263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3096 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_0583  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.03 
 
 		 704 aa  846    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.496315 
 
 
-
 
NC_004310  BR0404  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.59 
 
 		 777 aa  813    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2126  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  55.7 
 
 		 821 aa  772    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0956  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  58.88 
 
 		 764 aa  847    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1138  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  83.2 
 
 		 699 aa  1082    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2175  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.93 
 
 		 728 aa  635    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.754598  normal  0.117585 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2586  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  66.07 
 
 		 727 aa  938    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.577877  normal  0.134975 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2357  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  66.3 
 
 		 701 aa  913    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.306896  normal  0.223006 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1858  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.52 
 
 		 697 aa  693    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0522  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  58.2 
 
 		 764 aa  811    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  85.35 
 
 		 724 aa  1135    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0726267  normal  0.258667 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2402  glycyl-tRNA synthetase beta chain  52.79 
 
 		 720 aa  684    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0966728  normal  0.754916 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1095  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.91 
 
 		 760 aa  912    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.729278  normal  0.459772 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1239  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.91 
 
 		 760 aa  941    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2731  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.93 
 
 		 739 aa  679    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0985358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3329  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  64.56 
 
 		 733 aa  890    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.10801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4348  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  66.17 
 
 		 728 aa  931    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.314297  hitchhiker  0.00562302 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3096  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  100 
 
 		 726 aa  1427    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3416  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  92.01 
 
 		 696 aa  1187    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.269984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1221  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  70.83 
 
 		 822 aa  720    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.64374 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  63.15 
 
 		 764 aa  899    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.58245  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2310  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.89 
 
 		 687 aa  696    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.75706 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0714  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  58.49 
 
 		 789 aa  843    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0644  glycine--tRNA ligase  52.39 
 
 		 758 aa  688    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121642  normal  0.442369 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2178  glycine--tRNA ligase  52.33 
 
 		 738 aa  664    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0728  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  57.12 
 
 		 741 aa  754    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0538  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  61.01 
 
 		 727 aa  858    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.533831  normal  0.300886 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0413  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.59 
 
 		 777 aa  815    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0466  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  58.62 
 
 		 721 aa  818    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4369  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  76.41 
 
 		 701 aa  1041    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0507  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.25 
 
 		 697 aa  688    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.250134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0540  glycine--tRNA ligase  53.08 
 
 		 685 aa  677    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2759  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  76.4 
 
 		 704 aa  1004    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1109  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  66.3 
 
 		 737 aa  829    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0380  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.94 
 
 		 740 aa  756    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2111  glycine--tRNA ligase  49.48 
 
 		 738 aa  621  1e-176  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.541212  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2955  glycine--tRNA ligase  49.59 
 
 		 721 aa  590  1e-167  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1611  glycine--tRNA ligase  48.92 
 
 		 723 aa  583  1.0000000000000001e-165  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0785205 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4858  glycine--tRNA ligase  48.5 
 
 		 677 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0577  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  47.01 
 
 		 686 aa  509  1e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0505087  hitchhiker  0.0000000000000536601 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2185  glycine--tRNA ligase  44.7 
 
 		 723 aa  480  1e-134  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0579  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.37 
 
 		 687 aa  421  1e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3059  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.01 
 
 		 687 aa  421  1e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2941  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.91 
 
 		 686 aa  410  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.125162  hitchhiker  0.000287233 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.38 
 
 		 689 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.18 
 
 		 688 aa  406  1.0000000000000001e-112  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1022  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.18 
 
 		 687 aa  403  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.208045  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.16 
 
 		 689 aa  404  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.72 
 
 		 689 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.76 
 
 		 688 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  38.1 
 
 		 693 aa  402  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.9 
 
 		 697 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3047  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.04 
 
 		 698 aa  398  1e-109  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.228214  normal  0.0284837 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1441  glycine--tRNA ligase  37.65 
 
 		 700 aa  396  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.764176  normal  0.147312 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.79 
 
 		 690 aa  394  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.92 
 
 		 692 aa  395  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.38 
 
 		 694 aa  393  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.73 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.73 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.73 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.36 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000639104 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0656  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.14 
 
 		 687 aa  392  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70031e-23 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.04 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.73 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  36.73 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.04 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.73 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.73 
 
 		 689 aa  391  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.87 
 
 		 689 aa  391  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.04 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0155  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.52 
 
 		 705 aa  387  1e-106  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.117933  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.6 
 
 		 689 aa  389  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0604  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.66 
 
 		 694 aa  388  1e-106  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.72 
 
 		 688 aa  386  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.04 
 
 		 689 aa  387  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.5 
 
 		 689 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.5 
 
 		 689 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2347  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.51 
 
 		 701 aa  384  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.501634 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.5 
 
 		 689 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3672  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.86 
 
 		 688 aa  381  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0142363  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.85 
 
 		 692 aa  380  1e-104  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.1 
 
 		 689 aa  381  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.36 
 
 		 689 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1686  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.5 
 
 		 696 aa  381  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.78284  normal  0.0276337 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.85 
 
 		 689 aa  381  1e-104  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.36 
 
 		 689 aa  382  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.87 
 
 		 689 aa  381  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1803  glycyl-tRNA synthetase beta chain  35.43 
 
 		 688 aa  376  1e-103  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0043  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.35 
 
 		 694 aa  378  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.72 
 
 		 688 aa  376  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2472  glycine--tRNA ligase  34.42 
 
 		 695 aa  379  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0180526  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0644  glycine--tRNA ligase  38.15 
 
 		 708 aa  376  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.23 
 
 		 689 aa  376  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.21 
 
 		 688 aa  378  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.85 
 
 		 693 aa  376  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0218  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.43 
 
 		 699 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.43 
 
 		 699 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.59966  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  36.39 
 
 		 691 aa  375  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.69 
 
 		 697 aa  375  1e-102  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2728  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.43 
 
 		 699 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>