More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1784 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1784  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
300 aa  609  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0214489  hitchhiker  0.00751803 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  78.67 
 
 
301 aa  480  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  65.55 
 
 
296 aa  382  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.71 
 
 
308 aa  383  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.54 
 
 
296 aa  381  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1276  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.58 
 
 
300 aa  371  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4057  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  60.2 
 
 
297 aa  365  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.558933 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0265  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.86 
 
 
300 aa  365  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.43035  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  61.67 
 
 
301 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000309254 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  59.53 
 
 
296 aa  358  5e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  61.59 
 
 
301 aa  358  5e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0714  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  60.13 
 
 
300 aa  354  1e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4165  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  60.54 
 
 
296 aa  353  2e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.187685  normal  0.0599581 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.86 
 
 
298 aa  340  2e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.338486 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0697  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.86 
 
 
299 aa  340  2e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0620  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  60.54 
 
 
296 aa  339  2.9999999999999998e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.326399 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  59.08 
 
 
299 aa  339  4e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3934  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  56.44 
 
 
301 aa  338  5e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.86 
 
 
292 aa  338  5e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2322  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.18 
 
 
299 aa  338  5.9999999999999996e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0148362 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.72 
 
 
296 aa  338  8e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1080  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.28 
 
 
301 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.945649  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2329  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.18 
 
 
299 aa  337  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.124762 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.85 
 
 
299 aa  336  2.9999999999999997e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000731521 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.85 
 
 
299 aa  335  5.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104564 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  54.85 
 
 
299 aa  335  7e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  54.85 
 
 
299 aa  335  7e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  56.62 
 
 
306 aa  334  9e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2221  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.52 
 
 
299 aa  334  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.303713  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.18 
 
 
299 aa  333  2e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.85 
 
 
299 aa  333  2e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.52 
 
 
299 aa  330  2e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68190  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  60.2 
 
 
302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0185902 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2180  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.85 
 
 
296 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.15285  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  56.38 
 
 
304 aa  325  4.0000000000000003e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5901  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  59.53 
 
 
302 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  56.86 
 
 
305 aa  309  2.9999999999999997e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1213  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.67 
 
 
301 aa  302  4.0000000000000003e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00296174 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.69 
 
 
305 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2734  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.84 
 
 
306 aa  300  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.03 
 
 
320 aa  299  3e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.83 
 
 
301 aa  293  3e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1617  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.03 
 
 
285 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199276  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0575  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.34 
 
 
305 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.64 
 
 
292 aa  275  6e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.85 
 
 
306 aa  270  1e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.03 
 
 
297 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.18 
 
 
312 aa  266  4e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.41 
 
 
294 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.19 
 
 
300 aa  265  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.68 
 
 
302 aa  264  1e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2630  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.67 
 
 
295 aa  263  4e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.16 
 
 
294 aa  262  6e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6252  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.03 
 
 
300 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.83 
 
 
299 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.83 
 
 
299 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.32 
 
 
297 aa  259  4e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.16 
 
 
298 aa  259  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.18 
 
 
306 aa  256  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.5 
 
 
299 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0754  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.5 
 
 
298 aa  252  6e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  45.45 
 
 
296 aa  251  1e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0547  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.53 
 
 
308 aa  249  3e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.83 
 
 
295 aa  250  3e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.87 
 
 
302 aa  248  6e-65  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0227  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.54 
 
 
302 aa  248  1e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.82 
 
 
296 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.51 
 
 
306 aa  247  2e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.81 
 
 
298 aa  246  3e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.48 
 
 
296 aa  246  3e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1987  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47 
 
 
298 aa  244  9e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.298585  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3161  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47 
 
 
298 aa  244  9e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0926  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47 
 
 
298 aa  244  9e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2756  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47 
 
 
298 aa  244  9e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.181808  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1849  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47 
 
 
298 aa  244  9e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.180495  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47 
 
 
298 aa  244  9e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3101  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47 
 
 
300 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.648402  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43 
 
 
293 aa  237  2e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.93 
 
 
294 aa  236  4e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.87 
 
 
297 aa  232  5e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1061  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.22 
 
 
304 aa  230  2e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.23 
 
 
286 aa  228  7e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.82 
 
 
287 aa  226  3e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.15 
 
 
298 aa  223  4e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.82 
 
 
319 aa  221  9.999999999999999e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.445361  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.81 
 
 
299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.33 
 
 
295 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.57 
 
 
285 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.64 
 
 
283 aa  218  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.53 
 
 
291 aa  216  4e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.08 
 
 
291 aa  215  7e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.95 
 
 
283 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.42 
 
 
281 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.74 
 
 
291 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.13 
 
 
291 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.24 
 
 
288 aa  211  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.67 
 
 
295 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.2 
 
 
291 aa  209  5e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.5 
 
 
307 aa  209  5e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  40.73 
 
 
294 aa  209  6e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>