95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4104 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_4104  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  100 
 
 		 281 aa  577  1e-164  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.141544  normal  0.0128083 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4311  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  33.75 
 
 		 272 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0521  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  32.71 
 
 		 276 aa  142  5e-33  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.43735 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42210  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  29.2 
 
 		 284 aa  140  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396932  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3248  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  28 
 
 		 278 aa  130  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000000000626478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4715  hypothetical protein  31.14 
 
 		 292 aa  129  7.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0103  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  29.88 
 
 		 272 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0170  protocatechuate 4,5-dioxygenase  32.68 
 
 		 443 aa  109  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.827608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0872  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  30.74 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610227  normal  0.606399 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0330  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  28.95 
 
 		 293 aa  106  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0324  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  28.07 
 
 		 281 aa  105  9e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0463695  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5183  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  29.96 
 
 		 284 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2702  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  29.92 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.630193 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2733  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  30.26 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000288133  normal  0.0164551 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3920  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  28.85 
 
 		 282 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.361825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2174  protocatechuate 4,5-dioxygenase  29.12 
 
 		 426 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1342  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  27.88 
 
 		 314 aa  103  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.180795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0982  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  29.96 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2027  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  31.27 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4445  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  28.35 
 
 		 289 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal  0.176691 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3813  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  28.35 
 
 		 290 aa  99.8  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.39125  normal  0.346556 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3885  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  26.38 
 
 		 279 aa  99.8  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1234  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  27.73 
 
 		 280 aa  98.2  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.188229  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0914  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  27.63 
 
 		 281 aa  98.2  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.159825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0271  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  27.5 
 
 		 314 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.477542  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0046  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  27.72 
 
 		 287 aa  96.7  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2812  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  28.12 
 
 		 280 aa  95.1  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0900704  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1061  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  29.34 
 
 		 285 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2328  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  25.26 
 
 		 316 aa  93.2  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3938  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  28.06 
 
 		 282 aa  93.2  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3637  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  27.34 
 
 		 285 aa  92.4  7e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1199  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  30.27 
 
 		 285 aa  92.4  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38360  protocatechuate 4,5-dioxygenase beta subunit  27.17 
 
 		 283 aa  91.7  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.215694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5775  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  33.92 
 
 		 338 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3699  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  26.03 
 
 		 304 aa  87.4  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3200  protocatechuate 4,5-dioxygenase  27.45 
 
 		 420 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0373614  normal  0.0556534 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3064  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  36.18 
 
 		 340 aa  87.8  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2030  protocatechuate 4,5-dioxygenase  27.45 
 
 		 420 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.638746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3709  protocatechuate 4,5-dioxygenase  26.6 
 
 		 430 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0509  protocatechuate 4,5-dioxygenase  26.62 
 
 		 284 aa  87  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2734  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  28.02 
 
 		 278 aa  87  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.510651 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4373  protocatechuate 4,5-dioxygenase  28.4 
 
 		 433 aa  86.7  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2518  protocatechuate 4,5-dioxygenase  27.06 
 
 		 420 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.618608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1353  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  28.71 
 
 		 317 aa  86.3  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000498865  decreased coverage  0.00000137148 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0538  protocatechuate 4,5-dioxygenase  30.32 
 
 		 195 aa  86.3  5e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.597142  normal  0.30708 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0901  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  24.44 
 
 		 312 aa  85.9  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000448652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2021  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  25.1 
 
 		 287 aa  85.5  9e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.326559  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15050  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  25.08 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.437781  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4035  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  28.08 
 
 		 285 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0412  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  23.23 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.696157  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0372  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  23.23 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00909814  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0423  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  23.23 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3258  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  23.23 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3277  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  23.23 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.125631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0379  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  23.23 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.521174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00306  hypothetical protein  23.23 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00708468  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0542  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  24.53 
 
 		 317 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.635361  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00302  2,3-dihydroxyphenylpropionate 1,2-dioxygenase  23.23 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00626502  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3204  protocatechuate 4,5-dioxygenase  25.45 
 
 		 280 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0932  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  25.24 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.89335 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1656  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  24.22 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1683  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  24.22 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0541  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  24.22 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0623  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  24.22 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3789  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  25.68 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5444  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  24.24 
 
 		 322 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  0.801471 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5841  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  24.24 
 
 		 322 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2892  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  26.18 
 
 		 313 aa  81.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.607584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3858  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  25.68 
 
 		 316 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0874943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1712  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  24.2 
 
 		 317 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.999363 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0294  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  23.19 
 
 		 283 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4784  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  25.78 
 
 		 332 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.754185  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4536  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  22.26 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5613  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  24.31 
 
 		 317 aa  79.7  0.00000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1980  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  26.35 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.249584 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2402  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  24.82 
 
 		 315 aa  77.8  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2096  protocatechuate 4,5-dioxygenase  25.88 
 
 		 420 aa  77.8  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.624399 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6377  protocatechuate 4,5-dioxygenase  27 
 
 		 437 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00210676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04631  protocatechuate 4,5-dioxygenase subunit beta  28.62 
 
 		 298 aa  77  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7572  protocatechuate 4,5-dioxygenase  27.13 
 
 		 434 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6041  protocatechuate 4,5-dioxygenase  27.59 
 
 		 434 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0923014 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31250  protocatechuate 4,5-dioxygenase  25.88 
 
 		 420 aa  74.7  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4244  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  24.01 
 
 		 306 aa  72.4  0.000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3785  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  24.41 
 
 		 282 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0323  protocatechuate 4,5-dioxygenase  25.29 
 
 		 428 aa  70.5  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4746  3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate dioxygenase  27.38 
 
 		 311 aa  66.6  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.611428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0324  hypothetical protein  29.81 
 
 		 467 aa  57  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.627251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0269  hypothetical protein  26.22 
 
 		 467 aa  55.1  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0337  hypothetical protein  30.14 
 
 		 470 aa  54.3  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.219744  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7520  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  23.02 
 
 		 285 aa  46.6  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.261436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2275  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  30.84 
 
 		 265 aa  45.8  0.0007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.994054 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0359  hypothetical protein  22.46 
 
 		 466 aa  45.4  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000914729  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1065  hypothetical protein  22.38 
 
 		 468 aa  43.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.710418  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3868  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase HpaD_Fe  24.88 
 
 		 283 aa  42.7  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1168  hypothetical protein  23.55 
 
 		 462 aa  42.4  0.01  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.773328  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>