More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A3739 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  625  1e-178  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  80.32 
 
 		 311 aa  516  1.0000000000000001e-145  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  76.64 
 
 		 321 aa  508  1e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  76.32 
 
 		 321 aa  505  9.999999999999999e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  76.01 
 
 		 321 aa  502  1e-141  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  76.66 
 
 		 317 aa  503  1e-141  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  74.92 
 
 		 331 aa  501  1e-141  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  76.64 
 
 		 321 aa  498  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  73.21 
 
 		 321 aa  491  9.999999999999999e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  77.04 
 
 		 318 aa  481  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  72.59 
 
 		 322 aa  473  1e-132  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  70.13 
 
 		 318 aa  451  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 319 aa  448  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  69.55 
 
 		 319 aa  449  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 319 aa  448  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 319 aa  448  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  69.16 
 
 		 316 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  68.91 
 
 		 319 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  70.1 
 
 		 315 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 319 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  68.91 
 
 		 319 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  69.45 
 
 		 315 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  67.73 
 
 		 319 aa  441  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  69.16 
 
 		 317 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  68.69 
 
 		 319 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  68.69 
 
 		 319 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  68.69 
 
 		 319 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  67.41 
 
 		 319 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  68.05 
 
 		 319 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  68.69 
 
 		 319 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  68.37 
 
 		 319 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  68.37 
 
 		 319 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  68.05 
 
 		 319 aa  437  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  68.37 
 
 		 319 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  52.43 
 
 		 309 aa  323  2e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  53.72 
 
 		 313 aa  322  4e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  51.97 
 
 		 318 aa  315  8e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  51.48 
 
 		 304 aa  311  9e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  52.98 
 
 		 311 aa  306  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 319 aa  302  4.0000000000000003e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  51.16 
 
 		 307 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.66 
 
 		 307 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 330 aa  300  2e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  54.3 
 
 		 310 aa  300  3e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 310 aa  300  3e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 308 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 308 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 308 aa  297  1e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 308 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4396  LysR family transcriptional regulator  52.65 
 
 		 309 aa  296  4e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.20014 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  51.3 
 
 		 306 aa  293  2e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  51.66 
 
 		 309 aa  292  6e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3718  LysR family transcriptional regulator  49.01 
 
 		 308 aa  286  2e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  48.5 
 
 		 301 aa  280  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 308 aa  277  2e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 324 aa  276  3e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  44.82 
 
 		 304 aa  273  3e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2339  transcriptional regulator, LysR family  49.33 
 
 		 308 aa  271  8.000000000000001e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.111299  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 313 aa  239  5.999999999999999e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  43.39 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  43.69 
 
 		 300 aa  235  8e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  42.57 
 
 		 311 aa  229  5e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  42.57 
 
 		 311 aa  228  8e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  43.11 
 
 		 320 aa  227  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 301 aa  225  8e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  44.72 
 
 		 313 aa  224  1e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  41.64 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.44 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 311 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  40.61 
 
 		 296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  45.26 
 
 		 311 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 320 aa  221  1.9999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 311 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5250  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923555  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3286  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 313 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.254644  normal  0.231558 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 336 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 320 aa  209  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  40.96 
 
 		 323 aa  209  7e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 323 aa  208  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 		 302 aa  207  3e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.36 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.93 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 		 302 aa  206  5e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  35.29 
 
 		 312 aa  205  6e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.73 
 
 		 305 aa  205  8e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 314 aa  205  9e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  37.54 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.13 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.13 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.13 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.13 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.13 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0650  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.344002 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.73 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>