 		 340 aa  110  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0309  transcriptional regulator, LacI family  29.81 
 
 		 346 aa  110  3e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  28.62 
 
 		 336 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  27.93 
 
 		 348 aa  110  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2219  transcriptional regulator, LacI family  32.83 
 
 		 343 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000733875  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  26.99 
 
 		 337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 335 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  30.59 
 
 		 336 aa  110  5e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  28.83 
 
 		 386 aa  110  5e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  30.53 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  30.53 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  30.53 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.53 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.54 
 
 		 330 aa  109  6e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.53 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.53 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  25.93 
 
 		 336 aa  109  6e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.53 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.53 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5756  transcriptional regulator, LacI family  30.97 
 
 		 347 aa  109  6e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 339 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  28.25 
 
 		 341 aa  109  8.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  29.63 
 
 		 379 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.06 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>