More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA1285 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
301 aa  601  1.0000000000000001e-171  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.39 
 
 
298 aa  301  9e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.59 
 
 
286 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.43 
 
 
301 aa  298  1e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.73 
 
 
306 aa  298  1e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.67 
 
 
297 aa  294  1e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.36 
 
 
295 aa  290  1e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4165  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52 
 
 
296 aa  291  1e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.187685  normal  0.0599581 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.29 
 
 
301 aa  289  4e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000309254 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.52 
 
 
300 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.58 
 
 
297 aa  287  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.34 
 
 
306 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.16 
 
 
296 aa  286  2.9999999999999996e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.66 
 
 
296 aa  286  4e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51 
 
 
296 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.22 
 
 
292 aa  283  3.0000000000000004e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50 
 
 
308 aa  281  7.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.36 
 
 
294 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.02 
 
 
304 aa  278  7e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.03 
 
 
299 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.03 
 
 
299 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.99 
 
 
296 aa  278  7e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.51 
 
 
296 aa  278  8e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2734  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.72 
 
 
306 aa  278  8e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.68 
 
 
287 aa  278  9e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.32 
 
 
298 aa  278  9e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.338486 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1784  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.83 
 
 
300 aa  277  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0214489  hitchhiker  0.00751803 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.19 
 
 
305 aa  276  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.99 
 
 
299 aa  277  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.05 
 
 
299 aa  276  4e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.96 
 
 
302 aa  275  5e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.49 
 
 
299 aa  275  7e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  54.92 
 
 
305 aa  275  8e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.82 
 
 
299 aa  275  8e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.48 
 
 
299 aa  272  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.33 
 
 
296 aa  272  5.000000000000001e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1276  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.05 
 
 
300 aa  272  5.000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.51 
 
 
299 aa  271  7e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104564 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2329  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.51 
 
 
299 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.124762 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2221  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.18 
 
 
299 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.303713  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50 
 
 
312 aa  270  2e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0620  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.34 
 
 
296 aa  269  4e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.326399 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.18 
 
 
299 aa  269  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000731521 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  45.15 
 
 
299 aa  269  5e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.36 
 
 
294 aa  269  5e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0714  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.83 
 
 
300 aa  269  5e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  45.15 
 
 
299 aa  269  5e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.84 
 
 
298 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2322  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.18 
 
 
299 aa  268  8e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0148362 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.36 
 
 
306 aa  268  8e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1987  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.17 
 
 
298 aa  267  2e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.298585  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3161  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.17 
 
 
298 aa  267  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1849  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.17 
 
 
298 aa  267  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.180495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2756  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.17 
 
 
298 aa  267  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.181808  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.17 
 
 
298 aa  267  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3101  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.17 
 
 
300 aa  267  2e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.648402  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0926  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.17 
 
 
298 aa  267  2e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.33 
 
 
293 aa  266  4e-70  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2180  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.36 
 
 
296 aa  266  4e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.15285  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0265  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47 
 
 
300 aa  265  7e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.43035  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68190  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.31 
 
 
302 aa  265  7e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0185902 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0697  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.18 
 
 
299 aa  265  8e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5901  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.17 
 
 
302 aa  264  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.51 
 
 
306 aa  264  1e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.49 
 
 
292 aa  264  1e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.36 
 
 
320 aa  260  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.19 
 
 
301 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.18 
 
 
294 aa  260  2e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4057  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.21 
 
 
297 aa  259  6e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.558933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3934  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.28 
 
 
301 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.22 
 
 
302 aa  257  2e-67  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0547  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.33 
 
 
308 aa  256  2e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2630  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.83 
 
 
295 aa  256  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0754  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.04 
 
 
298 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1080  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.96 
 
 
301 aa  254  9e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.945649  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  45.61 
 
 
296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0227  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.9 
 
 
302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0575  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.81 
 
 
305 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6252  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.64 
 
 
300 aa  250  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.16 
 
 
298 aa  249  5e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.47 
 
 
298 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.82 
 
 
307 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.18 
 
 
295 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1617  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.18 
 
 
285 aa  237  2e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199276  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1061  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.18 
 
 
304 aa  236  3e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.67 
 
 
297 aa  235  7e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.33 
 
 
288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.54 
 
 
295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.88 
 
 
291 aa  231  1e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.22 
 
 
291 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.99 
 
 
298 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.2 
 
 
291 aa  230  3e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.86 
 
 
291 aa  230  3e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.48 
 
 
299 aa  227  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.28 
 
 
301 aa  226  4e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.52 
 
 
294 aa  225  6e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.02 
 
 
295 aa  225  7e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.03 
 
 
291 aa  225  9e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.97 
 
 
303 aa  225  9e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.46 
 
 
301 aa  223  3e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>